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万見
- PDB-9f93: Complex of phenazine biosynthesis enzyme PhzF with 2-amino-5-(4-f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f93
タイトルComplex of phenazine biosynthesis enzyme PhzF with 2-amino-5-(4-fluorophenyl)benzoic acid
要素Trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase
キーワードISOMERASE / Ligand / Complex / Phenazine biosynthesis / Pyocyanin
機能・相同性trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase / trans-2,3-dihydro-3-hydroxy-anthranilate isomerase activity / Phenazine biosynthesis PhzF protein / Phenazine biosynthesis-like protein / phenazine biosynthetic process / cytoplasm / : / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / Trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Baumgarten, J. / Schneider, P. / Blankenfeldt, W. / Kunick, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Culture of Lower Saxony ドイツ
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2024
タイトル: Substrate-Based Ligand Design for Phenazine Biosynthesis Enzyme PhzF.
著者: Baumgarten, J. / Schneider, P. / Thiemann, M. / Zimmermann, M. / Diederich, C. / Blankenfeldt, W. / Kunick, C.
履歴
登録2024年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22025年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5783
ポリマ－32,2571
非ポリマー3212
水3,765209
1
A: Trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase
ヘテロ分子

A: Trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1566
ポリマ－64,5132
非ポリマー6434
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)56.059, 56.059, 155.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-471-

HOH

21A-569-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase / Phenazine/pyocyanine biosynthesis protein PhzF


分子量: 32256.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: 2-79 / 遺伝子: phzF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q51792, trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-A1IAV / 2-azanyl-5-(4-fluorophenyl)benzoic acid / 2-amino-5-(4-fluorophenyl)benzoic acid


分子量: 231.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H10FNO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 2-amino-5-(4-fluorophenyl)benzoic acid (50 mM), sodium acetate (26 mM), PEG 4000 (27.6%), sodium citrate (pH 4.4, 71 mM)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→48.55 Å / Num. obs: 43191 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.54→1.62 Å / 冗長度: 17.3 % / Rmerge(I) obs: 1.184 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 6214 / CC1/2: 0.811 / Rpim(I) all: 0.292 / Rrim(I) all: 1.22

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5data processing
XDSJan 10, 2022データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX(1.20.1-4487)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.54→48.55 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1865 2129 4.94 %
Rwork0.1625 --
obs0.1637 43125 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→48.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2110 0 23 209 2342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062213
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8153019
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.667799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009402
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.54-1.570.26741360.23572703X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.610.26051500.21572686X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.660.23051520.19952650X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.70.24011330.19592744X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.760.20131290.18322689X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.820.19741190.17282696X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.890.18621330.16732701X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.980.21111300.15782733X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.090.17691540.15342715X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.220.18811260.15932727X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.390.16991700.15362692X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.630.20371420.16692749X-RAY DIFFRACTION100
2.63-3.010.19941500.17242751X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.790.18831290.16142828X-RAY DIFFRACTION100
3.79-48.550.1661760.14882932X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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