PDB-9f8x: Low-dose structure of Marinobacter nauticus nitrous oxide reductase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f8x

タイトル

Low-dose structure of Marinobacter nauticus nitrous oxide reductase

要素

Nitrous-oxide reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Nitrogen cycle nitrous oxide N2O reductase denitrification copper-containing enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrous-oxide reductase / nitrous-oxide reductase activity / denitrification pathway / cytochrome-c oxidase activity / periplasmic space / copper ion binding / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Marinobacter nauticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.498 Å

データ登録者

Einsle, O. / Pomowski, A.

資金援助

ドイツ, European Union,

ポルトガル, 10件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)	235777276	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	311061829	ドイツ
European Research Council (ERC)	310656	European Union
Foundation for Science and Technology (FCT)	UIDP/04378/2020	ポルトガル
Foundation for Science and Technology (FCT)	UIDB/04378/2020	ポルトガル
Foundation for Science and Technology (FCT)	LA/P/0140/2020	ポルトガル
Foundation for Science and Technology (FCT)	UIDB/50006/2020	ポルトガル
Foundation for Science and Technology (FCT)	UIDP/50006/2020	ポルトガル
Foundation for Science and Technology (FCT)	2022.01152.PTDC	ポルトガル
European Molecular Biology Organization (EMBO)	ASTF 282.00-2010	European Union

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2024
タイトル: Revisiting the metal sites of nitrous oxide reductase in a low-dose structure from Marinobacter nauticus.
著者: Pomowski, A. / Dell'Acqua, S. / Wust, A. / Pauleta, S.R. / Moura, I. / Einsle, O.

履歴

登録	2024年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f8x.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f8x.ent.gz	772.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f8x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9f8x_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9f8x_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	9f8x_validation.xml.gz	113.1 KB	表示
CIF形式データ	9f8x_validation.cif.gz	176.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qni
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#5 - 2000年5月シトクロムc酸化酵素 (Cytochrome c Oxidase) 類似性 (5) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (4) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Nitrous-oxide reductase

B: Nitrous-oxide reductase

C: Nitrous-oxide reductase

D: Nitrous-oxide reductase

ヘテロ分子

285 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nitrous-oxide reductase

B: Nitrous-oxide reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
143 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Nitrous-oxide reductase

D: Nitrous-oxide reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
142 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.260, 69.375, 153.188
Angle α, β, γ (deg.)	81.384, 77.918, 88.608
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Nitrous-oxide reductase / N(2)OR / N2O reductase 分子量: 70461.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marinobacter nauticus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A140IKA4, nitrous-oxide reductase

-
非ポリマー , 7種, 3258分子

#2: 化合物	ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION 分子量: 127.092 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu₂
#3: 化合物	ChemComp-CUK / [4Cu:2S] cluster 分子量: 318.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu₄S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 15 % PEG 8000 0.6 M NaCl 0.1 M imidazole/malate protein concentration: 14 mg/ml Temp details: anoxic glove box

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年11月20日 / 詳細: Varimax HF
放射	モノクロメーター: Cu Ka / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.498→23.501 Å / Num. obs: 381570 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 13.5 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.026 / R_pim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.498→1.52 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 17344 / CC_1/2: 0.87 / R_pim(I) all: 0.258 / % possible all: 83.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
DENZO		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.498→23.501 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 1.833 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.058 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1519	19047	4.992 %
R_work	0.1298	362521	-
all	0.131	-	-
obs	-	381568	91.341 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.832 Å²	0.006 Å²	0.534 Å²
2-	-	0.854 Å²	-0.079 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.498→23.501 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18072	0	99	3222	21393

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	18979
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	16819
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.075	1.658	25811
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.606	1.572	39301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.606	5	2374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.049	5	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.613	10	3147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.107	10	929
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	2781
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	22015
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3778
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	3498
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	16182
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	8829
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	9917
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	2344
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.076	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.112	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.174	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.226	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.233	1.476	9373
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.233	1.476	9373
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.741	2.212	11788
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.742	2.213	11789
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.58	1.73	9606
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.58	1.731	9607
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.854	2.491	13987
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.854	2.491	13988
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.661	27.905	22016
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.66	27.905	22017

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.498-1.537	0.311	1282	0.288	24746	0.289	30862	0.969	0.976	84.3367	0.263
1.537-1.579	0.223	1286	0.215	24790	0.216	29994	0.978	0.983	86.9374	0.194
1.579-1.625	0.199	1312	0.178	24289	0.179	29203	0.98	0.986	87.6656	0.158
1.625-1.674	0.18	1235	0.148	23899	0.15	28380	0.983	0.988	88.5624	0.131
1.674-1.729	0.164	1210	0.132	23251	0.134	27420	0.984	0.99	89.2086	0.118
1.729-1.789	0.161	1120	0.126	22759	0.127	26556	0.984	0.99	89.9194	0.115
1.789-1.856	0.146	1160	0.12	22098	0.122	25643	0.987	0.991	90.6992	0.113
1.856-1.932	0.15	1135	0.122	21485	0.123	24741	0.987	0.991	91.4272	0.118
1.932-2.017	0.154	1174	0.127	20605	0.129	23637	0.986	0.991	92.1394	0.126
2.017-2.115	0.155	1117	0.128	19892	0.13	22644	0.986	0.992	92.7795	0.129
2.115-2.228	0.151	947	0.126	19231	0.127	21569	0.986	0.992	93.5509	0.13
2.228-2.362	0.143	991	0.115	18192	0.116	20371	0.988	0.993	94.1682	0.121
2.362-2.523	0.134	981	0.108	17234	0.11	19185	0.989	0.993	94.944	0.116
2.523-2.723	0.139	873	0.111	16175	0.112	17831	0.988	0.992	95.6088	0.121
2.723-2.978	0.145	758	0.118	15089	0.119	16451	0.987	0.991	96.3285	0.131
2.978-3.323	0.149	675	0.122	13767	0.124	14888	0.986	0.991	97.0043	0.139
3.323-3.825	0.134	587	0.12	12224	0.121	13171	0.989	0.992	97.2667	0.139
3.825-4.654	0.127	545	0.112	10161	0.112	11183	0.99	0.992	95.7346	0.134
4.654-6.456	0.164	368	0.157	8069	0.157	8677	0.99	0.991	97.2341	0.186
6.456-23.501	0.175	291	0.193	4566	0.192	5118	0.986	0.985	94.9004	0.225

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0633	-0.0153	-0.0778	0.0617	0.0958	0.2615	0.0012	0.0078	-0.0085	-0.0034	-0.0014	0.0068	0.0294	-0.0094	0.0003	0.0203	0.0033	-0.0093	0.012	-0.0004	0.0059	2.3077	-12.3014	-9.7276
2	0.1066	-0.0728	-0.0756	0.0734	0.1139	0.2227	0.0203	-0.0016	0.0087	-0.0252	-0.0041	-0.0108	-0.0435	-0.0048	-0.0161	0.0099	0.0034	0.0039	0.0121	0.0051	0.0041	-2.156	12.103	10.0942
3	0.1218	0.0491	0.0266	0.0656	0.073	0.0912	0.0032	0.0131	-0.0211	0.0178	0.0008	-0.0102	0.0224	-0.0017	-0.004	0.0078	-0.0022	-0.0022	0.0039	0.0026	0.0162	30.4704	14.3356	58.8445
4	0.0791	0.0319	0.0436	0.056	0.0685	0.1084	0	-0.0176	0.0174	0.0005	-0.0036	0.008	-0.0074	-0.0116	0.0036	0.0064	0.0007	0.0017	0.0065	-0.0005	0.0092	35.0165	38.7968	78.5718

精密化 TLSグループ

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