PDB-9f8v: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f8v

タイトル

Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH7420

要素

N-glycosylase/DNA lyase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / OGG1

機能・相同性

機能・相同性情報

Cleavage of the damaged pyrimidine / oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Scaletti, E. / Kosenina, S. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH7420
著者: Scaletti, E. / Kosenina, S. / Stenmark, P.

履歴

登録	2024年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f8v.cif.gz	379.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f8v.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-glycosylase/DNA lyase

B: N-glycosylase/DNA lyase

C: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
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1

A: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.501, 81.598, 170.355
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	N-glycosylase/DNA lyase 分子量: 35816.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ogg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O08760, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物	ChemComp-A1IBL / 2-azanyl-8-propyl-3,7-dihydropurine-6-thione 分子量: 209.271 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₁N₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.12 M Monosaccharides, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5, 50 % GOL_P4K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→58.956 Å / Num. obs: 45246 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 2.4→2.48 Å / Num. unique obs: 4343 / CC_1/2: 0.774

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→58.956 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 10.795 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.445 / ESU R Free: 0.291 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2813	2258	4.998 %
R_work	0.2293	42920	-
all	0.232	-	-
obs	-	45178	99.982 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.466 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.181 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.132 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.049 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→58.956 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7531	0	43	109	7683

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	7788
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7213
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.432	1.65	10601
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.484	1.575	16547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.803	5	943
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.517	5	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	22.398	20	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.358	10	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.069	10	370
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9286
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	6584
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	3724
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	4103
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	184
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.2	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.275	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.05	7.483	3784
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	8.049	7.484	3784
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	11.969	13.43	4723
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	11.969	13.431	4724
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.17	7.747	4004
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.169	7.748	4005
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.827	14.025	5878
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.826	14.026	5879
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.005	72.867	8897
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.009	72.909	8887

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.462	0.385	148	0.338	3101	0.34	3250	0.904	0.939	99.9692	0.333
2.462-2.53	0.365	154	0.295	3046	0.298	3200	0.929	0.955	100	0.283
2.53-2.603	0.389	146	0.286	2979	0.29	3125	0.901	0.952	100	0.268
2.603-2.683	0.351	157	0.276	2895	0.28	3052	0.924	0.952	100	0.255
2.683-2.771	0.374	152	0.255	2770	0.261	2922	0.915	0.961	100	0.231
2.771-2.868	0.337	130	0.26	2730	0.264	2860	0.932	0.958	100	0.235
2.868-2.976	0.332	125	0.253	2622	0.257	2747	0.924	0.96	100	0.232
2.976-3.097	0.346	164	0.259	2504	0.264	2668	0.921	0.957	100	0.24
3.097-3.234	0.383	130	0.277	2429	0.282	2559	0.915	0.953	100	0.258
3.234-3.391	0.355	133	0.272	2328	0.276	2461	0.919	0.959	100	0.258
3.391-3.574	0.28	118	0.251	2205	0.252	2323	0.943	0.968	100	0.24
3.574-3.79	0.281	87	0.241	2114	0.243	2201	0.953	0.968	100	0.232
3.79-4.051	0.292	96	0.234	1985	0.237	2081	0.947	0.968	100	0.225
4.051-4.373	0.285	102	0.212	1860	0.215	1962	0.948	0.973	100	0.204
4.373-4.788	0.196	89	0.173	1726	0.174	1815	0.975	0.982	100	0.167
4.788-5.349	0.226	85	0.187	1537	0.189	1622	0.973	0.98	100	0.181
5.349-6.168	0.305	73	0.217	1395	0.221	1468	0.957	0.976	100	0.211
6.168-7.533	0.229	71	0.182	1182	0.185	1253	0.97	0.981	100	0.177
7.533-10.568	0.181	68	0.147	938	0.149	1006	0.977	0.986	100	0.148
10.568-58.956	0.195	30	0.236	574	0.234	608	0.972	0.955	99.3421	0.233

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関連情報:EMDBヘッダ

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