PDB-9f8u: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f8u

タイトル

Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH7399

要素

N-glycosylase/DNA lyase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / OGG1

機能・相同性

機能・相同性情報

Cleavage of the damaged pyrimidine / oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Scaletti, E. / Kosenina, S. / Stenmark, S.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH7399
著者: Scaletti, E. / Kosenina, S. / Stenmark, S.

履歴

登録	2024年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f8u.cif.gz	374 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f8u.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f8u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-glycosylase/DNA lyase

B: N-glycosylase/DNA lyase

C: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
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1

A: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: N-glycosylase/DNA lyase

登録者が定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.371, 81.769, 169.985
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	N-glycosylase/DNA lyase 分子量: 35816.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ogg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O08760, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物	ChemComp-A1IBK / 2-azanyl-8-methyl-3,7-dihydropurine-6-thione 分子量: 181.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₇N₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.26 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.09 M NPS, 0.1 M imidazole/MES pH 6.5, 50 % MPD_P1K_P3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→58.7 Å / Num. obs: 40082 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 4445 / CC_1/2: 0.597

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→58.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 13.276 / SU ML: 0.292 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.6 / ESU R Free: 0.338 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2967	2092	5.228 %
R_work	0.2367	37926	-
all	0.24	-	-
obs	-	40018	99.99 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 90.722 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.795 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.891 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.686 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→58.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7494	0	18	63	7575

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	7722
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.92	1.647	10512
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.326	1.575	16415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.636	5	938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.426	5	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	6.721	20	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.736	10	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.938	10	366
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9182
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1907
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	6529
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	3712
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	3923
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.158	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.214	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.267	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.262	9.19	3767
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.261	9.19	3767
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.339	16.513	4700
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.338	16.513	4701
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.437	9.324	3955
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.417	9.32	3952
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.161	17.005	5812
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.145	17	5807
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.275	88.039	8708
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.275	88.057	8705

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.379	139	0.339	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.565-2.635	0.328	150	0.316	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.635-2.711	0.323	173	0.296	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.711-2.794	0.347	142	0.281	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.794-2.886	0.314	122	0.274	2487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.886-2.987	0.35	149	0.277	2368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.987-3.099	0.38	115	0.291	2319	X-RAY DIFFRACTION	100
3.099-3.226	0.323	124	0.265	2221	X-RAY DIFFRACTION	100
3.226-3.369	0.319	127	0.26	2160	X-RAY DIFFRACTION	100
3.369-3.532	0.38	108	0.254	2040	X-RAY DIFFRACTION	100
3.532-3.723	0.253	118	0.243	1969	X-RAY DIFFRACTION	100
3.723-3.948	0.261	96	0.241	1841	X-RAY DIFFRACTION	100
3.948-4.219	0.352	87	0.238	1751	X-RAY DIFFRACTION	100
4.219-4.555	0.253	80	0.203	1667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.555-4.987	0.25	70	0.212	1516	X-RAY DIFFRACTION	100
4.987-5.57	0.322	71	0.222	1379	X-RAY DIFFRACTION	100
5.57-6.422	0.284	82	0.242	1219	X-RAY DIFFRACTION	100
6.422-7.842	0.286	58	0.199	1055	X-RAY DIFFRACTION	100
7.842-10.993	0.275	55	0.164	830	X-RAY DIFFRACTION	100
10.993-58.7	0.224	26	0.254	524	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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