PDB-9f8f: SLPL/SLPH (H/L) complex C. difficile Opt2472 strain (SLCT2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f8f

タイトル

SLPL/SLPH (H/L) complex C. difficile Opt2472 strain (SLCT2)

要素

S-layer protein
SLPH - S-layer protein HMW

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / S-layer / SlpA / C. difficile / SLLP

機能・相同性

Low molecular weight S layer protein, N-terminal / Low molecular weight S layer protein, N-terminal, subdomain / Low molecular weight S layer protein N terminal / S-layer protein

機能・相同性情報

生物種

Clostridioides difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.07 Å

データ登録者

Barwinska-Sendra, A. / Salgado, P.S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: SLPL/SLPH (H/L) complex C. difficile Opt2472 strain
著者: Barwinska-Sendra, A. / Salgado, P.S.

履歴

登録	2024年5月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f8f.cif.gz	620 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f8f.ent.gz	422.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9f8f_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9f8f_full_validation.pdf.gz	466 KB	表示
XML形式データ	9f8f_validation.xml.gz	51.6 KB	表示
CIF形式データ	9f8f_validation.cif.gz	66.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8f	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: SLPH - S-layer protein HMW

D: SLPH - S-layer protein HMW

C: S-layer protein

A: S-layer protein

154 kDa, 4 ポリマー
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1

B: SLPH - S-layer protein HMW

A: S-layer protein

登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, SLPL:SLPH complex seen in native PAGE and size exclusion chromatography ELISA showing SLPL-SLPH interaction for homologues in CD630 strain
76.9 kDa, 2 ポリマー
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2

D: SLPH - S-layer protein HMW

C: S-layer protein

登録者が定義した集合体
76.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.324, 76.480, 78.229
Angle α, β, γ (deg.)	81.800, 78.860, 66.780
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 7 through 120 or resid 124 through 316))
d_2	ens_1	(chain "C" and resid 7 through 316)
d_1	ens_2	chain "B"
d_2	ens_2	chain "D"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	PRO	PRO	LYS	LYS	A	D	7 - 120	7 - 120
d_1	2	ens_1	LYS	LYS	LYS	LYS	A	D	124 - 316	124 - 316
d_2	1	ens_1	PRO	PRO	LYS	LYS	C	C	7 - 316	7 - 316
d_1	1	ens_2	THR	THR	MET	MET	B	A	1 - 394	1 - 394
d_2	1	ens_2	THR	THR	MET	MET	D	B	1 - 394	1 - 394

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.61994072274, -0.737078338385, -0.26905208301), (-0.737007420936, -0.664659173137, 0.122671288618), (-0.269246284607, 0.122244454471, -0.955281493371)	33.1437412401, 60.5149355916, 21.2678675556
2	given	(0.648896411008, -0.689814510931, -0.321075362321), (-0.688104943885, -0.712117824928, 0.139283127554), (-0.324723011169, 0.130553222589, -0.936755476146)	30.5139479682, 61.104544037, 21.8167523844

#1: タンパク質	SLPH - S-layer protein HMW 分子量: 41717.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Clostridioides difficile (バクテリア) / 株: Opt2472
#2: タンパク質	S-layer protein 分子量: 35147.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Clostridioides difficile (バクテリア) / 株: Opt2472 / 参照: UniProt: A0A7G4WJU1
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1600 mM Sodium citrate tribasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.7085 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7085 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.07→35.78 Å / Num. obs: 29132 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 13.8 Å² / CC_1/2: 0.813 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 3.07→3.18 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 2912 / CC_1/2: 0.417 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.07→35.78 Å / SU ML: 0.4386 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 29.1272
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2831	1489	5.13 %
R_work	0.2308	27524	-
obs	0.2335	29013	98.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.07→35.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10585	0	0	53	10638

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	10694
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4974	14465
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0427	1718
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1886
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.5338	1479

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	D	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.25676807628
ens_2	d_2	A	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.80499973944

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.07-3.17	0.354	137	0.2613	2504	X-RAY DIFFRACTION	99.25
3.17-3.28	0.3637	135	0.2496	2509	X-RAY DIFFRACTION	99.17
3.28-3.41	0.3078	124	0.2514	2512	X-RAY DIFFRACTION	99.4
3.41-3.57	0.3584	128	0.2456	2518	X-RAY DIFFRACTION	99.14
3.57-3.76	0.353	138	0.2894	2489	X-RAY DIFFRACTION	98.02
3.76-3.99	0.2744	139	0.2568	2485	X-RAY DIFFRACTION	98.2
3.99-4.3	0.2287	121	0.2051	2500	X-RAY DIFFRACTION	99.47
4.3-4.73	0.2651	135	0.2111	2472	X-RAY DIFFRACTION	97.46
4.73-5.41	0.2246	161	0.1727	2495	X-RAY DIFFRACTION	99.55
5.41-6.81	0.2305	139	0.2033	2517	X-RAY DIFFRACTION	99.81
6.81-35.78	0.1899	132	0.1971	2523	X-RAY DIFFRACTION	99.55

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0454998726149	0.00609974110041	-0.00287554567842	0.429632102102	-0.0327183786597	0.0152947329223	-0.0364557561194	0.0159020438818	-0.000448460481733	0.00593779425219	-0.045366646009	-0.0463436731324	-0.0783812965619	-0.0474231625354	-0.0216592911476	0.287536078342	-0.176584079281	-0.0658254181865	-0.0438347842164	0.00829628768549	0.117850610546	29.8280297147	41.6694229893	-17.4727717257
2	0.287089899419	0.0761219373225	0.034318070928	0.0726048993301	-0.0270951636145	0.526425135755	-0.0671844917156	-0.0131987511442	-0.0790072363768	0.0575451159016	-0.0990165652674	-0.203256712036	0.0432641124872	0.150959678334	-0.14258003559	0.322896410572	-0.0679604409996	-0.0947933090321	0.0412087766639	-0.101626630264	-0.0933537708562	32.2595869965	10.1749843193	2.56053759585
3	0.111682868426	0.00210327468295	0.147014515708	0.247945320663	-0.104130412217	0.568863000518	-0.0447056841576	-0.0511285732014	-0.0478031340261	-0.121232978647	0.0358763203273	0.0898103338423	0.150702362915	0.0543750920358	-0.00102780040539	0.365629950748	0.0399346012215	0.0480999878319	0.0593530521734	0.0971078168662	0.0408741684204	28.4070439093	-4.27575602175	-0.334947796746
4	0.535695247684	0.164665274582	0.0108922083862	1.4610379781	0.119909766872	0.500555717468	0.079801167913	0.0107869008329	-0.0347101997586	-0.101124435547	0.0253344997257	0.0898855409008	0.058007617332	-0.0708102669626	0.0566149261935	0.316517644068	-0.0853555591537	-0.0694144027726	0.080434675736	-0.0176067057559	0.118469118812	19.0720680682	-1.62407444247	-13.0578128501
5	0.110478223664	0.103416690129	-0.039205841693	0.275910383595	-0.195993363677	0.135675746044	-0.0249962864341	0.123067114572	-0.109407839372	-0.189378548358	0.0375824969332	0.0641243140155	0.0116470732768	0.0490713259888	-0.0182882798422	0.272119640218	-0.0454511937323	-0.0453217326572	0.203700475635	-0.0355671557165	0.0794769208252	21.6716886518	0.313809910225	-24.2531848242
6	0.577114856177	0.0625573078555	-0.0447602384288	0.840687152163	-0.0244878776307	0.569503371554	-0.0267414443017	0.00451805174991	-0.100566667485	-0.0919871386692	0.065519939751	-0.101803972115	0.0364248635346	0.0332346283014	0.021495858012	0.200965516854	-0.00691275630607	0.00476140449033	0.0430902410019	-0.0380679156183	0.121838114072	29.8692094197	16.1358382205	-15.466690343
7	0.237843031083	0.131431674455	0.028592449093	0.111000585404	-0.00828965854346	0.0615508456252	-0.0820082179449	-0.0353145461106	0.0514413478472	-0.0858559645702	-0.0261478954479	-0.123211680099	-0.050263355721	0.000260400921804	-0.0482789401156	0.371188207497	-0.110167832485	-0.089831632886	0.0832279441367	0.0188922882113	-0.0607795141964	26.4439584315	9.18662459172	34.0219562413
8	0.142451805683	0.00230329015083	-0.00950587873234	0.283079506857	0.0622964143626	0.290274561701	0.0470988885684	-0.0109997261313	-0.0396839647636	-0.0659977807821	-0.0337518833413	-0.0527310627003	0.0735002526444	-0.068220056079	0.0248129715294	0.240788661796	-0.175779865521	-0.127875001821	0.0623885668296	-0.145004657143	-0.0397181406935	43.6816699878	31.9267569142	10.2524596725
9	0.279280210137	0.259541676937	0.294264649188	0.307731916309	0.224347600694	0.783558001742	-0.0780744184029	0.108051682755	0.128039125627	0.00591016781919	0.00512555794633	-0.149898589177	-0.15716057789	0.00644206881598	0.03152699893	0.219126285852	-0.12277122418	-0.178377643465	-0.0249168593087	-0.112439716026	0.120054950146	51.9030627589	44.5267608045	12.4292145619
10	0.138468566665	-0.0133667272365	-0.00907430667602	0.136779784259	-0.0145123565387	0.268175111699	0.00784332654465	-0.168338471941	0.193399443819	0.167956111215	0.0676795145486	-0.0402246731184	-0.0990881790004	-0.0767512286828	0.108228934285	0.210763496721	-0.341337722959	-0.392765884161	0.0296091659338	-0.350601835602	-0.360466046941	47.1850970163	36.4446637371	30.6597346661
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 1 through 40 )	B	A	1 - 40	1 - 40
2	2	chain 'B' and (resid 41 through 130 )	B	A	41 - 130	41 - 130
3	3	chain 'B' and (resid 131 through 189 )	B	A	131 - 189	131 - 189
4	4	chain 'B' and (resid 190 through 246 )	B	A	190 - 246	190 - 246
5	5	chain 'B' and (resid 247 through 296 )	B	A	247 - 296	247 - 296
6	6	chain 'B' and (resid 297 through 394 )	B	A	297 - 394	297 - 394
7	7	chain 'D' and (resid 1 through 40 )	D	B	1 - 40	1 - 40
8	8	chain 'D' and (resid 41 through 130 )	D	B	41 - 130	41 - 130
9	9	chain 'D' and (resid 131 through 189 )	D	B	131 - 189	131 - 189
10	10	chain 'D' and (resid 190 through 394 )	D	B	190 - 394	190 - 394
11	11	chain 'C' and (resid 7 through 31 )	C	C	7 - 31	1 - 25
12	12	chain 'C' and (resid 32 through 84 )	C	C	32 - 84	26 - 78
13	13	chain 'C' and (resid 85 through 170 )	C	C	85 - 170	79 - 161
14	14	chain 'C' and (resid 171 through 184 )	C	C	171 - 184	162 - 175
15	15	chain 'C' and (resid 185 through 278 )	C	C	185 - 278	176 - 269
16	16	chain 'C' and (resid 279 through 318 )	C	C	279 - 318	270 - 309
17	17	chain 'A' and (resid 7 through 31 )	A	D	7 - 31	1 - 25
18	18	chain 'A' and (resid 32 through 57 )	A	D	32 - 57	26 - 51
19	19	chain 'A' and (resid 58 through 148 )	A	D	58 - 148	52 - 142
20	20	chain 'A' and (resid 149 through 212 )	A	D	149 - 212	143 - 206
21	21	chain 'A' and (resid 213 through 251 )	A	D	213 - 251	207 - 245
22	22	chain 'A' and (resid 252 through 278 )	A	D	252 - 278	246 - 272
23	23	chain 'A' and (resid 279 through 300 )	A	D	279 - 300	273 - 294
24	24	chain 'A' and (resid 301 through 316 )	A	D	301 - 316	295 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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