PDB-9f8e: SLPL/SLPH (H/L) complex from C. difficile SlpA (Ox247_delta_orf2 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f8e

タイトル

SLPL/SLPH (H/L) complex from C. difficile SlpA (Ox247_delta_orf2 strain, SLCT11)

要素

(S-layer protein) x 2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / S-layer / SlpA / C. difficile / SLLP

機能・相同性

: / Putative cell wall binding repeat 2 / Cell wall binding domain 2 (CWB2) / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / S-layer protein

機能・相同性情報

生物種

Clostridioides difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Barwinska-Sendra, A. / Salgado, P.S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: SLPL/SLPH (H/L) complex from C. difficile SlpA (Ox247 strain)
著者: Barwinska-Sendra, A. / Salgado, P.S.

履歴

登録	2024年5月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f8e.cif.gz	521.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f8e.ent.gz	358 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f8e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9f8f
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-layer protein

B: S-layer protein

C: S-layer protein

D: S-layer protein

125 kDa, 4 ポリマー
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1

A: S-layer protein

B: S-layer protein

登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, For Ox247 strain, size exclusion and native PAGE ELISA showing interaction of homologues SLPL and SLPH for CD630 strain
62.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: S-layer protein

D: S-layer protein

登録者が定義した集合体
62.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	47.612, 73.374, 90.799
Angle α, β, γ (deg.)	91.640, 95.740, 96.110
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 36 or resid 43 through 178))
d_2	ens_1	(chain "C" and (resid 1 through 123 or resid 128 through 178))
d_1	ens_2	chain "B"
d_2	ens_2	chain "D"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	1 - 36	1 - 36
d_1	2	ens_1	LEU	LEU	PHE	PHE	A	A	43 - 178	43 - 178
d_2	1	ens_1	ALA	ALA	VAL	VAL	C	C	1 - 123	1 - 123
d_2	2	ens_1	LYS	LYS	PHE	PHE	C	C	128 - 178	128 - 178
d_1	1	ens_2	THR	THR	MET	MET	B	B	5 - 407	5 - 407
d_2	1	ens_2	THR	THR	MET	MET	D	D	5 - 407	5 - 407

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.636491226846, -0.769253841946, 0.0559235621161), (-0.766770475201, -0.638933667596, -0.0618611895542), (0.0833184043798, -0.0035064318652, -0.9965168079)	14.8420674149, 32.6439376498, -7.4471752589
2	given	(0.531553286277, -0.829708777766, 0.170394976296), (-0.829252212572, -0.55075460109, -0.094921743152), (0.172603220692, -0.0908444465929, -0.980793257894)	18.5016608392, 32.4844891993, -7.83999570695

#1: タンパク質	S-layer protein 分子量: 19528.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然詳細: SLPL - SlpA LMW protein from C. difficile strain Ox247 delta-orf2 由来: (天然) Clostridioides difficile (バクテリア) / Variant: delta orf2 / 株: Ox247 / 参照: UniProt: Q2N3V9
#2: タンパク質	S-layer protein 分子量: 42843.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Clostridioides difficile (バクテリア) / Variant: delta orf2 / 株: Ox247 / 参照: UniProt: Q2N3V9
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 4mM Oxometalates, 0.05M Tris (base), 0.o5M BICINE, 20% v/v Glycerol; 10% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.70846 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.70846 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→39.08 Å / Num. obs: 21675 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 31.86 Å² / CC_1/2: 0.407 / CC star: 0.76 / R_rim(I) all: 0.43 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 2166 / CC_1/2: 0.159 / CC star: 0.524 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→39.08 Å / SU ML: 0.3197 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.5127
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2344	1058	4.95 %
R_work	0.1785	20296	-
obs	0.1813	21675	96.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→39.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8618	0	0	17	8635

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0032	8694
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5823	11769
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0417	1434
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	1519
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.0519	1212

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.3758755042
ens_2	d_2	B	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.721985274658

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.24	0.2658	142	0.2259	2432	X-RAY DIFFRACTION	93.4
3.24-3.41	0.3079	147	0.2128	2494	X-RAY DIFFRACTION	95
3.41-3.63	0.2442	134	0.2054	2485	X-RAY DIFFRACTION	95.03
3.63-3.91	0.2268	127	0.1842	2491	X-RAY DIFFRACTION	95.69
3.91-4.3	0.2228	124	0.1701	2598	X-RAY DIFFRACTION	97.7
4.3-4.92	0.2218	137	0.1497	2574	X-RAY DIFFRACTION	99.01
4.92-6.19	0.2206	121	0.1703	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.27
6.19-39.08	0.1911	126	0.1521	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.46

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.340271698425	0.424713540507	0.369188395661	0.855157026441	-0.116369819838	1.09297067856	-0.0996400728056	0.432037616542	-0.451817860248	-0.154153095897	0.0848737301032	0.0439485281516	0.144850258659	-0.309500918564	-0.0854042472801	0.316713872394	0.0629859692551	-0.00687730416979	0.367510644813	0.100399975944	0.354798795569	-4.89333623453	4.32972469944	-48.5807833695
2	0.91352084852	0.0193055871518	-0.488672159868	0.372655822301	-0.0802249915988	1.13619841117	-0.425342245319	-0.0871758664844	0.291347421161	0.167195231628	0.162560035155	0.611750384668	-0.00456174761163	-0.379313622781	0.0627141681426	-0.765158272834	0.306538337541	-0.835483572615	0.626815493354	0.467790876454	-0.048359377766	-12.6777713904	9.16252068861	-56.9933389298
3	0.504867105808	-0.35088915582	-0.278294926387	0.545304675026	0.224448949478	0.730344851564	0.246632899071	-0.801975997309	0.0135879782766	0.0870903153267	-0.106060273735	-0.444752376854	-0.396662277641	-0.199271708768	-0.0957235943945	0.551057903568	0.113281347647	0.0399898859275	0.3231779376	0.0713439016332	0.40999137589	-3.38988459728	18.7676931818	-33.0267961516
4	0.439583157192	-0.341403420876	1.13561324608	0.327551208277	-0.932385942503	2.66871300896	0.064615736086	-0.446804925197	0.0410248462156	-0.237850083272	0.137187920946	0.248518717631	-0.196093189702	-0.550746071665	-0.0240884555669	0.927980986694	0.151948481936	-0.207035255265	0.361095897191	0.124675097757	0.32150244279	-2.82719933094	20.6032815265	-49.0863448208
5	0.257574242331	-0.254657987582	-0.0911340866521	0.797976458592	-0.249774758749	0.809913419761	-0.338092236155	0.343804479373	0.279249875779	0.298569279773	0.364420778935	0.4341743897	-0.809832717215	-0.0500618670288	-0.0926649962767	0.610941366957	-0.133827463609	-0.091178745471	0.516758431116	0.0280972066337	0.126850880759	-2.69760479206	12.0408469766	-44.3658011454
6	0.702216783894	0.984913344359	-0.186366131317	1.86146310308	0.130376328626	0.301440972714	-0.211924967477	-0.61348002406	0.0471384838561	-0.0717453190061	0.172633750139	0.0104170810118	0.826996291638	0.502171843215	-0.112443798701	0.411967351035	0.134269002028	-0.00922086454783	0.384373041468	0.0653307916119	0.330035804716	8.31654183989	-7.08369150552	-34.5448153635
7	2.70882278744	0.143842585142	0.242901569032	2.05090915399	-0.202747970002	1.9973603353	-0.201211862518	-0.503467043418	0.157392448654	-0.211545428686	0.267232567814	0.0591270731937	0.943370614827	-0.0271516147292	-0.203751667326	0.403491886744	-0.00800328202786	0.0143064227481	0.245995091744	0.00870291466718	0.208096842587	1.15061973991	-5.36144493543	-25.7340217587
8	2.58528006566	0.0706307237992	-0.619677531528	0.911430143499	0.933875251005	1.32667732082	0.639195739706	0.730607872292	-0.094989592818	-0.316373365064	-0.16025135534	0.722865496518	0.162188982883	-0.0137796894761	-0.0516310384013	1.14665589603	-0.324909888666	-0.120844381067	0.796926110356	-0.0480726850699	0.416672295326	-7.21407554996	-15.7755114166	-38.078190706
9	0.408185820123	-0.00763883598593	-0.323859660485	0.734991493791	-0.713370488537	0.727866343837	0.568879623086	-0.07180470362	-0.154557688269	-0.501308387742	-0.0576240769062	-0.810998447874	0.972091505787	-0.0721442739965	-0.103057310568	0.542893552641	-0.0273023737162	-0.157576544198	0.229945676303	-0.0132308655284	0.181656921091	5.33167243774	-2.96381710793	-28.7841458665
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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23	23	chain 'D' and (resid 5 through 66 )	D	D	5 - 66	1 - 62
24	24	chain 'D' and (resid 67 through 115 )	D	D	67 - 115	63 - 111
25	25	chain 'D' and (resid 116 through 202 )	D	D	116 - 202	112 - 198
26	26	chain 'D' and (resid 203 through 244 )	D	D	203 - 244	199 - 240
27	27	chain 'D' and (resid 245 through 338 )	D	D	245 - 338	241 - 334
28	28	chain 'D' and (resid 339 through 407 )	D	D	339 - 407	335 - 403

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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