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Yorodumi- PDB-9f8e: SLPL/SLPH (H/L) complex from C. difficile SlpA (Ox247_delta_orf2 ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9f8e | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | SLPL/SLPH (H/L) complex from C. difficile SlpA (Ox247_delta_orf2 strain, SLCT11) | ||||||
Components | (S-layer protein) x 2 | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / S-layer / SlpA / C. difficile / SLLP | ||||||
| Function / homology | : / Putative cell wall binding repeat 2 / Cell wall binding domain 2 (CWB2) / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / S-layer protein Function and homology information | ||||||
| Biological species | Clostridioides difficile (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | ||||||
Authors | Barwinska-Sendra, A. / Salgado, P.S. | ||||||
| Funding support | United Kingdom, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: SLPL/SLPH (H/L) complex from C. difficile SlpA (Ox247 strain) Authors: Barwinska-Sendra, A. / Salgado, P.S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9f8e.cif.gz | 521.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9f8e.ent.gz | 358 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9f8e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9f8e_validation.pdf.gz | 442.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9f8e_full_validation.pdf.gz | 451.5 KB | Display | |
| Data in XML | 9f8e_validation.xml.gz | 43.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 9f8e_validation.cif.gz | 56.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8e | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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Components
| #1: Protein | Mass: 19528.562 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Details: SLPL - SlpA LMW protein from C. difficile strain Ox247 delta-orf2 Source: (natural) Clostridioides difficile (bacteria) / Variant: delta orf2 / Strain: Ox247 / References: UniProt: Q2N3V9#2: Protein | Mass: 42843.461 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Clostridioides difficile (bacteria) / Variant: delta orf2 / Strain: Ox247 / References: UniProt: Q2N3V9#3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.07 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 4mM Oxometalates, 0.05M Tris (base), 0.o5M BICINE, 20% v/v Glycerol; 10% w/v PEG 4000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.70846 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 4, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.70846 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.1→39.08 Å / Num. obs: 21675 / % possible obs: 96.8 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 31.86 Å2 / CC1/2: 0.407 / CC star: 0.76 / Rrim(I) all: 0.43 / Net I/σ(I): 7.5 |
| Reflection shell | Resolution: 3.1→3.21 Å / Redundancy: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 2166 / CC1/2: 0.159 / CC star: 0.524 / % possible all: 93.2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1→39.08 Å / SU ML: 0.3197 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 23.5127 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 34.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→39.08 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Clostridioides difficile (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United Kingdom, 1items
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