PDB-9f7k: Glutathione transferase epsilon 1 from Drosophila melanogaster in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f7k

タイトル

Glutathione transferase epsilon 1 from Drosophila melanogaster in complex with glutathione

要素

GH14654p

キーワード

TRANSFERASE / glutathione / insect / epsilon

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / response to heat / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster American nodavirus SW-2009a

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Didierjean, C. / Schwartz, M. / Neiers, F.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2024
タイトル: Structural and Thermodynamic Insights into Dimerization Interfaces of Drosophila Glutathione Transferases.
著者: Schwartz, M. / Petiot, N. / Chaloyard, J. / Senty-Segault, V. / Lirussi, F. / Senet, P. / Nicolai, A. / Heydel, J.M. / Canon, F. / Sonkaria, S. / Khare, V. / Didierjean, C. / Neiers, F.

履歴

登録	2024年5月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f7k.cif.gz	189.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f7k.ent.gz	148.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/9f7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/9f7k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (10) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: GH14654p

B: GH14654p

ヘテロ分子

51.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.038, 82.919, 95.543
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 4 - 222 / Label seq-ID: 4 - 222

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	GH14654p / Glutathione S transferase E1 / Glutathione S-transferase 分子量: 24986.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster American nodavirus (ANV) SW-2009a (ウイルス) 遺伝子: GstE1, CT16545, Dmel\CG5164, DmGST-3, DmGSTE1, DmGSTE1-1, GST-3, Gst-3, gst-3, GST-E1, Gst-theta 55F, GST3, Gst3, Gst55F, GSTE1, gstE1, gste1, CG5164, Dmel_CG5164 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7KK90, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE 分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GS8 / S-Hydroxy-Glutathione 分子量: 323.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₇S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 % w/v PEG 8000, 100 mM MES pH 6.0 and 200 mM Ca acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.14071 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.14071 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→41.46 Å / Num. obs: 60131 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / R_merge(I) obs: 0.812 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3542 / CC_1/2: 0.7 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→41.459 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.816 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1766	3053	5.077 %
R_work	0.1537	57078	-
all	0.155	-	-
obs	-	60131	99.685 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.064 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.323 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.067 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.744 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.459 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3482	0	94	208	3784

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	3691
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3505
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.662	1.659	5039
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.573	1.578	8103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.751	5	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.37	5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.718	10	593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.804	10	153
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4249
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	783
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	737
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	2890
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1811
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.085	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.133	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.233	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.888	2.704	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.874	2.704	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.685	4.839	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.684	4.841	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.123	3.244	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.122	3.245	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.516	5.682	2811
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.514	5.682	2812
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.266	26.953	4156
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.233	26.595	4117
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.072	0.05	7406

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07181	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07181	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.248	201	0.233	4192	0.234	4395	0.96	0.962	99.9545	0.217
1.847-1.897	0.25	201	0.215	4087	0.217	4291	0.957	0.968	99.9301	0.197
1.897-1.952	0.225	229	0.201	3915	0.203	4159	0.967	0.971	99.6393	0.181
1.952-2.012	0.206	189	0.183	3846	0.185	4053	0.972	0.977	99.5559	0.165
2.012-2.078	0.208	178	0.168	3788	0.17	3978	0.973	0.981	99.6983	0.149
2.078-2.151	0.176	249	0.148	3518	0.15	3767	0.981	0.986	100	0.132
2.151-2.231	0.148	183	0.138	3509	0.139	3692	0.988	0.99	100	0.125
2.231-2.322	0.158	165	0.133	3386	0.134	3553	0.985	0.989	99.9437	0.117
2.322-2.425	0.152	168	0.125	3237	0.126	3406	0.986	0.991	99.9706	0.112
2.425-2.543	0.141	162	0.12	3088	0.121	3250	0.988	0.991	100	0.108
2.543-2.68	0.16	160	0.135	2957	0.136	3117	0.983	0.99	100	0.124
2.68-2.842	0.176	142	0.143	2799	0.145	2942	0.984	0.989	99.966	0.132
2.842-3.037	0.15	167	0.136	2606	0.137	2773	0.987	0.99	100	0.129
3.037-3.279	0.163	154	0.145	2446	0.146	2608	0.983	0.988	99.6933	0.143
3.279-3.59	0.175	118	0.146	2293	0.148	2413	0.981	0.987	99.9171	0.148
3.59-4.01	0.144	113	0.143	2052	0.143	2181	0.988	0.988	99.2664	0.148
4.01-4.623	0.162	91	0.15	1837	0.15	1943	0.987	0.988	99.228	0.158
4.623-5.644	0.222	81	0.172	1551	0.174	1660	0.978	0.985	98.3133	0.186
5.644-7.909	0.228	59	0.199	1250	0.2	1329	0.981	0.981	98.4951	0.213
7.909-41.459	0.227	43	0.163	721	0.166	806	0.967	0.984	94.7891	0.181

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