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- PDB-9f79: Crystal structure of the S. cerevisiae eIF2beta N-terminal tail b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f79
タイトルCrystal structure of the S. cerevisiae eIF2beta N-terminal tail bound to the C-terminal domain of eIF5
要素
  • Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta
  • Eukaryotic translation initiation factor 5
キーワードTRANSLATION / Eukaryotic translation initiation factor / Complex / eIF5 / W2 domain / eIF2 beta
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic initiation factor eIF2 binding / Recycling of eIF2:GDP / Cellular response to mitochondrial stress / ABC-family proteins mediated transport / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex ...eukaryotic initiation factor eIF2 binding / Recycling of eIF2:GDP / Cellular response to mitochondrial stress / ABC-family proteins mediated transport / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / regulation of translational initiation / GDP-dissociation inhibitor activity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / negative regulation of translational initiation / GTPase activator activity / cytosolic ribosome assembly / translational initiation / ribosome / mRNA binding / GTP binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Translation initiation factor IF2/IF5 / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / Eukaryotic translation initiation factor 5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kuhle, B. / Marintchev, A. / Ficner, R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Rna / 年: 2025
タイトル: Molecular basis for the interactions of eIF2 beta with eIF5, eIF2B, and 5MP1 and their regulation by CK2.
著者: Wagner, P.A. / Song, M. / Doran, P. / Seker, A. / Ficner, R. / Kuhle, B. / Marintchev, A.
履歴
登録2024年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 5
B: Eukaryotic translation initiation factor 5
C: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5513
ポリマ－55,5513
非ポリマー00
水4,053225
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 5
C: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta

A: Eukaryotic translation initiation factor 5
C: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta

B: Eukaryotic translation initiation factor 5

B: Eukaryotic translation initiation factor 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,1036
ポリマ－111,1036
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_545x,x-y-1,-z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
Buried area15400 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area43250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.180, 74.180, 224.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-526-

HOH

21A-557-

HOH

31B-565-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 5 / eIF-5


分子量: 23934.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TIF5, YPR041W, YP3085.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38431
#2: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / eIF2-beta


分子量: 7681.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SUI3, TIF212, YPL237W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09064
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.95 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.4 M (NH4)2SO4, 0.08 M Li2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 359597 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.45 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 22.34
反射 シェル解像度: 2→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.428 / Num. unique obs: 11831 / Rrim(I) all: 0.537 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→37.4 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 23.28 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2277 2411 5 %
Rwork0.2067 --
obs0.2077 48210 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3556 0 0 225 3781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.645
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.705483
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.173556
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012647
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.040.27651380.27462632X-RAY DIFFRACTION99
2.04-2.090.29121400.25842664X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.130.30761410.23642673X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.190.24391420.23332696X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.250.25171400.21752658X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.310.25531410.21952685X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.390.251410.23032674X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.470.23041410.2262681X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.570.28051410.22592674X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.690.26071410.222677X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.830.24251410.21372681X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.010.23121420.21752692X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.240.22811430.22412713X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.560.23191420.20012706X-RAY DIFFRACTION100
3.56-4.080.20981430.192721X-RAY DIFFRACTION100
4.08-5.140.19971450.17352742X-RAY DIFFRACTION100
5.14-37.40.18621490.19072830X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.7106 Å / Origin y: 9.4274 Å / Origin z: 18.1643 Å
111213212223313233
T0.355 Å20.1137 Å2-0.0043 Å2-0.2425 Å20.0332 Å2--0.1937 Å2
L0.6094 °2-0.2534 °20.006 °2-0.8854 °20.0537 °2--0.9034 °2
S0.0664 Å °-0.2121 Å °-0.0376 Å °0.1621 Å °0.0342 Å °0.0219 Å °0.0012 Å °0.1011 Å °-0.0741 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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