[日本語] English
万見
- PDB-9f6g: Human USP30 chimera bound to Ubiquitin-PA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f6g
タイトルHuman USP30 chimera bound to Ubiquitin-PA
要素
  • Polyubiquitin-B
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 35
キーワードHYDROLASE / USP30 / Ubiquitin / DUB / deubiquitinating enzyme / USP14 / USP35 / mitophagy / USP / Ubiquitin-specific protease / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30 / Ubiquitin-PA / Ub-PA
機能・相同性
機能・相同性情報


protein K6-linked deubiquitination / protein K11-linked deubiquitination / negative regulation of ERAD pathway / regulation of chemotaxis / protein K48-linked deubiquitination / deubiquitinase activity / autophagy of mitochondrion / pexophagy / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / peroxisomal membrane ...protein K6-linked deubiquitination / protein K11-linked deubiquitination / negative regulation of ERAD pathway / regulation of chemotaxis / protein K48-linked deubiquitination / deubiquitinase activity / autophagy of mitochondrion / pexophagy / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / peroxisomal membrane / mitochondrial fusion / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / fat pad development / mitochondrion transport along microtubule / endopeptidase inhibitor activity / K63-linked deubiquitinase activity / negative regulation of mitophagy / female gonad development / proteasome binding / seminiferous tubule development / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein deubiquitination / presynaptic cytosol / energy homeostasis / regulation of neuron apoptotic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / p75NTR recruits signalling complexes / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NF-kB is activated and signals survival / proteasome complex / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of BACH1 activity / neuron projection morphogenesis / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / regulation of mitochondrial membrane potential / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by REV1 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of protein ubiquitination / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / TCF dependent signaling in response to WNT / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Regulation of NF-kappa B signaling / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 38-like, N-terminal domain / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14-like / : / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain ...: / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 38-like, N-terminal domain / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14-like / : / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
prop-2-en-1-amine / Polyubiquitin-B / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 35
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kazi, N.H. / Gersch, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck SocietyCGCIII-352S ドイツ
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: Chimeric deubiquitinase engineering reveals structural basis for specific inhibition of the mitophagy regulator USP30.
著者: Kazi, N.H. / Klink, N. / Gallant, K. / Kipka, G.M. / Gersch, M.
履歴
登録2024年5月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 35
B: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7043
ポリマ－44,6462
非ポリマー571
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15670 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)46.639, 50.706, 156.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 30,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 35 / Deubiquitinating enzyme 30 / Ubiquitin thioesterase 30 / Ubiquitin-specific-processing protease 30 ...Deubiquitinating enzyme 30 / Ubiquitin thioesterase 30 / Ubiquitin-specific-processing protease 30 / Ub-specific protease 30 / Deubiquitinating enzyme 14 / Ubiquitin thioesterase 14 / Ubiquitin-specific-processing protease 14 / Deubiquitinating enzyme 35 / Ubiquitin thioesterase 35 / Ubiquitin-specific-processing protease 35


分子量: 36126.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP30, USP14, TGT, USP35, KIAA1372, USP34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q70CQ3, UniProt: P54578, UniProt: Q9P2H5, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: タンパク質 Polyubiquitin-B


分子量: 8519.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47
#3: 化合物 ChemComp-AYE / prop-2-en-1-amine / ALLYLAMINE / アリルアミン


分子量: 57.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.56 M sodium citrate pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→46.64 Å / Num. obs: 58606 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 19.81 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.24 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2821 / CC1/2: 0.426 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALS3.19.0-g3823b7bec-releaseデータ削減
xia23.18.0データ削減
Aimless0.7.15データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.8.93モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→44.7 Å / SU ML: 0.1572 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.724
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2107 2888 4.94 %
Rwork0.183 55579 -
obs0.1843 58467 96.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2767 0 4 355 3126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01412825
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33053831
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0885445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0126488
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.26241017
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.520.27061580.25842548X-RAY DIFFRACTION96.54
1.52-1.550.2771370.25082600X-RAY DIFFRACTION96.07
1.55-1.580.27421470.24052572X-RAY DIFFRACTION96.45
1.58-1.610.28251450.2332618X-RAY DIFFRACTION96.78
1.61-1.640.26041330.22642623X-RAY DIFFRACTION96.74
1.64-1.680.24131520.21992586X-RAY DIFFRACTION96.75
1.68-1.720.23841470.22352629X-RAY DIFFRACTION97.34
1.72-1.760.27751190.20972617X-RAY DIFFRACTION97.06
1.76-1.810.23231250.21382662X-RAY DIFFRACTION96.87
1.81-1.860.21741480.19082677X-RAY DIFFRACTION98.4
1.86-1.920.2621260.17982647X-RAY DIFFRACTION98.12
1.92-1.990.1931290.17292664X-RAY DIFFRACTION97.83
1.99-2.070.25011290.18492681X-RAY DIFFRACTION98.25
2.07-2.160.20181420.1822693X-RAY DIFFRACTION98.37
2.16-2.280.18971510.17632669X-RAY DIFFRACTION97.98
2.28-2.420.22761310.18282457X-RAY DIFFRACTION89.64
2.42-2.610.19411300.17962319X-RAY DIFFRACTION84.56
2.61-2.870.20541280.18442765X-RAY DIFFRACTION99.04
2.87-3.280.21911460.18062767X-RAY DIFFRACTION99.49
3.28-4.140.16521320.15282816X-RAY DIFFRACTION99.63
4.14-44.70.20231330.18082969X-RAY DIFFRACTION99.2
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9401143448850.02507245892080.384669978481.007015630490.2382259164951.91731508282-0.03840694203080.1381738498370.0478958502092-0.05751961650390.134145301308-0.0714139684184-0.1139714220760.228145671977-0.08340145470540.133126695797-0.03959867113850.01333261991250.118663947963-0.01417892851820.1571368383786.92353567602-1.2002566625322.6617131822
22.04753929874-0.5026562095220.8798226279842.55184166822-1.22281793045.09185090725-0.07014182381010.24138139810.221572685064-0.2418124797230.01397590039020.228576800349-0.505530763557-0.2988313746490.03420257523020.2061612551830.00436946212396-0.02553533160670.1739616879070.01732909676790.189589722554-8.976131377382.5741211248911.7835724051
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 66 through 502)AA66 - 5021 - 281
22(chain 'B' and resid 1 through 76)BB - C1 - 761

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る