PDB-9f63: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae pH nine-sensitive p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f63

タイトル

Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae pH nine-sensitive protein 1 (PNS1)

要素

Protein PNS1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Choline transporter-like family / CTL

機能・相同性

Choline transporter-like / Plasma-membrane choline transporter / transmembrane transporter activity / cell periphery / transmembrane transport / membrane / plasma membrane / Protein PNS1

機能・相同性情報

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Driller, J.H. / Pedersen, B.P.

資金援助

デンマーク, European Union, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: S. cerevisiae pH nine-sensitive protein 1 is not a choline transporter.
著者: Driller, J.H. / Pedersen, B.P.

履歴

登録	2024年4月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f63.cif.gz	210.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f63.ent.gz	141.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f63.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9f63_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9f63_full_validation.pdf.gz	442.2 KB	表示
XML形式データ	9f63_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	9f63_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/9f63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/9f63	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein PNS1

63.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.449, 91.262, 108.372
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Protein PNS1 / pH nine-sensitive protein 1 分子量: 63463.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PNS1, YOR161C, O3568 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12412
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.8 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 脂質キュービック相法詳細: 0.1M (NH4)2PO4, 0.1M HEPES 7.0, 32% PEG 400, 6mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9764 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9764 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.73→48.47 Å / Num. obs: 18374 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 81.12 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.133 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.145 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 118497
反射シェル	解像度: 2.73→2.86 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 2.212 / Num. measured all: 16041 / Num. unique obs: 2397 / CC_1/2: 0.413 / R_pim(I) all: 0.922 / R_rim(I) all: 2.399 / Χ²: 1 / Net I/σ(I) obs: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.73→29.29 Å / SU ML: 0.4165 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.0027
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2846	918	5.01 %
R_work	0.2322	17396	-
obs	0.2348	18314	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.73→29.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3369	0	0	12	3381

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	3467
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8521	4703
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0469	528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	566
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.9495	458

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.73-2.88	0.3658	128	0.311	2429	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.88-3.06	0.3711	129	0.3005	2454	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.06-3.29	0.3189	129	0.2569	2436	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.62	0.3018	130	0.2499	2470	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.62-4.14	0.2855	130	0.2208	2479	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.14-5.22	0.285	132	0.2218	2507	X-RAY DIFFRACTION	99.92
5.22-29.29	0.2499	140	0.2161	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.75

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.84234468364	0.0528504154349	0.219940969927	2.69239671638	1.0351401486	2.61329147235	-0.0961641431294	0.0445475911813	0.0762544367848	-0.00989936360033	0.0174157663009	-0.215687799283	0.0278139888557	0.345300486815	0.0737406431553	0.514873910292	0.00384151732968	0.0287058350899	0.544546703278	0.0423959168438	0.500927168052	-21.3450633425	27.1608279983	-21.4443089556
2	5.71832428124	-4.58903719611	-3.09628006735	1.99998518834	4.40559751741	2.00004131596	0.0601721997029	0.128109272725	0.148626383821	-0.857843008058	0.415292782822	1.52291475961	-0.5874465043	-1.89055143995	-0.467521346968	1.1698384476	0.0528258673073	-0.0331146502179	1.12303987214	0.054488013185	1.20335287657	5.34711909076	20.8104118343	-57.1164887124

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid 128 through 537)	128 - 537	40 - 422
2	2	(chain 'A' and resid 110 through 115 )	110 - 115	34 - 39

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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