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- PDB-9f5w: Human condensin II - M18BP1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f5w
タイトルHuman condensin II - M18BP1 complex
要素
  • (Condensin-2 complex subunit ...) x 3
  • (Structural maintenance of chromosomes protein ...) x 2
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Mis18-binding protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Chromosome organisation complex
機能・相同性
機能・相同性情報


female meiosis chromosome separation / positive regulation of chromosome condensation / : / positive regulation of chromosome separation / histone H4K20me1 reader activity / CENP-A recruiting complex / meiotic chromosome condensation / positive regulation of chromosome segregation / condensin complex / kinetochore organization ...female meiosis chromosome separation / positive regulation of chromosome condensation / : / positive regulation of chromosome separation / histone H4K20me1 reader activity / CENP-A recruiting complex / meiotic chromosome condensation / positive regulation of chromosome segregation / condensin complex / kinetochore organization / meiotic chromosome segregation / bHLH transcription factor binding / mitotic sister chromatid separation / CENP-A containing chromatin assembly / condensed chromosome, centromeric region / mitotic chromosome condensation / chromosome condensation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / inner cell mass cell proliferation / nuclear chromosome / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / pericentric heterochromatin / intercellular bridge / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / condensed chromosome / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / Condensation of Prophase Chromosomes / condensed nuclear chromosome / erythrocyte differentiation / cell chemotaxis / cell junction / T cell differentiation in thymus / single-stranded DNA binding / outer membrane-bounded periplasmic space / histone binding / transcription by RNA polymerase II / periplasmic space / nuclear speck / cell division / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / nucleolus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Condensin II complex subunit H2, N-terminal / Condensin-2 complex subunit D3 / Condensin-2 complex subunit G2 / Condensin II complex subunit H2, middle domain / Condensin-2 complex subunit H2, C-terminal / Condensin-2 complex subunit H2 / Condensin II complex subunit CAP-H2 or CNDH2, N-terminal / Condensin II non structural maintenance of chromosomes subunit / Condensin II complex subunit CAP-H2 or CNDH2, C-terminal wHTH domain / Condensin II complex subunit CAP-H2 or CNDH2, mid domain ...Condensin II complex subunit H2, N-terminal / Condensin-2 complex subunit D3 / Condensin-2 complex subunit G2 / Condensin II complex subunit H2, middle domain / Condensin-2 complex subunit H2, C-terminal / Condensin-2 complex subunit H2 / Condensin II complex subunit CAP-H2 or CNDH2, N-terminal / Condensin II non structural maintenance of chromosomes subunit / Condensin II complex subunit CAP-H2 or CNDH2, C-terminal wHTH domain / Condensin II complex subunit CAP-H2 or CNDH2, mid domain / SANT associated / KNL2-like / SANTA (SANT Associated) / Condensin subunit 1/Condensin-2 complex subunit D3 / Condensin complex subunit 1, C-terminal / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1 / Smc2, ATP-binding cassette domain / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / SANT domain profile. / SANT domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / SANT/Myb domain / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Homeobox-like domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural maintenance of chromosomes protein 2 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Condensin-2 complex subunit D3 / Condensin-2 complex subunit H2 / Mis18-binding protein 1 / Condensin-2 complex subunit G2 / Structural maintenance of chromosomes protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Borsellini, A. / Vannini, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO)European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2025
タイトル: Condensin II activation by M18BP1.
著者: Alessandro Borsellini / Duccio Conti / Erin E Cutts / Rebecca J Harris / Kai Walstein / Andrea Graziadei / Valentina Cecatiello / Tom F Aarts / Ren Xie / Abdelghani Mazouzi / Sushweta Sen / ...著者: Alessandro Borsellini / Duccio Conti / Erin E Cutts / Rebecca J Harris / Kai Walstein / Andrea Graziadei / Valentina Cecatiello / Tom F Aarts / Ren Xie / Abdelghani Mazouzi / Sushweta Sen / Claire Hoencamp / Richard Pleuger / Sabrina Ghetti / Lina Oberste-Lehn / Dongqing Pan / Tanja Bange / Judith H I Haarhuis / Anastassis Perrakis / Thijn R Brummelkamp / Benjamin D Rowland / Andrea Musacchio / Alessandro Vannini /
要旨: Condensin I and II promote the drastic spatial rearrangement of the human genome upon mitotic entry. While condensin II is known to initiate this process in early mitosis, what triggers its ...Condensin I and II promote the drastic spatial rearrangement of the human genome upon mitotic entry. While condensin II is known to initiate this process in early mitosis, what triggers its activation and loading onto chromatin at this juncture remains unclear. Through genetic and proteomic approaches, we identify MIS18-binding protein 1 (M18BP1), a protein required to maintain centromere identity, as the elusive factor required for condensin II localization to chromatin. M18BP1 directly binds condensin II's CAP-G2 subunit. The condensin II antagonist MCPH1 also binds to CAP-G2 and outcompetes M18BP1 during interphase to maintain the genome in its uncondensed state. A switch from MCPH1 to M18BP1 at mitotic onset activates condensin II, thus promoting proper chromosome condensation. Regulation of this M18BP1-condensin interaction thus determines both the uncondensed state of the interphase genome and its compacted state in mitosis.
履歴
登録2024年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structural maintenance of chromosomes protein 2
B: Structural maintenance of chromosomes protein 4
D: Condensin-2 complex subunit D3
H: Condensin-2 complex subunit H2
M: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Mis18-binding protein 1
G: Condensin-2 complex subunit G2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)730,6276
ポリマ－730,6276
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Structural maintenance of chromosomes protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Structural maintenance of chromosomes protein 2 / SMC protein 2 / SMC-2 / Chromosome-associated protein E / hCAP-E / XCAP-E homolog


分子量: 135872.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMC2, CAPE, SMC2L1, PRO0324 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O95347
#2: タンパク質 Structural maintenance of chromosomes protein 4 / SMC protein 4 / SMC-4 / Chromosome-associated polypeptide C / hCAP-C / XCAP-C homolog


分子量: 149551.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMC4, CAPC, SMC4L1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NTJ3

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Condensin-2 complex subunit ... , 3種, 3分子 DHG

#3: タンパク質 Condensin-2 complex subunit D3 / Non-SMC condensin II complex subunit D3 / hCAP-D3


分子量: 169109.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCAPD3, CAPD3, KIAA0056 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P42695
#4: タンパク質 Condensin-2 complex subunit H2 / Chromosome-associated protein H2 / hCAP-H2 / Kleisin-beta / Non-SMC condensin II complex subunit H2


分子量: 72040.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCAPH2, CAPH2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6IBW4
#6: タンパク質 Condensin-2 complex subunit G2 / Chromosome-associated protein G2 / CAP-G2 / hCAP-G2 / Leucine zipper protein 5 / Non-SMC condensin ...Chromosome-associated protein G2 / CAP-G2 / hCAP-G2 / Leucine zipper protein 5 / Non-SMC condensin II complex subunit G2


分子量: 131135.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCAPG2, LUZP5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q86XI2

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タンパク質 , 1種, 1分子 M

#5: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Mis18-binding protein 1 / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Kinetochore-associated ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Kinetochore-associated protein KNL-2 homolog / HsKNL-2 / P243


分子量: 72917.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: K12
遺伝子: malE, b4034, JW3994, MIS18BP1, C14orf106, KIAA1903, KNL2, M18BP1
発現宿主: Rosetta (植物) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q6P0N0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human condensin II holocomplex bound to M18BP1 fragment
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMTRIS1
2150 mMNaCl1
35 mMMgCl21
41 mMDTT1
50.03 %Octyl beta-D-glucopyranoside1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
2EPU画像取得
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
12RELION5３次元再構成
13Coot0.9.8.7モデル精密化
14PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24490 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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