PDB-9f5m: Structure of the C-terminal domain of bacteriophage K gp155, native

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f5m

タイトル

Structure of the C-terminal domain of bacteriophage K gp155, native

要素

GP-PDE domain-containing protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / glycerophosphoryl diester phosphodiesterase

機能・相同性

Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process / GP-PDE domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus phage K (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Pichel, A. / van Raaij, M.J.

資金援助

スペイン, 3件

組織	認可番号	国
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)	BFU2014-53425-P	スペイン
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)	BFU2017-82207-P	スペイン
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)	PID2021-125597NB-I00	スペイン

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of bacteriophage K gp155
著者: Pichel, A. / van Raaij, M.J.

履歴

登録	2024年4月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f5m.cif.gz	126.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f5m.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9f5m_validation.pdf.gz	448.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9f5m_full_validation.pdf.gz	449 KB	表示
XML形式データ	9f5m_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	9f5m_validation.cif.gz	42.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/9f5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/9f5m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f49C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: GP-PDE domain-containing protein

BBB: GP-PDE domain-containing protein

ヘテロ分子

53.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: GP-PDE domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: GP-PDE domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.130, 43.334, 98.982
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.084, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	GP-PDE domain-containing protein 分子量: 26644.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus phage K (ファージ) 遺伝子: 812_115, 812a_115, 812F1_115, K1/420_115, K1_115 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U1WFD7
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.75 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3 / 詳細: 15% (w/v) PEG 8000, 83 mM MES-NaOH, 10 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→62.38 Å / Num. obs: 95840 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 22.2 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 0.79 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.52→1.6 Å / R_merge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 13737 / CC_1/2: 0.652 / R_pim(I) all: 0.466 / R_rim(I) all: 0.802 / Χ²: 0.55

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.6.2	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.52→62.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 1.822 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2131	4666	4.869 %
R_work	0.1881	91166	-
all	0.189	-	-
obs	-	95832	95.309 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.003 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.392 Å²	-0 Å²	0.743 Å²
2-	-	-0.542 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.043 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→62.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3724	0	36	648	4408

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	3891
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.316	1.645	5271
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.313	1.581	8487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.665	5	489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.448	24.118	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.824	15	708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.436	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4362
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	850
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	675
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.16	0.2	3276
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	425
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.323	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.124	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.395	2.225	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.394	2.223	1893
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.16	3.334	2370
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.16	3.336	2371
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.071	2.548	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.071	2.55	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.276	3.705	2889
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.275	3.706	2890
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.474	28.526	4441
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.219	27.353	4269

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.52-1.555	0.323	323	0.321	6506	X-RAY DIFFRACTION	92.2589
1.555-1.598	0.284	344	0.286	6563	X-RAY DIFFRACTION	95.8906
1.598-1.644	0.264	298	0.254	6440	X-RAY DIFFRACTION	96.6992
1.644-1.695	0.259	326	0.243	6219	X-RAY DIFFRACTION	96.1369
1.695-1.75	0.277	319	0.235	6067	X-RAY DIFFRACTION	96.4944
1.75-1.812	0.246	287	0.22	5816	X-RAY DIFFRACTION	95.3147
1.812-1.88	0.233	260	0.218	5533	X-RAY DIFFRACTION	94.4562
1.88-1.957	0.216	296	0.199	5447	X-RAY DIFFRACTION	96.6998
1.957-2.044	0.228	253	0.188	5201	X-RAY DIFFRACTION	95.8019
2.044-2.143	0.212	240	0.184	4972	X-RAY DIFFRACTION	95.7384
2.143-2.259	0.22	270	0.188	4691	X-RAY DIFFRACTION	95.2573
2.259-2.396	0.218	212	0.176	4327	X-RAY DIFFRACTION	92.2561
2.396-2.561	0.205	208	0.171	4243	X-RAY DIFFRACTION	96.1962
2.561-2.767	0.191	186	0.167	3896	X-RAY DIFFRACTION	95.2848
2.767-3.03	0.201	238	0.176	3571	X-RAY DIFFRACTION	95.2965
3.03-3.388	0.214	172	0.18	3179	X-RAY DIFFRACTION	92.4669
3.388-3.911	0.201	122	0.173	2952	X-RAY DIFFRACTION	96.3033
3.911-4.788	0.165	150	0.154	2488	X-RAY DIFFRACTION	96.5947
4.788-6.763	0.219	93	0.196	1916	X-RAY DIFFRACTION	94.3636
6.763-62.38	0.229	69	0.191	1139	X-RAY DIFFRACTION	98.5318

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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