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万見
- PDB-9f4c: Structure of the C-terminal domain of CKAP5/chTOG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f4c
タイトルStructure of the C-terminal domain of CKAP5/chTOG
要素Cytoskeleton-associated protein 5
キーワードCELL CYCLE / microtubule / TACC3 binding
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule plus end polymerase / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / RNA transport / positive regulation of microtubule nucleation / microtubule plus-end binding / centrosome cycle / microtubule depolymerization / spindle organization / microtubule polymerization / centrosome duplication ...microtubule plus end polymerase / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / RNA transport / positive regulation of microtubule nucleation / microtubule plus-end binding / centrosome cycle / microtubule depolymerization / spindle organization / microtubule polymerization / centrosome duplication / ribonucleoprotein complex binding / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / spindle pole / mitotic spindle / Separation of Sister Chromatids / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / microtubule binding / ciliary basal body / cilium / cadherin binding / cell division / centrosome / nucleolus / protein-containing complex / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
XMAP215 family / CLASP N-terminal domain / CLASP N terminal / : / XMAP215/Dis1/CLASP, TOG domain / TOG domain / TOG / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytoskeleton-associated protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Pfuhl, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2025
タイトル: Structure and dynamics of the C-terminus of CKAP5
著者: Burgess, S.G. / Bayliss, R. / Pfuhl, M. / Rostkova, L. / Royle, S.
履歴
登録2024年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytoskeleton-associated protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8841
ポリマ－15,8841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cytoskeleton-associated protein 5 / Colonic and hepatic tumor overexpressed gene protein / Ch-TOG


分子量: 15883.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues G1815-P1958 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CKAP5, KIAA0097 / プラスミド: pETM6T / 詳細 (発現宿主): NusA fusion / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21* / 参照: UniProt: Q14008
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic33D 1H-15N NOESY
122isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
132isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
141anisotropic115N IPAP
151isotropic12D 1H-15N HSQC
162isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
172isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.5 mM [U-15N] CKAP5, 20 mM NA HEPES, 150 mM NA glutamic acid, 150 mM NA arginine, 2 mM NA DTT, 0.02 % NA NaN3, 95% H2O/5% D2Olabelled with 15N 20mM HEPES15N Sample95% H2O/5% D2O
solution20.5 mM [U-13C; U-15N] CKAP5, 20 mM NA HEPES, 150 mM NA glutamic acid, 150 mM NA arginine, 2 mM NA DTT, 0.02 % NA sodium azide, 95% H2O/5% D2Olabelled with 15N & 13C15N/13C Sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMCKAP5[U-15N]1
20 mMHEPESNA1
150 mMglutamic acidNA1
150 mMarginineNA1
2 mMDTTNA1
0.02 %NaN3NA1
0.5 mMCKAP5[U-13C; U-15N]2
20 mMHEPESNA2
150 mMglutamic acidNA2
150 mMarginineNA2
2 mMDTTNA2
0.02 %sodium azideNA2
試料状態イオン強度: 150 mM / Ionic strength err: 1 / Label: cond1 / pH: 7.2 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.05 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.5

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001KCL
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002KCL
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD9503Crick

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin4.1Bruker Biospincollection
CcpNmr Analysis2.4CCPNchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 / 詳細: standard protocol
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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