PDB-9f49: Structure of the bacteriophage K gp155 C-terminal domain, seleno-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f49

タイトル

Structure of the bacteriophage K gp155 C-terminal domain, seleno-methionine modified version

要素

GP-PDE domain-containing protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / glycerophosphoryl diester phosphodiesterase

機能・相同性

Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / GP-PDE domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus phage K (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.621 Å

データ登録者

Pichel, A. / van Raaij, M.J.

資金援助

スペイン, 3件

組織	認可番号	国
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)	BFU2014-53425-P	スペイン
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)	BFU2017-82207-P	スペイン
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)	PID2021-125597NB-I00	スペイン

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of bacteriophage K gp155
著者: Pichel, A. / van Raaij, M.J.

履歴

登録	2024年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f49.cif.gz	70.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f49.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f49.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/9f49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/9f49	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f5mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: GP-PDE domain-containing protein

ヘテロ分子

27.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.397, 42.861, 123.646
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	GP-PDE domain-containing protein 分子量: 27019.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus phage K (ファージ) 遺伝子: 812_115, 812a_115, 812F1_115, K1/420_115, K1_115 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B824(DE3) / 参照: UniProt: A0A0U1WFD7
#2: 化合物	ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉O₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.84 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% (w/v)PEG 1500, 100 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 10 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→123.65 Å / Num. obs: 26390 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 10.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.6 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.093 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 1.62→1.71 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 2360 / CC_1/2: 0.729 / R_pim(I) all: 0.232 / R_rim(I) all: 0.529 / Χ²: 1.06 / % possible all: 56.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.6.2	データスケーリング
CRANK2	2.0.281	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.621→61.823 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 1.722 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.091 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1837	1266	4.808 %
R_work	0.1582	25063	-
all	0.159	-	-
obs	-	26329	89.387 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.598 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.426 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.102 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.324 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.621→61.823 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1862	0	21	210	2093

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.319	1.655	2611
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.326	1.583	4176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.731	5	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.642	23.789	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.73	15	325
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.529	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	426
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	356
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.165	0.2	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	938
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	846
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.096	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.098	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.114	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.031	1.763	939
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.019	1.759	938
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.647	2.638	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.65	2.642	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.691	2.014	991
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.68	2.001	980
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.662	2.932	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.647	2.908	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.236	21.914	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.054	21.439	2110

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.621-1.663	0.265	43	0.232	1039	0.233	2135	0.852	0.865	50.6792	0.221
1.663-1.708	0.27	59	0.221	1215	0.223	2091	0.871	0.878	60.9278	0.213
1.708-1.758	0.254	79	0.201	1375	0.204	2017	0.886	0.892	72.0873	0.192
1.758-1.812	0.22	64	0.174	1544	0.176	1977	0.916	0.928	81.3354	0.168
1.812-1.871	0.206	80	0.171	1619	0.173	1928	0.934	0.944	88.1224	0.158
1.871-1.937	0.205	92	0.166	1679	0.168	1858	0.947	0.947	95.3176	0.144
1.937-2.01	0.167	83	0.158	1712	0.159	1795	0.961	0.962	100	0.134
2.01-2.092	0.193	60	0.144	1645	0.146	1705	0.962	0.968	100	0.126
2.092-2.185	0.185	94	0.144	1575	0.146	1670	0.952	0.967	99.9401	0.131
2.185-2.291	0.156	67	0.14	1528	0.14	1595	0.97	0.972	100	0.129
2.291-2.415	0.169	83	0.144	1439	0.145	1522	0.968	0.971	100	0.137
2.415-2.561	0.157	78	0.142	1359	0.143	1437	0.974	0.974	100	0.139
2.561-2.738	0.165	65	0.152	1307	0.153	1374	0.968	0.968	99.8544	0.153
2.738-2.957	0.162	61	0.162	1190	0.162	1251	0.962	0.958	100	0.169
2.957-3.238	0.21	46	0.158	1133	0.16	1181	0.947	0.962	99.8307	0.175
3.238-3.619	0.16	53	0.15	1025	0.151	1079	0.964	0.966	99.9073	0.168
3.619-4.177	0.155	51	0.138	901	0.139	953	0.971	0.976	99.8951	0.164
4.177-5.109	0.201	44	0.151	779	0.154	824	0.97	0.977	99.8786	0.184
5.109-7.201	0.206	40	0.19	626	0.191	666	0.959	0.966	100	0.227
7.201-61.823	0.209	24	0.207	372	0.207	396	0.966	0.966	100	0.245

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