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- PDB-9f3y: CutC choline lyase in complex with difluorocholine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f3y
タイトルCutC choline lyase in complex with difluorocholine
要素Choline trimethylamine-lyase
キーワードLYASE / glycyl radical enzyme / choline / CutC
機能・相同性
機能・相同性情報


choline trimethylamine-lyase / choline trimethylamine lyase activity / choline catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Choline trimethylamine-lyase / : / Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site / Glycine radical domain signature. / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Choline trimethylamine-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kalnins, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: CutC choline lyase in complex with difluorocholine
著者: Kalnins, G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2024年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Choline trimethylamine-lyase
B: Choline trimethylamine-lyase
C: Choline trimethylamine-lyase
D: Choline trimethylamine-lyase
E: Choline trimethylamine-lyase
F: Choline trimethylamine-lyase
G: Choline trimethylamine-lyase
H: Choline trimethylamine-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,027,77516
ポリマ－1,026,7828
非ポリマー9938
水3,981221
1
A: Choline trimethylamine-lyase
ヘテロ分子

D: Choline trimethylamine-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,9444
ポリマ－256,6962
非ポリマー2482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area48160 Å2
手法PISA
2
B: Choline trimethylamine-lyase
ヘテロ分子

E: Choline trimethylamine-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,9444
ポリマ－256,6962
非ポリマー2482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area47840 Å2
手法PISA
3
C: Choline trimethylamine-lyase
G: Choline trimethylamine-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,9444
ポリマ－256,6962
非ポリマー2482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area48310 Å2
手法PISA
4
F: Choline trimethylamine-lyase
H: Choline trimethylamine-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,9444
ポリマ－256,6962
非ポリマー2482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area47820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.366, 117.573, 212.531
Angle α, β, γ (deg.)77.650, 85.337, 70.007
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Choline trimethylamine-lyase / Choline TMA-lyase / Choline utilization protein C


分子量: 128347.758 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: hpdB, cutC, SAMEA4873561_02933, SAMEA4873648_04511
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A486V7R5, choline trimethylamine-lyase
#2: 化合物
ChemComp-A1H9L / difluorocholine / 2-DEOXY-2-FLUOROHEXOPYRANOSYL FLUORIDE / 2-DEOXY-2-FLUORO-ALPHA-D-MANNOSYL FLUORIDE / 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-mannosyl fluoride / 2-deoxy-2-fluoro-D-mannosyl fluoride / 2-deoxy-2-fluoro-mannosyl fluoride


分子量: 124.152 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12F2N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 61 mM K/Na tartrate, 18% PEG3350, 12.5 mM EDTA, 100 mM Bis-Tris (pH 7.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.73 Å / Num. obs: 167016 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 47.18 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.16 / Rrim(I) all: 0.227 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 8505 / CC1/2: 0.591 / Rpim(I) all: 0.84 / Rrim(I) all: 1.188 / Χ2: 0.83 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→44.57 Å / SU ML: 0.472 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.3778
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2947 8184 4.9 %
Rwork0.22 158740 -
obs0.2236 166924 95.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→44.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数50032 0 64 221 50317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.010151136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.255169192
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05927560
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00719024
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.20236984
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.930.36942870.30325462X-RAY DIFFRACTION97.79
2.93-2.970.34952820.29755340X-RAY DIFFRACTION97.71
2.97-30.36462840.29975351X-RAY DIFFRACTION97.59
3-3.040.35692710.29355409X-RAY DIFFRACTION97.48
3.04-3.080.38132990.30145350X-RAY DIFFRACTION96.96
3.08-3.120.36823050.29275294X-RAY DIFFRACTION96.97
3.12-3.170.37712950.27855358X-RAY DIFFRACTION97.15
3.17-3.220.33272810.2695244X-RAY DIFFRACTION96.68
3.22-3.270.33512850.25455476X-RAY DIFFRACTION96.95
3.27-3.320.3462390.25215229X-RAY DIFFRACTION95.91
3.32-3.380.34332800.26215280X-RAY DIFFRACTION95.08
3.38-3.440.33372570.26215233X-RAY DIFFRACTION94.57
3.44-3.50.32322370.25234952X-RAY DIFFRACTION90.2
3.5-3.580.29662800.22985151X-RAY DIFFRACTION93.62
3.58-3.650.32482700.24215423X-RAY DIFFRACTION97.6
3.65-3.740.29832950.22385319X-RAY DIFFRACTION97.33
3.74-3.830.29842910.21235361X-RAY DIFFRACTION97.11
3.83-3.940.29942780.21875314X-RAY DIFFRACTION96.6
3.94-4.050.26192810.21295390X-RAY DIFFRACTION97.17
4.05-4.180.27272550.19815365X-RAY DIFFRACTION96.83
4.18-4.330.26242800.19425213X-RAY DIFFRACTION95.71
4.33-4.50.2442840.19315204X-RAY DIFFRACTION94.31
4.5-4.710.27122770.19325021X-RAY DIFFRACTION90.81
4.71-4.960.27272640.18855372X-RAY DIFFRACTION97.75
4.96-5.270.26212640.19435384X-RAY DIFFRACTION97.28
5.27-5.670.28252640.19195353X-RAY DIFFRACTION96.95
5.67-6.240.27722480.20235305X-RAY DIFFRACTION95.3
6.24-7.140.29122530.20395027X-RAY DIFFRACTION91.51
7.14-8.990.25052510.17185379X-RAY DIFFRACTION96.84
8.99-44.570.22522470.16585181X-RAY DIFFRACTION93.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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