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- PDB-9f3v: RIP2K kinase domain dimer with bound compound 37 (N399), a speifi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f3v
タイトルRIP2K kinase domain dimer with bound compound 37 (N399), a speific NOD1 pathway inhibitor
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


response to interleukin-18 / toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / caspase binding / immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of xenophagy / xenophagy / LIM domain binding ...response to interleukin-18 / toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / caspase binding / immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of xenophagy / xenophagy / LIM domain binding / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / cellular response to muramyl dipeptide / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / CARD domain binding / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cellular response to peptidoglycan / response to interleukin-12 / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / JUN kinase kinase kinase activity / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / toll-like receptor 4 signaling pathway / response to exogenous dsRNA / cellular response to lipoteichoic acid / positive regulation of interferon-alpha production / canonical NF-kappaB signal transduction / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / signaling adaptor activity / positive regulation of interleukin-12 production / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of interleukin-2 production / response to interleukin-1 / p75NTR recruits signalling complexes / positive regulation of interferon-beta production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of protein ubiquitination / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / positive regulation of JNK cascade / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / cytokine-mediated signaling pathway / protein homooligomerization / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / Interleukin-1 signaling / positive regulation of tumor necrosis factor production / Ovarian tumor domain proteases / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / vesicle / adaptive immune response / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cytoskeleton / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / signaling receptor binding / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / RIP2, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / RIP2, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.943 Å
データ登録者Cusack, S. / Huard, K. / Pellegrini, E.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Other governmentEuropean Molecular Biology Laboratory フランス
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: 4-Anilinoquinazoline Derivatives as the First Potent NOD1-RIPK2 Signaling Pathway Inhibitors at the Nanomolar Range.
著者: Barczyk, A. / Six, P. / Rivoal, M. / Devos, C. / Dezitter, X. / Cornu-Choi, M.J. / Huard, K. / Pellegrini, E. / Cusack, S. / Dubuquoy, L. / Millet, R. / Leleu-Chavain, N.
履歴
登録2024年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2194
ポリマ－73,2882
非ポリマー9312
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area25420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.824, 90.750, 137.976
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 9 - 314 / Label seq-ID: 13 - 318

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / CARD-containing interleukin-1 beta-converting enzyme-associated kinase / CARD-containing IL-1 beta ...CARD-containing interleukin-1 beta-converting enzyme-associated kinase / CARD-containing IL-1 beta ICE-kinase / RIP-like-interacting CLARP kinase / Receptor-interacting protein 2 / RIP-2 / Tyrosine-protein kinase RIPK2


分子量: 36644.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Expressed as a cleavable MBP fusion protein / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: RIPK2, CARDIAK, RICK, RIP2, UNQ277/PRO314/PRO34092
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: O43353, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1H90 / N-[2,4-bis(chloranyl)-5-methoxy-phenyl]-7-[2-(diethylamino)ethoxy]-6-methoxy-quinazolin-4-amine


分子量: 465.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26Cl2N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Compound 37, in powder form was solubilized in DMSO at 5 mM concentration. One aliquot of protein at 1.14 mg/ml was thawed and mixed with 50 microM inhibitor and kept on ice for 10 minutes. ...詳細: Compound 37, in powder form was solubilized in DMSO at 5 mM concentration. One aliquot of protein at 1.14 mg/ml was thawed and mixed with 50 microM inhibitor and kept on ice for 10 minutes. The complex was than concentrated to 3.8 mg/ml. solutions containing 3.8 mg/ml of protein-inhibitor complex equilibrated against 0.1 M citric acid and 0.8 M sodium formate at pH 5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.943→54.981 Å / Num. obs: 48396 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.943→1.976 Å / Rmerge(I) obs: 2.848 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 2449 / CC1/2: 0.393 / Rrim(I) all: 3.171 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.943→54.981 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 6.738 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.166 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2564 2454 5.071 %
Rwork0.2203 45942 -
all0.222 --
obs-48396 93.84 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 57.567 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.722 Å2-0 Å20 Å2
2--3.057 Å2-0 Å2
3----1.336 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.943→54.981 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4504 0 62 129 4695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0124737
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0841.6696446
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.371.57910412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9125551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.276543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.33110811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.67110220
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2711
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025441
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021057
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2954
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1880.24076
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.22303
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.22355
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2154
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0440.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1860.217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2120.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1950.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9135.712213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9135.712213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.9910.2332761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.98910.2332762
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.176.1672524
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1696.1672525
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.83211.1273685
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.83111.1273686
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.65156.0595334
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.64355.8485312
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1060.058586
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.105990.05008
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.105990.05008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.943-1.9940.3941460.40425990.40437520.8220.82673.1610.404
1.994-2.0480.371680.38433830.38336690.6550.68396.78390.387
2.048-2.1080.3771800.38528880.38435670.6920.70286.01070.38
2.108-2.1720.3171740.30832750.30934500.8990.90799.9710.304
2.172-2.2430.2891640.31328700.31133370.9190.90690.920.303
2.243-2.3220.351760.2830470.28432930.8630.89397.87430.259
2.322-2.410.2661620.23829730.23931400.950.95899.84080.219
2.41-2.5080.261390.22628870.22830320.9560.96599.80210.204
2.508-2.6190.2641410.20727560.20928980.960.9799.96550.183
2.619-2.7470.2831080.24523590.24728060.9230.95187.91870.215
2.747-2.8950.2441330.20925210.21126540.9640.9721000.19
2.895-3.070.2761320.21923780.22225120.9480.96999.92040.205
3.07-3.2810.2361120.21522620.21623780.960.97299.83180.211
3.281-3.5430.2181100.21718750.21722230.9680.96689.29370.217
3.543-3.8790.247840.2116110.21220600.9690.97582.28160.217
3.879-4.3350.183920.16816670.16918750.9780.98493.81330.188
4.335-50.208780.15815790.16116680.9740.98699.34050.187
5-6.1110.269660.19513450.19814250.9550.97999.01750.225
6.111-8.5890.228470.19310540.19511280.9690.97897.60640.237
8.589-54.9810.293420.2326130.2366920.9120.95294.65320.279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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