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万見
- PDB-9f36: Crystal estructure of AimR from ATCC13952 phage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f36
タイトルCrystal estructure of AimR from ATCC13952 phage
要素Arbitrium receptor from ATCC13952 phage
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Arbitrium system / antiterminator
機能・相同性PHOSPHATE ION / :
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gallego del Sol, F. / Marina, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal estructure of AimR from ATCC13952 phage
著者: Gallego del Sol, F. / Marina, A.
履歴
登録2024年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arbitrium receptor from ATCC13952 phage
B: Arbitrium receptor from ATCC13952 phage
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6993
ポリマ－90,6042
非ポリマー951
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area31610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.989, 150.767, 67.335
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Arbitrium receptor from ATCC13952 phage


分子量: 45301.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: KS08_10720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U4KS82
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.12 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1M Ammonium dihydrogen phosphate 0.1M NaCitrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.058→75.38 Å / Num. obs: 52043 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 3679 / CC1/2: 0.826

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→75.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24707 1906 -RANDOM
Rwork0.19266 ---
obs0.19529 36403 99.97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 73.572 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.51 Å20 Å20 Å2
2---3.01 Å20 Å2
3----4.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→75.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5665 0 5 66 5736
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.462 -
Rwork0.369 -
obs-99.93 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.06680.05480.43530.04680.38213.573-0.0413-0.0123-0.0362-0.01230.02290.3049-0.03620.30490.01840.20850.01080.03990.0310.03080.1775-23.38729.5431-23.6606
20.4666-0.28780.6680.9709-1.32642.5518-0.0380.0927-0.00690.0927-0.11530.2021-0.00690.20210.15330.27520.00910.08920.0210.01320.2991-22.302-27.0382-21.6695
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A45 - 386
2X-RAY DIFFRACTION2B46 - 386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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