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- PDB-9f2p: Crystal structure of Keap1 kelch domain in complex with a fluoren... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f2p
タイトルCrystal structure of Keap1 kelch domain in complex with a fluorenone-based small molecule inhibitor at 1.36A resolution
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Keap1 / Nrf2 / Oxidative stress / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body ...regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite / disordered domain specific binding / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein ubiquitination / regulation of autophagy / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller ...Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Narayanan, D. / Bach, A. / Gajhede, M.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
LundbeckfondenR366-2021-270 デンマーク
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure-Guided Conformational Restriction Leading to High-Affinity, Selective, and Cell-Active Tetrahydroisoquinoline-Based Noncovalent Keap1-Nrf2 Inhibitors.
著者: Qin, Y. / Poulsen, C. / Narayanan, D. / Chan, C.B. / Chen, X. / Montes, B.R. / Tran, K.T. / Mukminova, E. / Lin, C. / Gajhede, M. / Bullock, A.N. / Olagnier, D. / Bach, A.
#1: ジャーナル: J Med Chem / 年: 2022
タイトル: Development of Noncovalent Small-Molecule Keap1-Nrf2 Inhibitors by Fragment-Based Drug Discovery.
著者: Narayanan, D. / Tran, K.T. / Pallesen, J.S. / Solbak, S.M.O. / Qin, Y. / Mukminova, E. / Luchini, M. / Vasilyeva, K.O. / Gonzalez Chichon, D. / Goutsiou, G. / Poulsen, C. / Haapanen, N. / ...著者: Narayanan, D. / Tran, K.T. / Pallesen, J.S. / Solbak, S.M.O. / Qin, Y. / Mukminova, E. / Luchini, M. / Vasilyeva, K.O. / Gonzalez Chichon, D. / Goutsiou, G. / Poulsen, C. / Haapanen, N. / Popowicz, G.M. / Sattler, M. / Olagnier, D. / Gajhede, M. / Bach, A.
履歴
登録2024年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,47521
ポリマ－33,3621
非ポリマー2,11320
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area12770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.119, 103.119, 55.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2


分子量: 33362.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: 化合物 ChemComp-A1H9C / (R)-2-(3-(((4-methoxyphenyl)sulfonamido)methyl)phenyl)-2-(9-oxo-9H-fluorene-4-carboxamido)acetate / (2~{R})-2-[3-[[(4-methoxyphenyl)sulfonylamino]methyl]phenyl]-2-[(9-oxidanylidenefluoren-4-yl)carbonylamino]ethanoic acid


分子量: 556.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H24N2O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE PH 5.6 AND 1.0 M LITHIUM SULFATE MONOHYDRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月23日
放射モノクロメーター: Si (111), double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→46.99 Å / Num. obs: 71819 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20.3 % / Biso Wilson estimate: 20.97 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.36→1.41 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 18.4 % / Rmerge(I) obs: 2.65 / Num. measured all: 128866 / Num. unique obs: 6994 / CC1/2: 0.639 / Rpim(I) all: 0.628 / Rrim(I) all: 2.725 / Χ2: 0.71 / Net I/σ(I) obs: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.36→44.65 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1745 3623 5.05 %
Rwork0.142 --
obs0.1437 71737 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→44.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2235 0 120 231 2586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082570
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0233525
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.694389
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009465
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.36-1.380.43061480.41772562X-RAY DIFFRACTION98
1.38-1.40.34731570.33312533X-RAY DIFFRACTION99
1.4-1.420.31741450.29382593X-RAY DIFFRACTION99
1.42-1.440.29161480.25682583X-RAY DIFFRACTION100
1.44-1.460.2371990.22292666X-RAY DIFFRACTION99
1.46-1.480.22431160.20382621X-RAY DIFFRACTION100
1.48-1.510.22441600.18722568X-RAY DIFFRACTION99
1.51-1.540.21361080.17212669X-RAY DIFFRACTION100
1.54-1.570.2191450.16642580X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.60.20461280.13462611X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.630.18631340.13592638X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.670.19981450.12192624X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.710.16591360.12332595X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.760.15351330.11092606X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.810.16021470.1182631X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.870.1331430.11182616X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.940.15971410.12122621X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.010.14751320.10822651X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.110.15161350.12652610X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.220.16471460.11672640X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.360.15631440.13162607X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.540.19021360.13832653X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.790.18231410.14792647X-RAY DIFFRACTION100
2.79-3.20.17841630.1412610X-RAY DIFFRACTION100
3.2-4.030.1631400.13322669X-RAY DIFFRACTION100
4.03-44.650.16371530.14892710X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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