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- PDB-9f2o: Structure of human carbonic anhydrase XII complexed with 3-(cyclo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f2o
タイトルStructure of human carbonic anhydrase XII complexed with 3-(cyclooctylamino)-2,6-difluoro-4-((3-hydroxypropyl)sulfonyl)-5- methoxybenzenesulfonamide
要素Carbonic anhydrase 12
キーワードLYASE / DRUG DESIGN / CARBONIC ANHYDRASE / BENZENESULFONAMIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


chloride ion homeostasis / estrous cycle / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / zinc ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Carbonic anhydrase 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Manakova, E.N. / Grazulis, S. / Paketuryte, V. / Smirnov, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
iNEXT-Discovery871037European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human carbonic anhydrase XII complexed with 3-(cyclooctylamino)-2,6-difluoro-4-((3-hydroxypropyl)sulfonyl)-5- methoxybenzenesulfonamide
著者: Manakova, E.N. / Grazulis, S. / Paketuryte, V. / Smirnov, A.
履歴
登録2024年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 12
B: Carbonic anhydrase 12
C: Carbonic anhydrase 12
D: Carbonic anhydrase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,13132
ポリマ－119,6694
非ポリマー3,46128
水23,2751292
1
A: Carbonic anhydrase 12
B: Carbonic anhydrase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,52515
ポリマ－59,8352
非ポリマー1,69113
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Carbonic anhydrase 12
D: Carbonic anhydrase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,60517
ポリマ－59,8352
非ポリマー1,77115
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.391, 73.947, 91.361
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Carbonic anhydrase 12 / Carbonate dehydratase XII / Carbonic anhydrase XII / CA-XII / Tumor antigen HOM-RCC-3.1.3


分子量: 29917.318 Da / 分子数: 4 / 断片: Human Carbonic anhydrase II / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA12 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O43570, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 6種, 1320分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-A1H89 / 3-(cyclooctylamino)-2,6-difluoro-4-((3-hydroxypropyl)sulfonyl)-5- methoxybenzenesulfonamide / 3-(cyclooctylamino)-2,6-bis(fluoranyl)-5-methoxy-4-(3-oxidanylpropylsulfonyl)benzenesulfonamide


分子量: 470.552 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H28F2N2O6S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Ammonium Citrate pH 7.0 0.1M; Ammonium Sulfate 0.2M; PEG4000 26%
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.905 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.905 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→86.44 Å / Num. obs: 357013 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 9.91 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 0.98 / Net I/av σ(I): 2.5 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.12→1.14 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 9280 / CC1/2: 0.767 / Rpim(I) all: 0.336 / Rrim(I) all: 0.526 / Χ2: 0.98 / % possible all: 50.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP11.7.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.12→56.26 Å / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.034
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16363 35770 10 %RANDOM
Rwork0.13644 ---
obs0.13915 321195 96.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.951 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→56.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8363 0 207 1292 9862
LS精密化 シェル解像度: 1.122→1.151 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 1649 -
Rwork0.251 15396 -
obs--62.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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