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万見
- PDB-9f2m: To be published -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f2m
タイトルTo be published
要素
  • Autophagy-related protein
  • RxLR effector protein 54
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN Autophagy related protein
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylethanolamine binding / cellular response to nitrogen starvation / autophagosome membrane / autophagosome assembly / autophagosome maturation / mitophagy / host cell cytoplasm / host cell nucleus / extracellular region
類似検索 - 分子機能
RXLR phytopathogen effector protein, WY-domain / RXLR phytopathogen effector protein WY-domain / : / Effector PexRD54, WY-domain / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein / RxLR effector protein 54
類似検索 - 構成要素
生物種Marchantia polymorpha (ゼニゴケ)
Phytophthora infestans (真核生物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Sanchez de Medina, V. / Dagdas, Y.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)101000981European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be published
著者: Nn, N. / Pp, P.
履歴
登録2024年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autophagy-related protein
D: RxLR effector protein 54


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3102
ポリマ－13,3102
非ポリマー00
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.230, 36.230, 69.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Space group name HallP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Autophagy-related protein


分子量: 12649.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N- and C-terminal truncated variant / 由来: (組換発現) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 遺伝子: MARPO_0001s0494 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R6XWU1
#2: タンパク質・ペプチド RxLR effector protein 54


分子量: 660.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Peptide from Irish potato famine pathogen effector protein PexRD54
由来: (合成) Phytophthora infestans (真核生物) / 参照: UniProt: D0NBE6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 25% (w/v) PEG 1500, 100 mM PCTP (sodium propionic acid, sodium cacodylate, Bis-Tris propane) pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54789 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 10224 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 28.93 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique obs: 1643 / CC1/2: 0.964 / Rrim(I) all: 0.224 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→28.6 Å / SU ML: 0.2553 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 29.4391
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 511 5 %
Rwork0.192 9707 -
obs0.1945 10218 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→28.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数938 0 0 91 1029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0149991
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36381344
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0944148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0149172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.879392
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.920.33541280.25422447X-RAY DIFFRACTION99.61
1.92-2.20.25481270.21912409X-RAY DIFFRACTION99.1
2.2-2.770.28121310.22892488X-RAY DIFFRACTION99.54
2.77-28.60.21071250.16352363X-RAY DIFFRACTION96.21
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.60820574873-0.209133425622-1.385117407823.862230019510.1347325783753.733789093120.1374506815920.299671316343-0.273245732396-0.0351327174408-0.234772241640.06032018751710.1298866462190.05761996196890.09477082025710.2250901843150.000157393399053-0.07903080238390.365516304614-0.03476897244790.275623878359-15.3262743667-2.14453377671-25.944126978
23.954128093180.02703665069550.2740054264192.181302579390.6528791797513.371653105110.1153966254010.2397629657630.1200772394180.084339471152-0.1936279199350.150386527276-0.4213573876310.04711861114160.08918438343610.282141851675-0.03864920048460.005401468131080.2350596418270.02619336261010.207215641547-23.65125460366.64492298478-17.551923218
32.037775094970.020806310253-0.4951244227654.08454095527-0.2815177690052.148755357450.26251272901-0.274352814867-0.2719026584530.407826575834-0.215098133692-0.1713726680190.01382108817260.35875483475-0.01792868154260.256614319486-0.0499725944112-0.06972656380150.3580307023210.04368902502290.317470627531-14.4727875784-1.46697333079-17.5059529366
45.661723199950.8556798839461.274819435433.387802646274.572007104736.219587071530.4685753224370.850181568095-0.289684534235-0.6764395825610.0160565728759-0.4178572823870.12640711385-0.941064508564-0.6116114816540.368523444003-0.06038569910450.04379403875640.5011213241920.06201288092990.244233920585-14.21097879424.82912173856-31.6310491709
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 5 through 57 )AA5 - 571 - 53
22chain 'A' and (resid 58 through 91 )AA58 - 9154 - 87
33chain 'A' and (resid 92 through 113 )AA92 - 11388 - 109
44chain 'D' and (resid 1 through 5 )DB1 - 51 - 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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