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万見
- PDB-9f2i: Crystal structure of SARS-CoV-2 N-protein C-terminal domain in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f2i
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 N-protein C-terminal domain in complex with 2-amino-1,3-benzothiazol-6-ol
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / CTD / SARS-CoV-2 nucleocapsid / COVID-19 / riluzole / benzothiazols
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / molecular condensate scaffold activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / MHC class I protein complex / RNA stem-loop binding / Interleukin-1 signaling / Interferon alpha/beta signaling / viral capsid / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Marquez-Monino, M.A. / Gonzalez, B. / Perez-Canadillas, J.M.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-117400GB-100 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesMCIN/AEI/10.13039/501100011033 スペイン
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: The ALS drug riluzole binds to the C-terminal domain of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein and has antiviral activity.
著者: Marquez-Monino, M.A. / Santiveri, C.M. / de Leon, P. / Camero, S. / Campos-Olivas, R. / Jimenez, M.A. / Saiz, M. / Gonzalez, B. / Perez-Canadillas, J.M.
履歴
登録2024年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
E: Nucleoprotein
F: Nucleoprotein
G: Nucleoprotein
H: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,98917
ポリマ－100,2258
非ポリマー7659
水18,2131011
1
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3815
ポリマ－25,0562
非ポリマー3243
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area11730 Å2
手法PISA
2
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1183
ポリマ－25,0562
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area11740 Å2
手法PISA
3
E: Nucleoprotein
F: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3105
ポリマ－25,0562
非ポリマー2543
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area11640 Å2
手法PISA
4
G: Nucleoprotein
H: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1804
ポリマ－25,0562
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.523, 45.935, 110.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 12528.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal domain. Initial GS are expression tags.
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
プラスミド: pET28-txAHEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 化合物 ChemComp-A1H88 / 2-amino-1,3-benzothiazol-6-ol / 2-azanyl-1,3-benzothiazol-6-ol / 2-Amino-6-hydroxybenzothiazole


分子量: 166.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6N2OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1011 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 % / 解説: Rods
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 3350 38%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate and 1 mM InsP6. Protein:precipitant ratio 1:1. Protein concentration: 16.5 mg/ml. Protein buffer: 20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl. ...詳細: PEG 3350 38%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate and 1 mM InsP6. Protein:precipitant ratio 1:1. Protein concentration: 16.5 mg/ml. Protein buffer: 20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl. Soaking 2 weeks with saturated concentration of riluzole-like compound in PEG 3350 40%, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 mM ammonium sulfate, 1 mM InsP6 condition.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873128 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月6日 / 詳細: KB mirror, elliptical beam shape
放射モノクロメーター: Channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873128 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→109.77 Å / Num. obs: 165420 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 16.766 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 8004 / CC1/2: 0.618 / Rpim(I) all: 0.475 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0411精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.45→109.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.448 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21389 8168 4.9 %RANDOM
Rwork0.18536 ---
obs0.18679 157236 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.114 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.35 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.45→109.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6974 0 46 1012 8032
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0117501
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0167045
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4241.66910167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4671.58316258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3565930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.615553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.636101304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029055
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021885
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5391.8453616
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5391.8453616
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4173.314555
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4163.314556
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3372.2053885
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3362.2063886
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6923.9045604
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.1319.178427
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.96618.278175
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 603 -
Rwork0.286 11467 -
obs--98.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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