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- PDB-9f2d: KIR2DL1 bound to RIFIN RBK21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f2d
タイトルKIR2DL1 bound to RIFIN RBK21
要素
  • KIR2DL protein
  • RIFIN RBK21
キーワードIMMUNE SYSTEM / Plasmodium falciparum / malaria / RIFIN / KIR / immune receptor / infected erythrocyte
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response-regulating signaling pathway / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.886 Å
データ登録者Chamberlain, S.G. / Higgins, M.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust224343/Z/21/Z 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: RIFINs displayed on malaria-infected erythrocytes bind KIR2DL1 and KIR2DS1.
著者: Sakoguchi, A. / Chamberlain, S.G. / Morch, A.M. / Widdess, M. / Harrison, T.E. / Dustin, M.L. / Arase, H. / Higgins, M.K. / Iwanaga, S.
履歴
登録2024年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RIFIN RBK21
B: KIR2DL protein
C: RIFIN RBK21
D: KIR2DL protein
E: RIFIN RBK21
F: KIR2DL protein
G: RIFIN RBK21
H: KIR2DL protein
I: RIFIN RBK21
J: KIR2DL protein
K: RIFIN RBK21
L: KIR2DL protein
M: RIFIN RBK21
N: KIR2DL protein
O: RIFIN RBK21
P: KIR2DL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,33836
ポリマ－297,18316
非ポリマー5,15520
水00
1
A: RIFIN RBK21
B: KIR2DL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9585
ポリマ－37,1482
非ポリマー8103
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RIFIN RBK21
D: KIR2DL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7364
ポリマ－37,1482
非ポリマー5892
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: RIFIN RBK21
F: KIR2DL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9585
ポリマ－37,1482
非ポリマー8103
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: RIFIN RBK21
H: KIR2DL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5904
ポリマ－37,1482
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: RIFIN RBK21
J: KIR2DL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9585
ポリマ－37,1482
非ポリマー8103
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: RIFIN RBK21
L: KIR2DL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5904
ポリマ－37,1482
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
M: RIFIN RBK21
N: KIR2DL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5904
ポリマ－37,1482
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
O: RIFIN RBK21
P: KIR2DL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9585
ポリマ－37,1482
非ポリマー8103
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
G: RIFIN RBK21
H: KIR2DL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5904
ポリマ－37,1482
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area15590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.399, 99.047, 321.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
RIFIN RBK21


分子量: 15639.734 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質
KIR2DL protein / Killer cell immunoglobulin-like receptor


分子量: 21508.111 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIR2DL1, 3DL2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A191URJ7
#3: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-4-deoxy-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-Bicine pH 8.5, 0.1M Amino acid mix, 37.5 % v/v precipitant mix 4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→160.57 Å / Num. obs: 53588 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.013 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.88→3.15 Å / Num. unique obs: 2679 / CC1/2: 0.643 / Rpim(I) all: 0.817

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (26-JUL-2023)精密化
PDB_EXTRACT3.28データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.886→57.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.507
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2864 2692 5.02 %RANDOM
Rwork0.2562 ---
obs0.2577 53578 78.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 234.88 Å2 / Biso mean: 96.98 Å2 / Biso min: 34.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3478 Å20 Å20 Å2
2---1.2897 Å20 Å2
3---0.9419 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.5 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.886→57.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17892 0 330 0 18222
Biso mean--104.31 --
残基数----2339
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6325SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3152HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it18693HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2557SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12769SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d18693HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg25408HARMONIC20.85
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.35
LS精密化 シェル解像度: 2.89→3.07 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3763 48 4.48 %
Rwork0.3189 1024 -
all0.3212 1072 -
obs--9.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.7669-3.1785-0.76696.06411.3143.1475-0.02660.6094-0.6103-0.4065-0.12620.00230.12720.26210.15290.00530.00320.065-0.0607-0.10250.043-12.895640.876362.6489
23.71821.8289-1.13513.1525-0.90721.10320.06380.140.328-0.1471-0.02270.53170.0370.0142-0.0412-0.05670.0196-0.0437-0.1594-0.02450.1992-43.359747.368275.9167
38.529-5.7199-2.904213.83065.82083.38020.21330.56940.73030.0588-0.25220.234-0.7446-0.20520.03890.55630.304-0.0331-0.41020.0468-0.5591-26.24981.51345.2549
41.7528-0.59340.93631.3121-2.29884.7486-0.0539-0.03310.0355-0.1024-0.0075-0.0985-0.3797-0.0960.06140.0725-0.01890.0006-0.06050.0285-0.0373-9.548-24.904255.4647
58.0557-4.1078-1.4579.27132.92055.032-0.0650.5963-0.3577-0.2291-0.04860.20040.4281-0.10530.1136-0.0169-0.14880.0648-0.0815-0.067-0.070232.4634-10.743362.7927
64.88080.9338-0.84051.88040.09792.1006-0.18310.15850.5342-0.3026-0.06710.27480.0678-0.23140.2502-0.1228-0.0112-0.1202-0.1488-0.01640.15693.68161.143375.6132
74.8564-5.8208-1.742610.4080.94173.12020.1472-0.01790.6851-0.14980.67530.0639-1.0885-0.8921-0.8225-0.01160.25230.15970.10550.0476-0.1746-71.147947.181248.7271
81.3004-0.97480.09132.3186-2.51344.3828-0.05360.1293-0.0747-0.20880.0411-0.1190.1004-0.2970.01250.0153-0.07510.0692-0.0536-0.01020.0114-53.022220.699955.3173
915.8073-4.0825-2.81844.5921.69954.4791-0.2788-1.08850.45140.123-0.34380.2949-0.8093-0.53870.6226-0.11970.0221-0.231-0.5304-0.09260.1009-28.93372.86319.0943
101.72590.11930.59835.92482.11012.9688-0.04730.41890.1882-0.34930.1727-0.5571-0.46460.2647-0.1255-0.0186-0.1584-0.03310.0910.0062-0.0988-11.973-22.05378.6557
1115.0092-5.2083-5.82083.86281.16440-0.1848-0.5122-0.61040.04980.4109-0.72080.59280.734-0.22610.26510.304-0.18750.1020.1963-0.341928.0037-10.783933.1078
122.5748-1.28873.09693.8765-2.5336.5339-0.0644-0.5233-0.2190.19920.1580.47210.0025-0.7654-0.0937-0.1943-0.08810.01620.1017-0.0029-0.02596.555512.872722.9381
1313.9715.82080.63494.88591.23810.88110.00570.13080.3085-0.0820.577-0.5139-0.58410.4499-0.58260.3431-0.02250.17830.06050.2489-0.569628.97310.5623-32.1302
143.05681.0326-3.68923.0693-1.73335.06280.11280.79360.5334-0.15050.2280.4858-0.0879-1.0451-0.3408-0.11690.11870.00160.29290.123-0.1336.6879-12.6898-23.6442
1516.46135.82082.89894.7142-0.31691.4629-0.2191.0254-0.9299-0.2998-0.14860.7520.7651-0.69560.3677-0.13080.02220.2455-0.3836-0.3040.102-28.4081-2.2119-19.9334
161.6115-1.1056-1.04047.52422.80533.3474-0.1032-0.2272-0.06390.45790.1764-0.31360.5720.3079-0.0732-0.04070.22340.03140.12250.0031-0.1856-11.546822.7311-8.8598
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A165 - 275
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B27 - 220
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C167 - 273
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D28 - 221
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E166 - 274
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F27 - 221
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G166 - 274
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H27 - 221
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }I166 - 273
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|* }J27 - 221
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|* }K166 - 273
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|* }L27 - 221
13X-RAY DIFFRACTION13{ M|* }M166 - 272
14X-RAY DIFFRACTION14{ N|* }N29 - 221
15X-RAY DIFFRACTION15{ O|* }O167 - 273
16X-RAY DIFFRACTION16{ P|* }P28 - 221

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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