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- PDB-9f2c: Archaeal histone protein HTkC from Thermococcus kodakarensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f2c
タイトルArchaeal histone protein HTkC from Thermococcus kodakarensis
要素hypothetical protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Archaeal histone
機能・相同性Histone-fold / protein heterodimerization activity / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Hu, Y. / Albrecht, R. / Hartmann, M.D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Histones and histone variant families in prokaryotes.
著者: Schwab, S. / Hu, Y. / van Erp, B. / Cajili, M.K.M. / Hartmann, M.D. / Hernandez Alvarez, B. / Alva, V. / Boyle, A.L. / Dame, R.T.
履歴
登録2024年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein
B: hypothetical protein
C: hypothetical protein
D: hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0604
ポリマ－27,0604
非ポリマー00
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8030 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area11320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.655, 64.294, 79.846
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
hypothetical protein


分子量: 6764.946 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
遺伝子: TK1040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JDW7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.01 M trisodium citrate and 33% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→44 Å / Num. obs: 24121 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.16 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 12.63
反射 シェル解像度: 1.84→1.95 Å / 冗長度: 7.15 % / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 3815 / CC1/2: 0.655 / Rrim(I) all: 1.48 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0266精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.864 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23649 1205 5 %RANDOM
Rwork0.20348 ---
obs0.20508 22916 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.242 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4 Å20 Å2-0 Å2
2---0.78 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.84→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1789 0 0 203 1992
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0131820
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2631.6562448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2641.5854168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.295228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.45720.90988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.26715344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0061515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02382
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.792.173918
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7882.172917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2653.2491141
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2643.251142
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0912.357902
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.092.357902
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8313.4671306
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.18926.4622036
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.92625.5381976
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A16050.12
12B16050.12
21A16860.12
22C16860.12
31A16260.07
32D16260.07
41B15910.09
42C15910.09
51B16170.1
52D16170.1
61C16100.08
62D16100.08
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.886 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 86 -
Rwork0.423 1652 -
obs--98.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.55290.6994-2.27381.1323-1.75645.1228-0.1109-0.0138-0.1133-0.041-0.0201-0.00910.17420.04230.13090.0760.0208-0.02580.0077-0.01160.0301-13.152514.4279-3.2923
21.2567-0.2835-1.75510.62120.34293.674-0.0927-0.0581-0.0881-0.01250.0145-0.00380.15820.12860.07830.0855-0.0224-0.02990.02040.02550.0439-12.493314.6217-2.1688
33.4626-1.3223-3.13521.54071.674.36830.1063-0.04190.1624-0.0795-0.07360.0351-0.29930.0042-0.03270.1127-0.0197-0.02990.0135-0.00460.026-9.101735.8303-2.3484
43.09570.5725-2.82850.8067-0.30873.35720.111-0.01720.10850.0277-0.0671-0.0161-0.3334-0.0572-0.04390.12730.0055-0.01930.0126-0.00210.0119-10.905636.0108-1.9998
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 59
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 59
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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