PDB-9f1o: Crystal structure of the DyP-type peroxidase PROSS variant from P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f1o

タイトル

Crystal structure of the DyP-type peroxidase PROSS variant from Pseudomonas putida

要素

Dyp-type peroxidase PROSS variant

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Protein Stability / Protein Engineering / Computational Engineering / DyPs

機能・相同性

PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Lorena, C. / Borges, P.T. / Frazao, C. / Martins, L.O.

資金援助

ポルトガル, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Network Dynamics as Fingerprints of Thermostability in an In Silico-Engineered DyP-Type Peroxidase.
著者: Rodrigues, C.F. / Silva, D. / Lorena, C. / Borges, P.T. / Masgrau, L. / Martins, L.O.

履歴

登録	2024年4月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月3日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2025年9月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f1o.cif.gz	235.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f1o.ent.gz	191.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f1o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9f1o_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9f1o_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9f1o_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	9f1o_validation.cif.gz	37.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/9f1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/9f1o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9f1qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dyp-type peroxidase PROSS variant

B: Dyp-type peroxidase PROSS variant

ヘテロ分子

64.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.974, 84.812, 128.276
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dyp-type peroxidase PROSS variant 分子量: 31615.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE 分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.02 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M MES pH 6.0 and 20 % (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→70.75 Å / Num. obs: 32011 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.1 % / R_pim(I) all: 0.0589 / Net I/σ(I): 9.72
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / Num. unique obs: 4971 / R_pim(I) all: 0.3214

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
PHASER		位相決定
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→70.75 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2291	1998	6.24 %
R_work	0.1935	-	-
obs	0.1957	32006	98.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→70.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4213	0	94	262	4569

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4421
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.65	6031
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.545	1581
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	623
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	802

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.15	0.2975	134	0.2765	2005	X-RAY DIFFRACTION	94
2.15-2.21	0.2831	140	0.243	2097	X-RAY DIFFRACTION	98
2.21-2.28	0.2777	141	0.2348	2129	X-RAY DIFFRACTION	99
2.28-2.35	0.2711	142	0.2312	2121	X-RAY DIFFRACTION	99
2.35-2.43	0.2669	141	0.2123	2125	X-RAY DIFFRACTION	99
2.43-2.53	0.2823	141	0.2138	2135	X-RAY DIFFRACTION	99
2.53-2.65	0.2502	143	0.2283	2146	X-RAY DIFFRACTION	99
2.65-2.79	0.262	141	0.221	2138	X-RAY DIFFRACTION	98
2.79-2.96	0.2553	144	0.219	2140	X-RAY DIFFRACTION	99
2.96-3.19	0.2557	141	0.2025	2128	X-RAY DIFFRACTION	98
3.19-3.51	0.2268	145	0.1839	2173	X-RAY DIFFRACTION	99
3.51-4.02	0.1942	144	0.163	2153	X-RAY DIFFRACTION	98
4.02-5.06	0.17	147	0.1484	2214	X-RAY DIFFRACTION	99
5.06-70.75	0.2197	154	0.1935	2304	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1433	2.4859	2.8584	4.5787	4.2916	4.1744	-0.1336	-0.8024	-0.2889	0.6237	-0.065	1.1384	0.581	-0.2271	0.2062	0.3862	-0.0717	0.0373	0.4679	-0.0465	0.3481	27.8845	39.141	99.2098
2	2.2235	0.5427	0.7235	2.5589	2.0795	1.6307	0.1841	-0.2407	-0.2654	0.4253	-0.2935	-0.0283	0.4925	-0.0777	0.1076	0.3058	-0.021	0.0217	0.3669	0.0056	0.4276	26.6078	32.4386	88.9667
3	2.2336	-1.1455	-1.45	5.3745	5.4047	5.6562	-0.816	0.4347	0.3579	-1.1488	0.3041	1.5896	-0.5027	0.3537	0.5496	0.5567	0.0169	-0.078	0.4625	0.0009	0.6024	21.9696	52.25	74.6422
4	3.9902	0.3973	0.866	1.1021	0.2369	2.0509	0.0966	-0.442	0.2092	0.2658	-0.2282	0.5659	-0.1656	-0.2937	0.0164	0.2619	0.0538	0.0652	0.2886	-0.1192	0.4336	20.864	44.8399	88.2867
5	6.1294	1.747	2.8277	3.4465	3.5996	5.0861	-0.0516	0.5011	-0.0629	-0.041	0.3047	-0.7023	-0.6138	0.687	-0.2421	0.3972	0.014	0.0268	0.2186	0.0175	0.4242	31.6774	56.0246	83.7484
6	4.0411	-3.4909	-0.7629	3.0233	0.3956	0.5059	0.2401	0.2435	0.27	-0.1058	-0.2089	-0.204	-0.1505	0.0746	-0.0412	0.3001	-0.0206	-0.0022	0.2711	-0.01	0.3188	42.3511	42.4306	81.1242
7	6.1302	3.0448	0.6908	5.1087	-0.4778	1.4844	-0.0879	0.1947	-0.5018	-0.1217	-0.0343	0.0109	0.1686	-0.4909	0.1233	0.3112	-0.0194	0.093	0.4417	-0.0844	0.5048	20.2984	32.1874	86.0469
8	2.344	-1.0177	0.5355	5.9255	-0.8555	3.4893	0.0113	0.5534	-0.2504	-0.0602	-0.1475	0.4362	-0.0081	-0.1867	0.1022	0.2263	-0.0149	-0.0196	0.3761	-0.0172	0.4246	22.8195	37.7185	78.6836
9	0.6546	-1.7437	0.5295	9.255	3.9396	6.8458	0.6169	-1.2995	0.9174	0.6481	0.6126	-2.2216	-0.2819	0.4594	-1.1568	0.8296	-0.1049	-0.0199	1.0533	0.2496	1.4265	38.9175	20.4789	93.1015
10	3.8992	-4.2604	-5.1814	4.7642	5.5934	6.8876	-0.6499	-0.0488	-0.7217	1.5878	0.5724	0.311	2.8945	0.8373	-0.1696	0.6788	0.1067	0.0328	0.6791	-0.0781	0.4167	39.2685	31.8384	104.4058
11	8.6611	-5.9338	-0.6608	5.5085	-2.2737	6.5105	-0.3766	-0.2476	0.6887	0.7934	0.122	-1.1575	-0.3672	0.1951	0.2166	0.3654	-0.0675	-0.0272	0.4061	-0.099	0.3121	36.5191	43.0483	102.3093
12	5.5398	-2.5166	-2.4845	4.0103	4.0966	5.0478	-0.1587	-0.0502	-0.2368	0.0461	0.2366	0.1357	0.0098	0.5685	-0.0715	0.2351	-0.0049	-0.0003	0.2715	0.0374	0.1925	37.5027	34.6976	86.2678
13	8.0111	-1.5684	3.041	9.7512	0.567	8.4513	0.5425	0.0789	-0.9065	0.5346	-0.5902	0.0214	1.3916	0.1947	0.095	0.4737	-0.0906	0.0509	0.5539	-0.0526	0.6559	49.1383	15.5066	85.3804
14	6.5832	-2.1116	0.8441	8.5044	-1.4743	5.3013	0.7706	-3.3258	0.5298	2.4328	-1.4797	-0.8272	1.8612	-0.3349	0.7035	0.9738	-0.3499	0.0207	1.2671	-0.0128	0.6735	49.7831	16.3725	97.8238
15	6.464	-2.9832	-3.0484	4.0203	5.8572	8.9718	-0.2594	-0.7042	-0.4255	1.0502	0.3169	-0.4429	0.4919	-0.084	-0.1272	0.3353	-0.004	-0.0249	0.4413	0.0743	0.4913	54.5218	25.8307	92.1531
16	4.0851	2.4655	3.2437	8.4157	0.4248	3.271	0.4139	-1.9879	-1.2745	1.2399	-0.4239	-0.8709	-0.1516	-0.4099	-0.0767	0.5403	0.0176	-0.1067	0.7243	-0.0459	0.5017	52.3359	35.7565	98.9471
17	2.4803	0.0879	-1.479	3.5174	1.5462	4.9686	0.077	-0.3634	-0.2409	0.3523	-0.0705	-0.138	0.3165	0.0542	-0.0631	0.2155	0.062	-0.0219	0.2305	0.0225	0.2627	37.5274	29.59	88.452
18	4.0677	-0.7667	-1.4278	2.075	0.8379	1.6534	0.0979	-0.2208	0.0134	0.1301	-0.1432	-0.1973	-0.1154	0.2512	0.0153	0.2856	-0.0451	-0.0102	0.3646	-0.0039	0.2868	48.3725	35.8223	88.4017
19	2.8383	1.7054	-0.0125	1.9574	-0.0213	3.2267	0.1176	-0.044	0.2635	0.2253	-0.1801	0.2174	-0.2519	-0.1732	-0.0842	0.2153	-0.0153	0.0227	0.2048	0.0164	0.2321	33.5125	39.5075	88.6513
20	4.8105	-1.1364	1.2354	4.1901	3.6891	4.3167	0.5197	0.1919	0.4505	1.0591	0.755	-0.1567	-2.3427	-0.494	-0.3098	0.7117	0.1061	0.2817	0.4453	-0.0823	0.5387	25.669	56.1809	91.201
21	3.0191	-0.1501	-0.0041	2.1119	-1.154	0.6101	-0.103	0.3565	0.1489	-0.2923	0.1678	-0.0322	-0.0662	-0.1716	-0.0452	0.3569	-0.0254	-0.0131	0.3671	-0.0012	0.2882	45.7886	35.3381	53.9399
22	9.3476	-2.7944	-6.4361	9.4984	3.2565	4.9402	-0.5202	-0.8713	-0.2014	0.5314	0.3205	-0.1941	0.1917	0.1631	0.2663	0.3467	0.0677	-0.0411	0.4508	0.024	0.3019	56.888	23.3766	71.7473
23	1.4423	-1.4281	2.0651	4.4803	-2.7258	4.7978	0.1376	0.3781	0.0497	-0.8884	-0.5436	-0.5091	0.8951	0.3469	0.5833	0.2949	0.0362	0.0749	0.3928	0.0314	0.306	56.1253	26.1729	56.2448
24	7.9489	1.5069	4.2753	2.4478	-0.5738	3.4509	0.1745	0.2289	0.0114	0.1427	-0.1744	0.1337	1.0048	0.4648	0.0311	0.2054	0.0444	0.0305	0.1612	0.016	0.2124	53.5083	34.2485	63.4313
25	6.4863	0.7904	2.9329	0.1517	-0.2	7.5258	-0.3054	-0.3795	0.468	0.1038	-0.4925	-2.0133	-1.1272	0.1908	0.4244	0.3142	-0.0545	-0.0199	0.4585	0.1643	0.5884	62.2865	38.6334	69.8551
26	1.3372	-0.7562	-0.2538	1.495	-0.2367	0.454	-0.0428	-0.0103	0.145	0.0254	0.0788	0.0363	-0.098	-0.0162	-0.0687	0.2517	-0.0194	-0.0234	0.2699	0.0065	0.2208	43.8859	39.4349	64.643
27	6.1925	-4.4474	3.5306	4.8784	-4.7191	4.9447	0.1921	2.0059	-0.1325	-1.248	0.0624	-0.0868	0.6361	-0.0524	-0.3708	0.4145	-0.0867	0.0574	0.4733	-0.027	0.3372	42.7242	22.3023	53.6688
28	5.6582	-1.2134	6.6883	1.4538	-2.9076	9.6643	0.4256	-0.0606	-1.4653	-0.6961	-0.1331	0.1641	1.4999	-0.6096	0.1389	0.3768	-0.0007	0.0299	0.2131	-0.0187	0.2786	49.1202	21.0431	61.9746
29	4.271	-0.2481	0.6539	1.0259	1.1574	2.3185	0.3928	0.6203	-0.7281	-0.2369	-0.2144	0.4539	-0.0407	0.0244	-0.1696	0.2819	0.0468	-0.0092	0.4048	0.0088	0.3181	40.5236	31.0142	60.5861
30	2.3326	-1.3578	2.4769	7.4359	-1.8429	9.4752	-0.231	0.6271	1.1217	-0.6461	0.0222	-0.2967	-0.8398	-0.3417	0.2289	0.4584	-0.0132	0.0145	0.3402	0.0576	0.364	48.7736	51.2445	49.0357
31	3.5687	-2.4131	0.961	3.6645	0.2634	3.9416	0.4722	-0.4216	0.8605	0.2425	-0.2142	0.8171	-0.4078	-0.5806	0.1122	0.2142	0.0577	0.0378	0.1886	0.0327	0.3244	35.9378	43.5424	61.6897
32	2.2559	2.4082	-0.2675	2.0042	-7.0123	6.0652	-0.1272	0.2407	-0.8374	0.4988	1.6107	3.5134	-0.3078	-2.3085	-1.0736	0.5059	-0.0273	0.0922	0.7923	0.2427	1.2825	17.2287	52.9615	59.5038
33	3.9245	-0.2867	5.39	9.4495	0.222	7.4927	-0.341	0.3929	1.0756	-0.9034	0.0565	1.1941	-0.2617	-0.3977	0.2482	0.7233	0.0597	-0.0259	0.6727	0.1395	0.6575	25.806	56.8642	55.9155
34	3.8115	0.549	-3.0868	8.7627	0.6788	3.7156	0.1368	0.9362	1.1619	-0.7487	0.1351	-0.0906	-0.392	-0.5786	-0.2441	0.5909	0.0443	0.0145	0.565	0.0782	0.5622	34.1699	60.7963	58.6907
35	5.3628	-0.7194	4.4043	5.408	0.5939	7.1062	0.7532	0.3471	0.8966	0.2395	-0.3011	-0.2657	-0.6716	0.1481	0.0065	0.449	-0.0824	0.1485	0.3404	0.0688	0.5339	45.3597	53.9867	55.663
36	7.3692	2.2295	-1.1283	3.9925	0.4877	1.6182	-0.0292	-0.1202	-0.1589	-0.1621	0.1094	0.2976	0.0753	-0.3283	-0.069	0.2282	-0.0185	-0.0217	0.2786	0.0661	0.2738	34.7574	38.5006	59.3958
37	9.1132	-3.8686	-4.164	7.8372	1.4795	5.2481	-0.1487	0.0273	0.5174	-0.1058	0.2809	-0.1791	-0.5531	0.4822	-0.1577	0.3899	-0.0742	0.0014	0.3339	-0.025	0.34	46.0398	52.6553	63.9313
38	4.9448	-0.9895	1.48	6.7025	-0.1658	5.8313	-0.1078	0.1151	0.0198	0.1059	0.3656	0.2648	-0.6065	0.2633	-0.2203	0.4882	0.0533	0.0244	0.4181	-0.0303	0.3949	34.4458	56.4027	68.3611
39	6.0886	-1.6592	-1.3196	3.689	-0.0646	2.8438	0.2508	-0.0764	0.0799	-0.1373	-0.1418	-0.2128	-0.3064	0.2907	-0.0971	0.3538	-0.0265	-0.0084	0.233	0.0232	0.2491	47.5135	40.0768	60.6271
40	6.4366	4.6327	-3.9536	9.448	-2.2112	3.2498	0.3222	-0.6219	0.9902	0.7273	-0.6297	-1.5048	-0.3066	0.5854	0.3635	0.2142	0.0388	0.0445	0.4582	0.1084	0.6017	64.8466	34.8751	62.9598

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:7)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 8:22)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 23:28)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 29:52)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 53:60)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 61:82)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 83:102)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 103:119)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 120:134)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 135:141)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 142:150)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 151:162)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 163:182)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 183:190)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 191:202)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 203:207)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 208:228)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 229:258)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 259:280)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 281:286)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 3:23)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 24:30)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 31:43)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 44:56)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 57:61)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 62:93)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 94:101)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 102:107)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 108:132)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 133:149)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 150:167)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 168:174)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 175:188)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 189:206)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 207:215)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 216:232)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 233:245)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 246:258)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 259:280)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 281:286)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)