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- PDB-9f1i: Crystal structure of a first-in-class antibody for alpha-1,6-fuco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f1i
タイトルCrystal structure of a first-in-class antibody for alpha-1,6-fucosylated prostate-specific antigen, target bound
要素
  • Heavy chain rabbit fab
  • Light chain rabbit fab
  • Prostate specific antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / fab / prostate-specific antigen / PSA / fucosylation / diagnostic assay
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of systemic arterial blood pressure / zymogen activation / secretory granule / serine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
2-[2-(2-azanylethoxy)ethoxy]ethanoic acid / Prostate specific antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Halldorsson, S.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche LTD スイス
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Development of a first-in-class antibody and a specific assay for alpha-1,6-fucosylated prostate-specific antigen.
著者: Halldorsson, S. / Hillringhaus, L. / Hojer, C. / Muranyi, A. / Schraeml, M. / Lange, M.S. / Tabares, G.
履歴
登録2024年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain rabbit fab
I: Heavy chain rabbit fab
L: Light chain rabbit fab
M: Light chain rabbit fab
P: Prostate specific antigen
Q: Prostate specific antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,04616
ポリマ－95,6136
非ポリマー1,43310
水14,322795
1
H: Heavy chain rabbit fab
L: Light chain rabbit fab
P: Prostate specific antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5859
ポリマ－47,8063
非ポリマー7796
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
2
I: Heavy chain rabbit fab
M: Light chain rabbit fab
Q: Prostate specific antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4617
ポリマ－47,8063
非ポリマー6554
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.310, 87.395, 150.427
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HILM

#1: 抗体 Heavy chain rabbit fab


分子量: 23734.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / プラスミド: pUC18 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light chain rabbit fab


分子量: 22957.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / プラスミド: pUC18 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 4分子 PQ

#3: タンパク質・ペプチド Prostate specific antigen


分子量: 1114.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NCW4
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 803分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PFX / 2-[2-(2-azanylethoxy)ethoxy]ethanoic acid / 8-アミノ-3,6-ジオキサオクタン酸


タイプ: peptide-like / 分子量: 163.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 6.25% v/v PEG 3350, 6.25% v/v PEG 4000, 6.25% v/v PEG 2000 and 6.25% v/v PEG 5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→52.24 Å / Num. obs: 155757 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 27.86 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.38→1.49 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 7791 / CC1/2: 0.633 / Rrim(I) all: 1.169 / % possible all: 65.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207+SVN精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.38→41.2 Å / SU ML: 0.1442 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.4729
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1865 7799 5.01 %
Rwork0.1547 147840 -
obs0.1564 155639 79.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→41.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6672 0 24 795 7491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00516862
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76659377
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07571121
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00511182
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.36072425
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.38-1.390.382160.2313285X-RAY DIFFRACTION4.67
1.39-1.410.2181340.2139513X-RAY DIFFRACTION8.47
1.41-1.430.2616390.2146739X-RAY DIFFRACTION12.12
1.43-1.450.3049480.21961021X-RAY DIFFRACTION16.47
1.45-1.470.2445660.20981599X-RAY DIFFRACTION25.95
1.47-1.490.26231410.20922917X-RAY DIFFRACTION47.05
1.49-1.510.28671700.19273772X-RAY DIFFRACTION60.5
1.51-1.530.29462130.19523992X-RAY DIFFRACTION65.12
1.53-1.550.25252230.19164316X-RAY DIFFRACTION70.12
1.55-1.580.22582820.18284760X-RAY DIFFRACTION77.77
1.58-1.610.24042840.18695580X-RAY DIFFRACTION90.54
1.61-1.640.20983100.1876085X-RAY DIFFRACTION98.89
1.64-1.670.22563070.17036205X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.70.21283280.16866165X-RAY DIFFRACTION99.98
1.7-1.740.23873610.17256131X-RAY DIFFRACTION99.97
1.74-1.780.24343150.16816215X-RAY DIFFRACTION99.97
1.78-1.820.21273190.15346158X-RAY DIFFRACTION99.95
1.82-1.870.20283190.1466173X-RAY DIFFRACTION99.97
1.87-1.930.19023140.14446214X-RAY DIFFRACTION99.94
1.93-1.990.19673150.14686231X-RAY DIFFRACTION99.95
1.99-2.060.16513280.14346201X-RAY DIFFRACTION99.95
2.06-2.140.20323230.14756204X-RAY DIFFRACTION99.94
2.14-2.240.19013330.14696189X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.360.19163510.14966221X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.510.19033480.16366193X-RAY DIFFRACTION99.95
2.51-2.70.19723500.16496248X-RAY DIFFRACTION99.98
2.7-2.970.19733170.17256263X-RAY DIFFRACTION99.97
2.97-3.40.16993340.16396320X-RAY DIFFRACTION99.92
3.4-4.280.16573600.14426342X-RAY DIFFRACTION99.9
4.28-41.20.15323510.13316588X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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