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- PDB-9f1a: Crystal structure of human soluble epoxide hydrolase C-terminal d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f1a
タイトルCrystal structure of human soluble epoxide hydrolase C-terminal domain in complex with a benzohomoadamantane-based urea inhibitor
要素Bifunctional epoxide hydrolase 2
キーワードHYDROLASE / soluble epoxide hydrolase / inhibitor / complex / UB-BJ-05
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / phospholipid dephosphorylation / lipid phosphatase activity / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / epoxide metabolic process / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) ...lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / phospholipid dephosphorylation / lipid phosphatase activity / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / epoxide metabolic process / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / epoxide hydrolase activity / regulation of cholesterol metabolic process / dephosphorylation / phosphatase activity / peroxisomal matrix / toxic substance binding / cholesterol homeostasis / regulation of cell growth / Peroxisomal protein import / response to toxic substance / peroxisome / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Predicted HAD-superfamily phosphatase, subfamily IA/Epoxide hydrolase, N-terminal / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Alpha/beta hydrolase fold-1 / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Bifunctional epoxide hydrolase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Qiu, Q. / Prischi, F. / Jora, B. / Vazquez, S. / Conte, M.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
King's College London 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human soluble epoxide hydrolase C-terminal domain in complex with UB-BJ-05 (20)
著者: Qiu, Q. / Prischi, F. / Conte, M.R. / Jora, B. / Vazquez, S.
履歴
登録2024年4月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional epoxide hydrolase 2
B: Bifunctional epoxide hydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1424
ポリマ－79,0912
非ポリマー1,0512
水00
1
A: Bifunctional epoxide hydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0712
ポリマ－39,5451
非ポリマー5261
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bifunctional epoxide hydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0712
ポリマ－39,5451
非ポリマー5261
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.019, 81.756, 108.112
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.540, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional epoxide hydrolase 2


分子量: 39545.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His-tag protein / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHX2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21AI
参照: UniProt: P34913, soluble epoxide hydrolase, lipid-phosphate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-A1H8Y / 1-(2,3-dimethoxy-9-methyl-5,6,8,9,10,11-hexahydro-7H-5,9:7,11-dimethanobenzo[9]annulen-7-yl)-3-(1-(tetrahydro-2H-pyran-4-carbonyl)piperidin-4-yl)urea


分子量: 525.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H43N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.62 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M malic acid, 0.05 M HEPES, 10% Ethylene Glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月17日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→70.84 Å / Num. obs: 20104 / % possible obs: 97.98 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 55.84 Å2 / CC1/2: 0.903 / Net I/σ(I): 7.07
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 2001 / CC1/2: 0.594

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→70.84 Å / SU ML: 0.5038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.4928
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2922 960 4.86 %
Rwork0.2204 18790 -
obs0.2241 19750 98.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→70.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5092 0 76 0 5168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01095459
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44837439
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0664768
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0106931
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.65211966
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.950.39171260.29452478X-RAY DIFFRACTION89.86
2.95-3.130.39761350.29152657X-RAY DIFFRACTION98.73
3.13-3.370.36521240.2622713X-RAY DIFFRACTION99.09
3.37-3.710.30341300.24772734X-RAY DIFFRACTION99.51
3.71-4.250.3121420.20772699X-RAY DIFFRACTION99.54
4.25-5.360.25151510.18062718X-RAY DIFFRACTION99.58
5.36-70.840.22951520.1922791X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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