PDB-9f14: The crystal structure of full length tetramer CysB from Klebsiell...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f14

タイトル

The crystal structure of full length tetramer CysB from Klebsiella aerogenes in complex with N-acetylserine

要素

HTH-type transcriptional regulator CysB

キーワード

TRANSCRIPTION / CysB / cysteine biosynthesis / LysR family / transcriptional regulator

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine biosynthetic process / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Verschueren, K.H.G. / Dodson, E.J. / Wilkinson, A.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.Biophys.J. / 年: 2024
タイトル: The Structure of the LysR-type Transcriptional Regulator, CysB, Bound to the Inducer, N-acetylserine.
著者: Verschueren, K.H.G. / Dodson, E.J. / Wilkinson, A.J.

履歴

登録	2024年4月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f14.cif.gz	247.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f14.ent.gz	204.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f14.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9f14_validation.pdf.gz	1014.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9f14_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9f14_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	9f14_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/9f14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/9f14	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fddC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HTH-type transcriptional regulator CysB

B: HTH-type transcriptional regulator CysB

ヘテロ分子

72.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HTH-type transcriptional regulator CysB

B: HTH-type transcriptional regulator CysB

ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator CysB

B: HTH-type transcriptional regulator CysB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The asymmetric unit of the crystal contains two of the molecules from which the homotetramer is generated by crystallographic symmetry
145 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	185.864, 185.864, 113.043
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-644- HOH

#1: タンパク質	HTH-type transcriptional regulator CysB / Cys regulon transcriptional activator 分子量: 36008.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア) 遺伝子: cysB / プラスミド: pKKCysB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / 参照: UniProt: P45600
#2: 化合物	ChemComp-SAC / N-ACETYL-SERINE / N-アセチル-L-セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: Chunky
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 12 -17% PEG 8000, 0.2M sodium tartrate and 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M KSCN, 10 mM N-acetylserine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SRS

/ ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年11月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.87 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→19.817 Å / Num. obs: 33205 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 20

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.91-19.81	9.9	0.031	557	0.999	0.015	0.034
2.3-2.38	11.6	0.522	1251	0.96	0.233	0.572

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-3000		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→19.817 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / WR_factor R_free: 0.314 / WR_factor R_work: 0.236 / Average fsc free: 0.935 / Average fsc work: 0.9665 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.357 / ESU R Free: 0.279 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2898	1681	5.062 %
R_work	0.2106	31524	-
all	0.215	-	-
obs	-	33205	99.799 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.806 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.333 Å²	0.666 Å²	-0 Å²
2-	-	1.333 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.324 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.817 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5062	0	20	242	5324

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	5198
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.016	4968
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.643	1.822	7062
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.528	1.751	11419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.374	5	647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	17.654	5	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.145	10	872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.791	10	225
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	818
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6099
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.228	0.2	4747
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2553
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2683
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.052	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.137	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.712	6.214	2597
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.702	6.215	2597
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.448	11.152	3241
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.447	11.152	3242
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.412	6.676	2601
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.411	6.676	2602
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.461	12.06	3821
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.46	12.06	3822
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.595	60.413	5821
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.606	59.5	5784

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.359	0.342	117	0.274	2295	0.277	2412	0.915	0.95	100	0.285
2.359-2.423	0.398	101	0.253	2257	0.259	2358	0.909	0.959	100	0.262
2.423-2.492	0.343	108	0.235	2161	0.24	2269	0.939	0.964	100	0.24
2.492-2.567	0.335	95	0.237	2131	0.241	2226	0.928	0.965	100	0.24
2.567-2.65	0.398	110	0.267	2046	0.274	2156	0.912	0.955	100	0.272
2.65-2.741	0.318	119	0.233	1966	0.237	2085	0.929	0.965	100	0.238
2.741-2.843	0.333	109	0.243	1923	0.248	2032	0.926	0.961	100	0.246
2.843-2.956	0.355	111	0.246	1812	0.252	1923	0.911	0.96	100	0.249
2.956-3.085	0.345	105	0.219	1777	0.225	1882	0.928	0.97	100	0.226
3.085-3.231	0.285	92	0.216	1689	0.22	1781	0.944	0.972	100	0.224
3.231-3.401	0.256	105	0.224	1613	0.226	1718	0.952	0.969	100	0.235
3.401-3.601	0.289	79	0.215	1525	0.219	1604	0.943	0.972	100	0.23
3.601-3.84	0.283	85	0.207	1449	0.211	1534	0.961	0.975	100	0.223
3.84-4.135	0.282	71	0.201	1363	0.205	1434	0.949	0.975	100	0.231
4.135-4.51	0.225	67	0.18	1259	0.183	1326	0.967	0.978	100	0.216
4.51-5.01	0.248	64	0.174	1135	0.178	1200	0.967	0.981	99.9167	0.214
5.01-5.724	0.296	55	0.189	1029	0.194	1084	0.946	0.979	100	0.232
5.724-6.869	0.329	36	0.236	886	0.24	922	0.936	0.969	100	0.29
6.869-9.179	0.234	26	0.171	730	0.173	756	0.965	0.981	100	0.223
9.179-19.817	0.227	26	0.182	478	0.184	506	0.968	0.974	99.6047	0.248

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