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- PDB-9f0r: VIM-2 in complex with GKV65 (5g) - dynamically chiral phosphonic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f0r
タイトルVIM-2 in complex with GKV65 (5g) - dynamically chiral phosphonic acid-type metallo-beta-lactamase inhibitors
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードANTIBIOTIC / beta-lactamase / metallo-beta-lactamase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / periplasmic space / hydrolase activity / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FORMIC ACID / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Bosman, R. / Prester, A. / Bartels, K. / Gulyas, K.V. / Erdelyi, M. / Schulz, E.C.
資金援助 ドイツ, スウェーデン, 5件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research01KI2114 ドイツ
German Research Foundation (DFG)458246365 ドイツ
Max Planck Society ドイツ
Swedish Research Council2013-8804 スウェーデン
Uppsala Antibiotic Center スウェーデン
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2025
タイトル: Dynamically chiral phosphonic acid-type metallo-beta-lactamase inhibitors.
著者: Gulyas, K.V. / Zhou, L. / Salamonsen, D. / Prester, A. / Bartels, K. / Bosman, R. / Haffke, P. / Li, J. / Tamasi, V. / Deufel, F. / Thoma, J. / Andersson Rasmussen, A. / Csala, M. / Schroder ...著者: Gulyas, K.V. / Zhou, L. / Salamonsen, D. / Prester, A. / Bartels, K. / Bosman, R. / Haffke, P. / Li, J. / Tamasi, V. / Deufel, F. / Thoma, J. / Andersson Rasmussen, A. / Csala, M. / Schroder Leiros, H.K. / Xu, Z. / Widersten, M. / Rohde, H. / Schulz, E.C. / Zhu, W. / Erdelyi, M.
履歴
登録2024年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,03815
ポリマ－54,7032
非ポリマー1,33613
水11,980665
1
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0318
ポリマ－27,3511
非ポリマー6807
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0077
ポリマ－27,3511
非ポリマー6566
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.242, 79.146, 67.686
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.380, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-550-

HOH

21B-682-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase type II


分子量: 27351.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The gene sequence coding for residues Val25 to Glu300 of VIM-2 was isolated from Pseudomonas aeruginosa strain 301 5473. Protein was purified as a construct with His6-tag (residues 1-7) and ...詳細: The gene sequence coding for residues Val25 to Glu300 of VIM-2 was isolated from Pseudomonas aeruginosa strain 301 5473. Protein was purified as a construct with His6-tag (residues 1-7) and TEV protease cleavage site (residues 8-14).
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: 301-5473 / 遺伝子: blaVIM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B8QIQ9, beta-lactamase

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非ポリマー , 5種, 678分子

#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-A1H8V / [(~{R})-(2-hydroxyphenyl)-(4,5,6,7-tetrahydro-2-benzothiophen-1-ylcarbonylamino)methyl]phosphonic acid


分子量: 367.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18NO5PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: protein solution: 10.3 mg/ml in 50 mM Tris/HCl, pH 7.2, 100 uM ZnCl2 crystallization agent: 20 mM inhibitor, 25% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.2 M magnesium formate cryo protectant ...詳細: protein solution: 10.3 mg/ml in 50 mM Tris/HCl, pH 7.2, 100 uM ZnCl2 crystallization agent: 20 mM inhibitor, 25% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.2 M magnesium formate cryo protectant solution: (20 mM inhibitor, 25% PEG3350, 15% Ethylene glycol, 0.2 mM MgCl2, 50 mM HEPES pH 7.2)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→55.24 Å / Num. obs: 115821 / % possible obs: 78.5 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 10.91 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.05→1.15 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.902 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 5792 / CC1/2: 0.62 / Rpim(I) all: 0.651 / Rrim(I) all: 0.992 / % possible all: 42.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
autoPROCdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→31.39 Å / SU ML: 0.1136 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.7123
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1691 4933 5.01 %
Rwork0.1365 93603 -
obs0.138 98536 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→31.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3486 0 67 665 4218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01433818
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39885272
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1045597
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0136697
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0507575
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.310.21441570.18063096X-RAY DIFFRACTION98.52
1.31-1.330.21531580.17023091X-RAY DIFFRACTION98.37
1.33-1.350.22541520.15313071X-RAY DIFFRACTION97.79
1.35-1.360.19541560.13553111X-RAY DIFFRACTION97.84
1.36-1.380.17621480.13323098X-RAY DIFFRACTION98.39
1.38-1.40.18971440.12623115X-RAY DIFFRACTION98.25
1.4-1.420.18181860.12923066X-RAY DIFFRACTION98.4
1.42-1.440.19061850.13043070X-RAY DIFFRACTION98.43
1.44-1.460.17431930.12223060X-RAY DIFFRACTION98.34
1.46-1.490.18231410.12233125X-RAY DIFFRACTION98.14
1.49-1.510.1991560.1243079X-RAY DIFFRACTION98.36
1.51-1.540.17661430.11893112X-RAY DIFFRACTION97.92
1.54-1.570.17571480.12173123X-RAY DIFFRACTION98.52
1.57-1.60.1672000.11843092X-RAY DIFFRACTION99.04
1.6-1.640.1661780.1223117X-RAY DIFFRACTION99.22
1.64-1.680.18351890.12163113X-RAY DIFFRACTION99.43
1.68-1.720.17142010.12353079X-RAY DIFFRACTION99.42
1.72-1.760.17421700.12073127X-RAY DIFFRACTION99.37
1.76-1.820.17771670.12243134X-RAY DIFFRACTION99.61
1.82-1.870.1651860.11993141X-RAY DIFFRACTION99.64
1.87-1.940.15731950.12373106X-RAY DIFFRACTION99.61
1.94-2.020.17631420.11913124X-RAY DIFFRACTION99.06
2.02-2.110.1571290.11853192X-RAY DIFFRACTION98.96
2.11-2.220.17091550.12653113X-RAY DIFFRACTION98.79
2.22-2.360.16291140.14153169X-RAY DIFFRACTION98.74
2.36-2.540.16671650.14033182X-RAY DIFFRACTION99.88
2.54-2.80.17381910.1533149X-RAY DIFFRACTION99.88
2.8-3.20.17361570.15273175X-RAY DIFFRACTION99.73
3.21-4.040.14831680.13843167X-RAY DIFFRACTION99.2
4.04-31.390.16111590.15383206X-RAY DIFFRACTION98.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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