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- PDB-9f0n: Crystal structure of Ta_Cel5A E133A variant, apoform -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f0n
タイトルCrystal structure of Ta_Cel5A E133A variant, apoform
要素cellulase
キーワードHYDROLASE / cellulase / TIM barrel
機能・相同性glucan catabolic process / cellulase / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / cellulase activity / Glycoside hydrolase superfamily / cellulase
機能・相同性情報
生物種Thermoascus aurantiacus ATCC 26904 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.18 Å
データ登録者Dutoit, R.
資金援助1件
組織認可番号国
Other governmentBAG 20210875
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Ta_Cel5A E133A variant, apoform
著者: Dutoit, R.
履歴
登録2024年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cellulase
B: cellulase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,63013
ポリマ－67,6052
非ポリマー1,02511
水13,385743
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Ta_Cel5A eluted as a monomer using a Superdex 75 column (Cytiva) conditioned in 50 mM Tris 150 mM NaCl pH 8.0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area21690 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)76.560, 84.920, 89.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 cellulase


分子量: 33802.488 Da / 分子数: 2 / 変異: E133A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mutation E133A, no tag
由来: (組換発現) Thermoascus aurantiacus ATCC 26904 (菌類)
遺伝子: eg1 / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8TG26, cellulase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 743 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Reservoir solution: 0.1 M Tris pH 6.0, 1.3 M ammonium sulfate. Drop: 2 ul of 430 uM protein, 2 ul of reservoir solution, 0.2 ul of microseeds

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月12日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→47.96 Å / Num. obs: 190898 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 9.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rrim(I) all: 0.187 / Net I/σ(I): 15.79
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.18-1.211.814136760.6751.9151
1.21-1.241.693136630.7581.7761
1.24-1.281.573132870.8441.6431
1.28-1.321.421129390.8621.4921
1.32-1.361.296124960.8861.3611
1.36-1.411.133121450.9281.191
1.41-1.461.007117490.9531.0541
1.46-1.520.849112750.9740.8831
1.52-1.590.703108490.9840.7311
1.59-1.670.57103790.9890.5931
1.67-1.760.45398330.9940.4711
1.76-1.860.34293860.9970.3551
1.86-1.990.24587930.9980.2541
1.99-2.150.16682170.9980.1731
2.15-2.360.13575970.9980.1411
2.36-2.640.10368780.9990.1081
2.64-3.040.07861010.9990.0811
3.04-3.730.05252040.9990.0551
3.73-5.270.03940710.9990.0411
5.27-47.960.03723600.9990.0391

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21-5207-000精密化
XSCALE20220220データスケーリング
XDS20220220データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.18→39.51 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.21
詳細: TLS were used in refinement TLS DETAILS. NUMBER OF TLS GROUPS: 14 ORIGIN: CENTER OF MASS TLS GROUP : 1 SELECTION: chain 'A' and (resid 2 through 20 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -4.2853 16.1391 ...詳細: TLS were used in refinement TLS DETAILS. NUMBER OF TLS GROUPS: 14 ORIGIN: CENTER OF MASS TLS GROUP : 1 SELECTION: chain 'A' and (resid 2 through 20 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -4.2853 16.1391 -9.9754 T TENSOR T11: 0.1188 T22: 0.0976 T33: 0.1119 T12: 0.0019 T13: -0.0172 T23: -0.0058 L TENSOR L11: 0.0482 L22: 0.0724 L33: 0.1579 L12: 0.0530 L13: 0.0365 L23: 0.1188 S TENSOR S11: 0.0107 S12: -0.0623 S13: -0.1541 S21: 0.0032 S22: -0.0374 S23: -0.0269 S31: 0.1776 S32: 0.0369 S33: -0.0009 TLS GROUP : 2 SELECTION: chain 'A' and (resid 21 through 67 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -9.8183 16.2082 -0.6115 T TENSOR T11: 0.1401 T22: 0.1135 T33: 0.1188 T12: -0.0136 T13: -0.0061 T23: 0.0202 L TENSOR L11: 0.1321 L22: 0.2349 L33: 0.2975 L12: 0.1778 L13: 0.0478 L23: 0.0941 S TENSOR S11: 0.0503 S12: -0.0614 S13: -0.1297 S21: 0.1592 S22: -0.0715 S23: 0.0082 S31: 0.1794 S32: -0.0393 S33: -0.0033 TLS GROUP : 3 SELECTION: chain 'A' and (resid 68 through 83 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -3.3725 17.9002 4.8918 T TENSOR T11: 0.1653 T22: 0.1333 T33: 0.1106 T12: 0.0030 T13: -0.0335 T23: 0.0311 L TENSOR L11: 0.0103 L22: 0.0600 L33: 0.1330 L12: 0.0156 L13: 0.0350 L23: 0.0684 S TENSOR S11: 0.1033 S12: -0.1532 S13: -0.0980 S21: 0.1659 S22: -0.1020 S23: -0.0365 S31: 0.2602 S32: -0.0002 S33: -0.0018 TLS GROUP : 4 SELECTION: chain 'A' and (resid 84 through 105 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -13.4106 25.0623 -6.4480 T TENSOR T11: 0.0853 T22: 0.1128 T33: 0.1023 T12: -0.0081 T13: -0.0063 T23: 0.0037 L TENSOR L11: 0.0229 L22: 0.0448 L33: 0.1506 L12: 0.0324 L13: 0.0273 L23: 0.0314 S TENSOR S11: 0.0258 S12: -0.0504 S13: 0.0126 S21: 0.0399 S22: -0.0105 S23: 0.0004 S31: 0.1612 S32: -0.0278 S33: 0.0017 TLS GROUP : 5 SELECTION: chain 'A' and (resid 106 through 277 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -5.2108 26.0142 -16.7864 T TENSOR T11: 0.0709 T22: 0.0726 T33: 0.0796 T12: 0.0003 T13: -0.0075 T23: -0.0023 L TENSOR L11: 0.4987 L22: 0.4323 L33: 0.5287 L12: 0.0400 L13: 0.0130 L23: 0.1750 S TENSOR S11: -0.0104 S12: 0.0106 S13: -0.0222 S21: -0.0241 S22: 0.0181 S23: 0.0143 S31: 0.0254 S32: 0.0202 S33: -0.0299 TLS GROUP : 6 SELECTION: chain 'A' and (resid 278 through 305 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -1.8368 5.1906 -14.6228 T TENSOR T11: 0.1762 T22: 0.0704 T33: 0.1738 T12: 0.0199 T13: -0.0341 T23: -0.0039 L TENSOR L11: 0.0612 L22: 0.0271 L33: 0.5427 L12: 0.0142 L13: -0.0876 L23: 0.0928 S TENSOR S11: -0.0322 S12: -0.0326 S13: -0.1932 S21: 0.1410 S22: 0.0170 S23: -0.0523 S31: 0.3172 S32: 0.0290 S33: -0.0064 TLS GROUP : 7 SELECTION: chain 'B' and (resid 1 through 20 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -37.2340 18.7564 -34.5423 T TENSOR T11: 0.0942 T22: 0.1029 T33: 0.0882 T12: 0.0022 T13: 0.0050 T23: 0.0075 L TENSOR L11: 0.0418 L22: 0.0553 L33: 0.1267 L12: -0.0497 L13: 0.0541 L23: -0.0759 S TENSOR S11: -0.0385 S12: 0.0186 S13: -0.0736 S21: 0.0442 S22: -0.0057 S23: 0.0620 S31: 0.1486 S32: -0.0552 S33: -0.0010 TLS GROUP : 8 SELECTION: chain 'B' and (resid 21 through 52 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -39.2103 14.5396 -41.5350 T TENSOR T11: 0.1233 T22: 0.1086 T33: 0.0965 T12: -0.0223 T13: -0.0020 T23: -0.0023 L TENSOR L11: 0.0747 L22: 0.1013 L33: 0.2624 L12: -0.0234 L13: 0.0824 L23: -0.1778 S TENSOR S11: -0.0064 S12: 0.0156 S13: -0.0650 S21: -0.0960 S22: 0.0248 S23: 0.0122 S31: 0.2164 S32: -0.0475 S33: 0.0090 TLS GROUP : 9 SELECTION: chain 'B' and (resid 53 through 105 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -30.2180 24.3326 -44.3475 T TENSOR T11: 0.0705 T22: 0.1089 T33: 0.0822 T12: -0.0024 T13: -0.0009 T23: -0.0035 L TENSOR L11: 0.0954 L22: 0.2313 L33: 0.2848 L12: -0.1316 L13: -0.0106 L23: 0.0125 S TENSOR S11: 0.0033 S12: 0.0338 S13: -0.0161 S21: -0.0290 S22: 0.0035 S23: -0.0136 S31: 0.0737 S32: 0.0156 S33: -0.0004 TLS GROUP : 10 SELECTION: chain 'B' and (resid 106 through 171 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -31.3265 33.6908 -38.1799 T TENSOR T11: 0.0655 T22: 0.0830 T33: 0.0830 T12: -0.0039 T13: -0.0065 T23: 0.0057 L TENSOR L11: 0.1059 L22: 0.2752 L33: 0.3056 L12: -0.0176 L13: -0.1524 L23: 0.0694 S TENSOR S11: -0.0066 S12: 0.0008 S13: 0.0146 S21: 0.0118 S22: 0.0262 S23: -0.0317 S31: -0.0156 S32: -0.0118 S33: 0.0395 TLS GROUP : 11 SELECTION: chain 'B' and (resid 172 through 231 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -33.8116 28.5235 -20.9305 T TENSOR T11: 0.1134 T22: 0.0938 T33: 0.0816 T12: 0.0048 T13: 0.0040 T23: 0.0018 L TENSOR L11: 0.1423 L22: 0.2161 L33: 0.1880 L12: 0.1179 L13: -0.0485 L23: 0.1017 S TENSOR S11: -0.0003 S12: -0.0358 S13: -0.0055 S21: 0.1244 S22: -0.0047 S23: 0.0049 S31: -0.0047 S32: -0.0268 S33: -0.0010 TLS GROUP : 12 SELECTION: chain 'B' and (resid 232 through 246 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -38.6467 24.5458 -23.8737 T TENSOR T11: 0.1195 T22: 0.0908 T33: 0.0854 T12: -0.0061 T13: 0.0146 T23: 0.0034 L TENSOR L11: 0.0309 L22: 0.0139 L33: 0.0773 L12: 0.0145 L13: 0.0160 L23: 0.0103 S TENSOR S11: 0.0318 S12: -0.0346 S13: -0.0006 S21: 0.1431 S22: -0.0635 S23: 0.0200 S31: 0.0447 S32: -0.0681 S33: -0.0010 TLS GROUP : 13 SELECTION: chain 'B' and (resid 247 through 262 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -44.0834 18.9543 -16.0001 T TENSOR T11: 0.1571 T22: 0.1251 T33: 0.1047 T12: -0.0225 T13: 0.0258 T23: 0.0040 L TENSOR L11: 0.0251 L22: 0.0101 L33: 0.0163 L12: -0.0008 L13: -0.0037 L23: -0.0024 S TENSOR S11: 0.0299 S12: 0.0238 S13: -0.0133 S21: 0.1149 S22: -0.0420 S23: 0.0542 S31: 0.1603 S32: -0.1130 S33: 0.0004 TLS GROUP : 14 SELECTION: chain 'B' and (resid 263 through 305 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -42.1993 13.5317 -28.3636 T TENSOR T11: 0.1267 T22: 0.1019 T33: 0.1003 T12: -0.0223 T13: 0.0003 T23: 0.0084 L TENSOR L11: 0.0446 L22: 0.1187 L33: 0.2422 L12: -0.0153 L13: -0.0015 L23: -0.1701 S TENSOR S11: 0.0116 S12: -0.0165 S13: -0.0261 S21: -0.0072 S22: 0.0175 S23: 0.0892 S31: 0.1343 S32: -0.0837 S33: 0.0267
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1591 9545 5 %
Rwork0.1487 --
obs0.1492 190872 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 9.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.18→39.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4743 0 63 743 5549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075345
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0037418
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5122004
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092805
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01970
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection Rfree: 5 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.18-1.190.28372960.2574563695
1.19-1.210.25413170.2426023100
1.21-1.220.24493160.23045985100
1.22-1.240.21353150.21585993100
1.24-1.250.22233170.20586024100
1.25-1.270.21523160.26006100
1.27-1.290.21293140.20055969100
1.29-1.310.19123140.19256028100
1.31-1.330.21893160.19096004100
1.33-1.350.19763160.18526012100
1.35-1.370.19723170.18246022100
1.37-1.40.20773170.18466015100
1.4-1.420.18563160.17426011100
1.42-1.450.1833170.15836019100
1.45-1.490.15613180.14496039100
1.49-1.520.14983160.13516008100
1.52-1.560.14263180.13036033100
1.56-1.60.14843180.12786053100
1.6-1.650.1433170.12676016100
1.65-1.70.13963190.136063100
1.7-1.760.1633190.12966057100
1.76-1.830.15763180.13756047100
1.83-1.920.15333200.13966065100
1.92-2.020.14633210.13756105100
2.02-2.140.14963190.13346071100
2.14-2.310.14633220.13756105100
2.31-2.540.15873210.14546107100
2.54-2.910.14753250.14396170100
2.91-3.660.14873270.13856211100
3.66-39.510.11943390.13016430100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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