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- PDB-9f0m: Crystal structure of Ta_Cel5A E133Q Y200F variant in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f0m
タイトルCrystal structure of Ta_Cel5A E133Q Y200F variant in complex with cellopentaose
要素cellulase
キーワードHYDROLASE / cellulase / TIM barrel
機能・相同性glucan catabolic process / cellulase / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / cellulase activity / Glycoside hydrolase superfamily / cellulase
機能・相同性情報
生物種Thermoascus aurantiacus ATCC 26904 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Dutoit, R.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Other governmentBAG 20210875 ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Ta_Cel5A E133Q Y200F variant in complex with cellopentaose
著者: Dutoit, R.
履歴
登録2024年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cellulase
B: cellulase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,90510
ポリマ－67,6872
非ポリマー2,2188
水17,006944
1
A: cellulase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8564
ポリマ－33,8441
非ポリマー1,0133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cellulase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0496
ポリマ－33,8441
非ポリマー1,2055
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.390, 85.420, 89.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 cellulase


分子量: 33843.539 Da / 分子数: 2 / 変異: E133Q, Y200F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: E133Q and Y200F mutations, no tag
由来: (組換発現) Thermoascus aurantiacus ATCC 26904 (菌類)
遺伝子: eg1 / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8TG26, cellulase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 944 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Reservoir solution: 0.1 M Tris pH 6.0, 1.3 M ammonium sulfate Drop: 2 ul of 465 uM protein mixed with 2 ul of reservoir solution, 0.2 ul cellohexaose 5 mM and 0.2 ul microseeds.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月2日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→48.01 Å / Num. obs: 73367 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 18.59
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.63-1.670.9812.6451670.8591.02195.8
1.67-1.720.8443.4752250.9270.876100
1.72-1.770.7064.4551140.950.734100
1.77-1.820.5725.7549850.9690.594100
1.82-1.880.4926.9747650.9770.512100
1.88-1.950.5028.646670.9840.523100
1.95-2.020.30411.8245060.990.317100
2.02-2.10.26614.6743270.9940.277100
2.1-2.20.20417.3541560.9950.212100
2.2-2.30.20119.3740280.9950.208100
2.3-2.430.1522.0137670.9970.155100
2.43-2.580.13124.236020.9970.136100
2.58-2.750.10927.8433950.9970.114100
2.75-2.970.08732.431630.9980.091100
2.97-3.260.07144.4729270.9990.073100
3.26-3.640.0648.7326680.9990.062100
3.64-4.210.0548.7323590.9990.052100
4.21-5.150.04649.7120230.9990.048100
5.15-7.290.04846.8715940.9990.05100
7.29-48.010.04152.519290.9990.04299.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XSCALE20210323データスケーリング
XDS20210323データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.63→42.71 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.67 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: TLS were used in refinement TLS DETAILS. NUMBER OF TLS GROUPS: 15 ORIGIN: CENTER OF MASS TLS GROUP : 1 SELECTION: chain 'A' and (resid 2 through 20 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -4.6308 16.5019 ...詳細: TLS were used in refinement TLS DETAILS. NUMBER OF TLS GROUPS: 15 ORIGIN: CENTER OF MASS TLS GROUP : 1 SELECTION: chain 'A' and (resid 2 through 20 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -4.6308 16.5019 -9.7772 T TENSOR T11: 0.1927 T22: 0.1642 T33: 0.2009 T12: -0.0028 T13: -0.0230 T23: -0.0098 L TENSOR L11: 0.0558 L22: 0.1118 L33: 0.3906 L12: 0.0761 L13: 0.1538 L23: 0.2250 S TENSOR S11: 0.0676 S12: -0.0957 S13: -0.1023 S21: 0.0052 S22: -0.0523 S23: -0.0398 S31: 0.1943 S32: 0.0629 S33: 0.0001 TLS GROUP : 2 SELECTION: chain 'A' and (resid 21 through 84 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -7.1860 16.9285 0.6502 T TENSOR T11: 0.2073 T22: 0.1618 T33: 0.1817 T12: -0.0039 T13: -0.0150 T23: 0.0314 L TENSOR L11: 0.3000 L22: 0.6249 L33: 0.6451 L12: 0.3691 L13: -0.0577 L23: 0.2460 S TENSOR S11: 0.0705 S12: -0.0710 S13: -0.0979 S21: 0.2006 S22: -0.0545 S23: -0.0257 S31: 0.2029 S32: -0.0568 S33: 0.0002 TLS GROUP : 3 SELECTION: chain 'A' and (resid 85 through 185 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -9.8970 30.8504 -9.2245 T TENSOR T11: 0.1288 T22: 0.1286 T33: 0.1582 T12: 0.0064 T13: -0.0053 T23: -0.0041 L TENSOR L11: 0.5347 L22: 0.5469 L33: 0.4977 L12: 0.1294 L13: -0.0254 L23: 0.0947 S TENSOR S11: -0.0074 S12: -0.0272 S13: 0.0215 S21: 0.0219 S22: 0.0219 S23: 0.0611 S31: 0.0155 S32: -0.0197 S33: -0.0000 TLS GROUP : 4 SELECTION: chain 'A' and (resid 186 through 246 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -3.9971 23.6931 -22.8305 T TENSOR T11: 0.1541 T22: 0.1469 T33: 0.1474 T12: -0.0046 T13: -0.0016 T23: -0.0111 L TENSOR L11: 0.4427 L22: 0.2773 L33: 0.1907 L12: -0.0903 L13: 0.0798 L23: 0.0186 S TENSOR S11: -0.0181 S12: 0.0763 S13: -0.0427 S21: -0.0485 S22: 0.0337 S23: -0.0124 S31: -0.0370 S32: 0.1025 S33: -0.0000 TLS GROUP : 5 SELECTION: chain 'A' and (resid 247 through 277 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): 1.3258 16.6523 -22.6549 T TENSOR T11: 0.1576 T22: 0.1645 T33: 0.1747 T12: 0.0269 T13: -0.0034 T23: -0.0317 L TENSOR L11: 0.1060 L22: 0.3129 L33: 0.3345 L12: -0.0810 L13: 0.1743 L23: 0.1541 S TENSOR S11: 0.0689 S12: 0.0255 S13: -0.0700 S21: 0.0461 S22: -0.0215 S23: -0.0349 S31: 0.0282 S32: 0.2609 S33: -0.0048 TLS GROUP : 6 SELECTION: chain 'A' and (resid 278 through 305 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -1.6435 5.5827 -14.6457 T TENSOR T11: 0.2525 T22: 0.1632 T33: 0.2628 T12: 0.0408 T13: -0.0276 T23: -0.0134 L TENSOR L11: 0.0894 L22: 0.1110 L33: 0.5350 L12: -0.0173 L13: -0.0790 L23: 0.2398 S TENSOR S11: -0.1228 S12: -0.0741 S13: -0.4532 S21: 0.3292 S22: -0.0291 S23: -0.1298 S31: 0.6060 S32: 0.1017 S33: -0.0071 TLS GROUP : 7 SELECTION: chain 'B' and (resid 1 through 20 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -39.0059 19.4217 -34.1021 T TENSOR T11: 0.1581 T22: 0.2108 T33: 0.1867 T12: 0.0040 T13: 0.0123 T23: 0.0033 L TENSOR L11: 0.1213 L22: 0.0800 L33: 0.4310 L12: 0.0097 L13: 0.2148 L23: -0.0853 S TENSOR S11: -0.0477 S12: -0.0284 S13: -0.0893 S21: 0.0283 S22: 0.0348 S23: 0.0230 S31: 0.2385 S32: -0.1119 S33: 0.0001 TLS GROUP : 8 SELECTION: chain 'B' and (resid 21 through 52 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -38.2971 14.5567 -41.5819 T TENSOR T11: 0.2010 T22: 0.1815 T33: 0.1633 T12: -0.0385 T13: 0.0020 T23: -0.0153 L TENSOR L11: 0.1575 L22: 0.1244 L33: 0.4539 L12: 0.0216 L13: 0.1372 L23: -0.2981 S TENSOR S11: 0.0047 S12: 0.0640 S13: -0.1072 S21: -0.1262 S22: 0.0048 S23: 0.0246 S31: 0.2405 S32: -0.1639 S33: 0.0021 TLS GROUP : 9 SELECTION: chain 'B' and (resid 53 through 84 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -32.2682 23.2516 -48.3338 T TENSOR T11: 0.1559 T22: 0.2003 T33: 0.1564 T12: -0.0159 T13: -0.0037 T23: -0.0140 L TENSOR L11: 0.0286 L22: 0.2819 L33: 0.4686 L12: -0.0237 L13: 0.0099 L23: 0.0556 S TENSOR S11: 0.0205 S12: 0.0669 S13: 0.0035 S21: -0.1042 S22: 0.0268 S23: -0.0124 S31: 0.0817 S32: 0.0170 S33: 0.0000 TLS GROUP : 10 SELECTION: chain 'B' and (resid 85 through 138 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -29.3329 29.6624 -39.7053 T TENSOR T11: 0.1144 T22: 0.1594 T33: 0.1351 T12: -0.0046 T13: -0.0051 T23: 0.0061 L TENSOR L11: 0.0166 L22: 0.3761 L33: 0.5540 L12: 0.0602 L13: 0.0178 L23: 0.3342 S TENSOR S11: -0.0070 S12: 0.0420 S13: 0.0132 S21: -0.0208 S22: 0.0348 S23: -0.0105 S31: 0.0161 S32: -0.0149 S33: 0.0000 TLS GROUP : 11 SELECTION: chain 'B' and (resid 139 through 216 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -32.0807 31.2161 -27.9941 T TENSOR T11: 0.1474 T22: 0.1457 T33: 0.1441 T12: 0.0040 T13: -0.0058 T23: 0.0033 L TENSOR L11: 0.1775 L22: 0.3135 L33: 0.6299 L12: 0.3057 L13: -0.1453 L23: 0.0916 S TENSOR S11: -0.0277 S12: -0.0295 S13: 0.0266 S21: 0.1021 S22: 0.0183 S23: -0.0435 S31: -0.0580 S32: -0.0669 S33: -0.0002 TLS GROUP : 12 SELECTION: chain 'B' and (resid 217 through 231 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -37.0002 30.2209 -15.3864 T TENSOR T11: 0.2437 T22: 0.2093 T33: 0.1521 T12: -0.0160 T13: 0.0262 T23: 0.0097 L TENSOR L11: 0.0280 L22: 0.0301 L33: 0.0584 L12: 0.0314 L13: 0.0515 L23: 0.0143 S TENSOR S11: 0.0678 S12: -0.1291 S13: -0.0430 S21: 0.4576 S22: -0.0824 S23: 0.0546 S31: -0.0800 S32: -0.1094 S33: 0.0000 TLS GROUP : 13 SELECTION: chain 'B' and (resid 232 through 246 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -38.4898 24.4467 -23.9162 T TENSOR T11: 0.2194 T22: 0.1712 T33: 0.1654 T12: -0.0126 T13: 0.0155 T23: -0.0070 L TENSOR L11: 0.0700 L22: 0.0398 L33: 0.1241 L12: 0.0597 L13: -0.0675 L23: -0.0260 S TENSOR S11: 0.0417 S12: -0.0871 S13: 0.0069 S21: 0.1881 S22: -0.1035 S23: 0.1380 S31: 0.0575 S32: -0.1808 S33: -0.0025 TLS GROUP : 14 SELECTION: chain 'B' and (resid 247 through 263 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -43.8889 19.5534 -16.1059 T TENSOR T11: 0.2575 T22: 0.2404 T33: 0.1739 T12: -0.0431 T13: 0.0336 T23: -0.0024 L TENSOR L11: 0.0283 L22: 0.0270 L33: 0.0740 L12: -0.0218 L13: -0.0114 L23: -0.0163 S TENSOR S11: -0.0132 S12: -0.0626 S13: -0.0430 S21: 0.2340 S22: -0.0338 S23: 0.0866 S31: 0.1874 S32: -0.3468 S33: -0.0001 TLS GROUP : 15 SELECTION: chain 'B' and (resid 264 through 305 ) ORIGIN FOR THE GROUP (A): -42.0222 13.2385 -28.5887 T TENSOR T11: 0.2185 T22: 0.1841 T33: 0.1706 T12: -0.0530 T13: -0.0042 T23: 0.0118 L TENSOR L11: 0.1772 L22: 0.1531 L33: 0.5268 L12: 0.0156 L13: 0.1172 L23: -0.2397 S TENSOR S11: 0.0627 S12: 0.0128 S13: -0.0739 S21: -0.1086 S22: -0.0308 S23: 0.0591 S31: 0.2241 S32: -0.2015 S33: 0.0000
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1744 3665 5 %
Rwork0.1428 --
obs0.1444 73338 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→42.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4749 0 146 944 5839
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085245
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9197215
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8562068
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06810
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008917
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.650.26041290.20682456X-RAY DIFFRACTION92
1.65-1.670.23871390.17792645X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.70.2211380.16782650X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.720.17831400.16222655X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.750.21641410.16682668X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.780.2161370.17072622X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.810.24311400.19022670X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.840.29951400.20912661X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.880.24081400.18962653X-RAY DIFFRACTION100
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精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 20 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 84 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 85 through 185 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 186 through 246 )
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6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 278 through 305 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 20 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 21 through 52 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 53 through 84 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 85 through 138 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 139 through 216 )
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14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 247 through 263 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 264 through 305 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る