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- PDB-9f0g: LmCpfC H182A variant in complex with iron coproporhyrin III -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f0g
タイトルLmCpfC H182A variant in complex with iron coproporhyrin III
要素Coproporphyrin III ferrochelatase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Coproporphyrin ferrochelatase / porphyrin / Metal insertion / coproheme
機能・相同性
機能・相同性情報


coproporphyrin ferrochelatase / ferrochelatase activity / heme biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferrochelatase / Ferrochelatase, active site / Ferrochelatase, C-terminal / Ferrochelatase, N-terminal / Ferrochelatase / Ferrochelatase signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FEC / Coproporphyrin III ferrochelatase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Gabler, T. / Hofbauer, S.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP33544 オーストリア
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2024
タイトル: Entrance channels to coproheme in coproporphyrin ferrochelatase probed by exogenous imidazole binding.
著者: Dali, A. / Gabler, T. / Sebastiani, F. / Furtmuller, P.G. / Becucci, M. / Hofbauer, S. / Smulevich, G.
履歴
登録2024年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月15日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coproporphyrin III ferrochelatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3764
ポリマ－35,5651
非ポリマー8113
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area13540 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)37.534, 68.090, 63.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Coproporphyrin III ferrochelatase


分子量: 35565.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: cpfC, hemH, lmo2211
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8Y565, coproporphyrin ferrochelatase
#2: 化合物 ChemComp-FEC / 1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX / FE-COPROPORPHYRIN III


分子量: 708.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H36FeN4O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 13.455% PEG 3350 0.2M MgCl2 0.1M BIS-TRIS 5.5 pH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月31日 / 詳細: KB mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→36.61 Å / Num. obs: 26434 / % possible obs: 99.32 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 28.35 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 7.64
反射 シェル解像度: 1.85→1.916 Å / Num. unique obs: 2582 / CC1/2: 0.487

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→36.61 Å / SU ML: 0.2383 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.7092
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2188 1362 5.16 %
Rwork0.1716 25040 -
obs0.174 26402 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→36.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2495 0 54 149 2698
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01242633
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06453589
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661368
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0098462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.8862355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.920.36931400.31912442X-RAY DIFFRACTION98.51
1.92-1.990.2581540.25152497X-RAY DIFFRACTION99.29
1.99-2.080.25711420.21312486X-RAY DIFFRACTION99.58
2.08-2.190.27071710.19882462X-RAY DIFFRACTION99.62
2.19-2.330.23391470.16472481X-RAY DIFFRACTION99.58
2.33-2.510.21231220.15982537X-RAY DIFFRACTION99.63
2.51-2.760.25651270.16292510X-RAY DIFFRACTION99.74
2.76-3.160.23291080.16392545X-RAY DIFFRACTION99.33
3.16-3.980.20641070.15792526X-RAY DIFFRACTION99.02
3.98-36.610.17341440.15542554X-RAY DIFFRACTION99.05
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.996777895410.405623782966-0.1602531519096.934153821563.093857607332.727511116780.0219658920994-0.04718119386260.179288128749-0.503358118977-0.08758296483880.0535807352857-0.301328273671-0.05647435325070.06952279270120.2765301577840.04090804619730.001782347836730.2015585243140.01264523917470.1327513560259.6524164907812.55406008987.92772084085
20.622538054875-0.165227298017-0.2565797355073.476608666991.229810924171.906603552320.06710979882170.1290514845250.0474209611775-0.216946303098-0.0764685636974-0.102279437437-0.07889545835150.00634525182349-0.01444502653660.332509313350.005772507233470.07380183141790.2994463566340.02015508107550.25685918190715.84945149884.125240648558.26676464284
32.64844608811-0.5416232255950.1829985261792.96925877341-0.9874148678887.41864020388-0.004512059449120.315993650482-0.0293951523664-0.18004628344-0.01806170694750.4504037646560.0887354633093-0.4579980508340.02018671769860.226139879921-0.02657579196020.01383654640890.215038329141-0.0180519527750.283359253642.63535481122-2.504070357067.25111404055
43.770770185680.2165542097291.811101575352.905756271911.472355282493.216455118470.0966188029573-0.00369454696125-0.2137695687320.2292684968530.100378733518-0.3842135427240.3842847569950.134995469853-0.2107733949590.3087738469550.002848635971580.04477884194170.1702012661390.02772190925230.20848699263522.3506466986-4.0929642443332.6161789158
53.18483062914-0.4867849006071.069090739751.018062525350.1297212324571.41405965042-0.0125025469576-0.126731998960.09143843320120.1345287315850.0005177613483590.201355238-0.0325317277868-0.203534343260.01589529162830.2323460812450.00209597664110.08573731700760.200429933756-0.01198736071950.2034689474316.132125045073.0687583505430.21395062
61.783669728840.9836661551290.6831524587982.859176418470.948360324284.905940183160.06294328121960.0341505096660.2064906506150.120465993482-0.01265454111850.0190670322536-0.26909308402-0.0590835129367-0.03786412796870.227401709410.01602365808740.06838718880370.1411579695360.0006552849039780.25658361466520.10006615488.1041036962431.3153170826
77.781578576734.495305825483.21146101786.840093961041.274423414084.439174426580.16794823557-0.284905287051-0.4741924586680.252743703182-0.0984611939068-0.01911215278760.477137246707-0.19011606301-0.07314355429790.3934613586450.01758162201120.1133502715470.212066597629-0.01055366233760.2670890933611.7192508886-14.188674951112.028100441
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 35 )3 - 351 - 33
22chain 'A' and (resid 36 through 91 )36 - 9134 - 89
33chain 'A' and (resid 92 through 149 )92 - 14990 - 147
44chain 'A' and (resid 150 through 182 )150 - 182148 - 180
55chain 'A' and (resid 183 through 233 )183 - 233181 - 231
66chain 'A' and (resid 234 through 292 )234 - 292232 - 290
77chain 'A' and (resid 293 through 311 )293 - 311291 - 309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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