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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9ezz | ||||||
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タイトル | Bacterial histone protein HBb from Bdellovibrio bacteriovorus bound to DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Bacterial histone / protein-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Histone-fold / protein heterodimerization activity / PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Hu, Y. / Albrecht, R. / Hartmann, M.D. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024 タイトル: Bacterial histone HBb from Bdellovibrio bacteriovorus compacts DNA by bending. 著者: Hu, Y. / Schwab, S. / Deiss, S. / Escudeiro, P. / van Heesch, T. / Joiner, J.D. / Vreede, J. / Hartmann, M.D. / Lupas, A.N. / Alvarez, B.H. / Alva, V. / Dame, R.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9ezz.cif.gz | 75.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9ezz.ent.gz | 53.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9ezz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9ezz_validation.pdf.gz | 453.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9ezz_full_validation.pdf.gz | 454.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 9ezz_validation.xml.gz | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9ezz_validation.cif.gz | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/9ezz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/9ezz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9f0eC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7189.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア) 遺伝子: Bd0055 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6MRM1 #2: DNA鎖 | | 分子量: 6494.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | | 分子量: 6102.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 0.2 M LiCl and 20% PEG 6k |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→31.63 Å / Num. obs: 12919 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.89 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / 冗長度: 8.33 % / Rmerge(I) obs: 2.02 / Mean I/σ(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 2021 / CC1/2: 0.482 / Rrim(I) all: 2.16 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→31.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 14.273 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.239 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.95→31.63 Å
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拘束条件 |
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