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万見
- PDB-9ezp: Non-canonical structure of the human cortactin SH3 domain in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ezp
タイトルNon-canonical structure of the human cortactin SH3 domain in complex with WIP-derived peptide
要素
  • WAS/WASL-interacting protein family member 1
  • cDNA FLJ34459 fis, clone HLUNG2002916, highly similar to SRC SUBSTRATE CORTACTIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 domain / cortactin / WASp-interacting protein (WIP) / cytoskeletal regulation / cortactin-WIP complex
機能・相同性
機能・相同性情報


profilin binding / actin filament-based movement / cytoskeletal anchor activity / response to other organism / actin polymerization or depolymerization / CDC42 GTPase cycle / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / ruffle / RAC1 GTPase cycle / protein folding chaperone ...profilin binding / actin filament-based movement / cytoskeletal anchor activity / response to other organism / actin polymerization or depolymerization / CDC42 GTPase cycle / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / ruffle / RAC1 GTPase cycle / protein folding chaperone / actin filament / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / SH3 domain binding / actin cytoskeleton / actin binding / protein-containing complex assembly / cytoplasmic vesicle / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Cortactin, SH3 domain / Wiskott Aldrich syndrome homology region 2 / WH2 motif / WH2 domain / WH2 domain profile. / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...: / Cortactin, SH3 domain / Wiskott Aldrich syndrome homology region 2 / WH2 motif / WH2 domain / WH2 domain profile. / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
cDNA FLJ34459 fis, clone HLUNG2002916, highly similar to SRC SUBSTRATE CORTACTIN / WAS/WASL-interacting protein family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Sokolik, C.G. / Chill, J.H.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation964/19 イスラエル
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: A Triple-pose Complex Between an Extended WIP Motif and a C-terminal SH3 Domain Modulates Cortactin Activity.
著者: Sokolik, C.G. / Chill, J.H.
履歴
登録2024年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cDNA FLJ34459 fis, clone HLUNG2002916, highly similar to SRC SUBSTRATE CORTACTIN
B: WAS/WASL-interacting protein family member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6142
ポリマ－8,6142
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable, NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area820 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5980 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 cDNA FLJ34459 fis, clone HLUNG2002916, highly similar to SRC SUBSTRATE CORTACTIN


分子量: 6462.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-28-a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7Express / 参照: UniProt: B3KRK4
#2: タンパク質・ペプチド WAS/WASL-interacting protein family member 1 / Protein PRPL-2 / Wiskott-Aldrich syndrome protein-interacting protein / WASP-interacting protein


分子量: 2151.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43516
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
122isotropic12D 1H-1H TOCSY
133isotropic12D 1H-1H TOCSY
143isotropic12D 1H-1H NOESY
153isotropic12D 1H-15N HSQC
164isotropic12D 1H-1H TOCSY
174isotropic12D 1H-1H NOESY
184isotropic12D 1H-1H COSY
195isotropic13D 13C-filtered-12C-edited NOESY-HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.7 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2OWIPu H2O93% H2O/7% D2O
solution20.7 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 100% D2OWIPu D2O100% D2O
solution31.1 mM Human WIP (165-183), 0.22 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] Human cortactin SH3 domain (494-550), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 1 mM dithiothreitol, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O2H15N SH3-WIPu H2O93% H2O/7% D2O
solution41.1 mM Human WIP (165-183), 0.22 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] Human cortactin SH3 domain (494-550), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 1 mM dithiothreitol, 0.02 % sodium azide, 100% D2O2H15N SH3-WIPu D2O100% D2O
solution51.1 mM Human WIP (165-183), 0.22 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Human cortactin SH3 domain (494-550), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 1 mM dithiothreitol, 0.02 % sodium azide, 100% D2O13C15N SH3-WIPu D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMHuman WIP (165-183)natural abundance1
20 mMpotassium phosphatenatural abundance1
20 mMsodium chloridenatural abundance1
0.02 %sodium azidenatural abundance1
0.7 mMHuman WIP (165-183)natural abundance2
20 mMpotassium phosphatenatural abundance2
20 mMsodium chloridenatural abundance2
0.02 %sodium azidenatural abundance2
1.1 mMHuman WIP (165-183)natural abundance3
0.22 mMHuman cortactin SH3 domain (494-550)[U-99% 15N; U-80% 2H]3
20 mMpotassium phosphatenatural abundance3
20 mMsodium chloridenatural abundance3
1 mMdithiothreitolnatural abundance3
0.02 %sodium azidenatural abundance3
1.1 mMHuman WIP (165-183)natural abundance4
0.22 mMHuman cortactin SH3 domain (494-550)[U-99% 15N; U-80% 2H]4
20 mMpotassium phosphatenatural abundance4
20 mMsodium chloridenatural abundance4
1 mMdithiothreitolnatural abundance4
0.02 %sodium azidenatural abundance4
1.1 mMHuman WIP (165-183)natural abundance5
0.22 mMHuman cortactin SH3 domain (494-550)[U-99% 13C; U-99% 15N]5
20 mMpotassium phosphatenatural abundance5
20 mMsodium chloridenatural abundance5
1 mMdithiothreitolnatural abundance5
0.02 %sodium azidenatural abundance5
試料状態詳細: 20 mM KPi, 20 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.02% NaN3 / イオン強度: 0.055 M / Ionic strength err: 0.001 / Label: conditions_1 / pH: 6.6 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE DRX / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE DRX / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.6.4Bruker Biospinchemical shift assignment
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
TopSpin3.6.4Bruker Biospinpeak picking
TALOS+Shen, Grishaev, Baxstructure calculation
TopSpin3.6.4Bruker Biospin解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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