PDB-9ezl: Crystal structure of trehalose synthase mutant N253H from Deinoco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ezl

タイトル

Crystal structure of trehalose synthase mutant N253H from Deinococcus radiodurans

要素

maltose alpha-D-glucosyltransferase

キーワード

ISOMERASE / trehalose

機能・相同性

機能・相同性情報

maltose alpha-D-glucosyltransferase / maltose alpha-D-glucosyltransferase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.97 Å

データ登録者

Ye, L.C. / Chen, S.C.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural and Mutational Analyses of Trehalose Synthase from Deinococcus radiodurans Reveal the Interconversion of Maltose-Trehalose Mechanism.
著者: Ye, L.C. / Chow, S.Y. / Chang, S.C. / Kuo, C.H. / Wang, Y.L. / Wei, Y.J. / Lee, G.C. / Liaw, S.H. / Chen, W.M. / Chen, S.C.

履歴

登録	2024年4月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ezl.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ezl.ent.gz	702.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ezl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ezl_validation.pdf.gz	7.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ezl_full_validation.pdf.gz	7.3 MB	表示
XML形式データ	9ezl_validation.xml.gz	167.1 KB	表示
CIF形式データ	9ezl_validation.cif.gz	213.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/9ezl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/9ezl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ywdC 8z2lC 8z2qC 8z2rC 8z2sC 8z2tC 8z2uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: maltose alpha-D-glucosyltransferase

B: maltose alpha-D-glucosyltransferase

C: maltose alpha-D-glucosyltransferase

D: maltose alpha-D-glucosyltransferase

E: maltose alpha-D-glucosyltransferase

F: maltose alpha-D-glucosyltransferase

G: maltose alpha-D-glucosyltransferase

H: maltose alpha-D-glucosyltransferase

ヘテロ分子

522 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: maltose alpha-D-glucosyltransferase

B: maltose alpha-D-glucosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
130 kDa, 2 ポリマー
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2

C: maltose alpha-D-glucosyltransferase

H: maltose alpha-D-glucosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
130 kDa, 2 ポリマー
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3

D: maltose alpha-D-glucosyltransferase

F: maltose alpha-D-glucosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
130 kDa, 2 ポリマー
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4

E: maltose alpha-D-glucosyltransferase

G: maltose alpha-D-glucosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
130 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.208, 196.264, 131.205
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.660, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	maltose alpha-D-glucosyltransferase / Maltose alpha-D-glucosyltransferase 分子量: 65011.883 Da / 分子数: 8 / 変異: N253H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: I3NX86, maltose alpha-D-glucosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Tris-HCl pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.97→20 Å / Num. obs: 98360 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 57.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.97→3.05 Å / R_merge(I) obs: 0.167 / Num. unique obs: 93240

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.97→19.92 Å / SU ML: 0.431 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.0793
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2456	4846	4.94 %	RANDOM
R_work	0.166	93223	-	-
obs	0.1699	98069	98.24 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.97→19.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	35248	0	80	57	35385

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0089	36376
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1037	49560
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0565	5112
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0101	6552
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.1918	4920

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.97-3	0.3894	137	0.274	2535	X-RAY DIFFRACTION	80.24
3-3.04	0.3313	151	0.2398	3053	X-RAY DIFFRACTION	96.89
3.04-3.08	0.3098	162	0.2288	3100	X-RAY DIFFRACTION	98.37
3.08-3.11	0.2955	162	0.2196	3142	X-RAY DIFFRACTION	98.33
3.11-3.15	0.3474	177	0.2236	3056	X-RAY DIFFRACTION	98.93
3.16-3.2	0.309	188	0.2082	3125	X-RAY DIFFRACTION	98.78
3.2-3.24	0.3278	168	0.2109	3079	X-RAY DIFFRACTION	98.75
3.24-3.29	0.2904	172	0.2054	3112	X-RAY DIFFRACTION	98.89
3.29-3.34	0.2933	180	0.2017	3092	X-RAY DIFFRACTION	98.88
3.34-3.4	0.2807	156	0.2006	3127	X-RAY DIFFRACTION	98.83
3.4-3.46	0.3129	179	0.1981	3136	X-RAY DIFFRACTION	99.04
3.46-3.52	0.3026	163	0.185	3107	X-RAY DIFFRACTION	98.76
3.52-3.59	0.2786	143	0.1766	3156	X-RAY DIFFRACTION	99.1
3.59-3.66	0.2366	156	0.1671	3116	X-RAY DIFFRACTION	98.94
3.66-3.74	0.2988	160	0.1611	3123	X-RAY DIFFRACTION	98.97
3.74-3.82	0.2194	151	0.1663	3156	X-RAY DIFFRACTION	99.01
3.82-3.92	0.2794	160	0.1544	3109	X-RAY DIFFRACTION	98.91
3.92-4.02	0.2362	169	0.1491	3144	X-RAY DIFFRACTION	99.28
4.02-4.14	0.2241	167	0.1527	3124	X-RAY DIFFRACTION	99.13
4.14-4.27	0.2063	179	0.1412	3089	X-RAY DIFFRACTION	99.15
4.27-4.42	0.2397	156	0.1451	3138	X-RAY DIFFRACTION	99.07
4.42-4.6	0.2066	150	0.1434	3169	X-RAY DIFFRACTION	99.16
4.6-4.81	0.2162	147	0.1508	3153	X-RAY DIFFRACTION	98.92
4.81-5.06	0.2355	183	0.1499	3130	X-RAY DIFFRACTION	99.01
5.06-5.37	0.2225	149	0.1569	3139	X-RAY DIFFRACTION	99.07
5.37-5.77	0.2178	155	0.1584	3144	X-RAY DIFFRACTION	99.13
5.77-6.34	0.1984	145	0.1554	3170	X-RAY DIFFRACTION	99.19
6.34-7.21	0.2565	173	0.1547	3138	X-RAY DIFFRACTION	98.87
7.21-8.95	0.1756	168	0.1438	3146	X-RAY DIFFRACTION	99.04
8.95-19.92	0.1825	140	0.1404	3215	X-RAY DIFFRACTION	98.73

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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