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- PDB-9ezi: Structure of single-domain antibody VHH_h5 in complex with human Vsig4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ezi
タイトルStructure of single-domain antibody VHH_h5 in complex with human Vsig4
要素
  • V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4
  • VHH_h5
キーワードIMMUNE SYSTEM / Nanobody / Mutations / CDR2 / CDR3 / hVsig4 / B7 family / immune regulatory proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of complement activation, alternative pathway / negative regulation of macrophage activation / complement component C3b binding / complement activation, alternative pathway / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of T cell proliferation / protein-containing complex / membrane
類似検索 - 分子機能
VSIG4, immunoglobulin variable (IgV)-like domain / V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4 / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin ...VSIG4, immunoglobulin variable (IgV)-like domain / V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4 / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Camelidae (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Vizarraga, D. / Cianferoni, D. / Delgado, J. / van der Kant, R. / Garcia, T. / Maragkou, K. / Zhang, Z. / Dewilde, M. / Schymkowitz, J. / Rousseau, F. / Serrano, L.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)JDC2022-048697-I スペイン
引用ジャーナル: To be published
タイトル: In silico design of stable single-domain antibodies against multiple targets.
著者: van der Kant, R. / Zhang, Z. / Markovic, I. / Vizarraga, D. / Garcia, T. / Maragkou, K. / Delgado, J. / Cianferoni, D. / Orlando, G. / Carolis, C. / Savvides, S. / N.Volkov, A. / Dewilde, M. ...著者: van der Kant, R. / Zhang, Z. / Markovic, I. / Vizarraga, D. / Garcia, T. / Maragkou, K. / Delgado, J. / Cianferoni, D. / Orlando, G. / Carolis, C. / Savvides, S. / N.Volkov, A. / Dewilde, M. / Schymkowitz, J. / Serrano, L. / Rousseau, F.
履歴
登録2024年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4
B: VHH_h5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7232
ポリマ－26,7232
非ポリマー00
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area11370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.709, 50.877, 175.904
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4 / Protein Z39Ig


分子量: 13444.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VSIG4, CRIg, Z39IG, UNQ317/PRO362 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y279
#2: 抗体 VHH_h5


分子量: 13278.602 Da / 分子数: 1
Mutation: R51G, W52P, N53F, D101N, K102R, S105F, S106E, F107D, E110N and Y111F
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0,1M Bis-Tris pH 6.5 and 30% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 63 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.966→87.952 Å / Num. obs: 17284 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.966→2 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.992 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 825 / CC1/2: 0.909 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20_4459: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→44.04 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 835 4.84 %
Rwork0.1975 --
obs0.1997 17254 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→44.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1881 0 0 67 1948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.759272
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.090.27341250.23222638X-RAY DIFFRACTION99
2.09-2.250.25081320.22532680X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.480.34141370.21892707X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.840.24371560.21742724X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.570.25751430.19642746X-RAY DIFFRACTION100
3.57-44.040.20891420.17882924X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.4731 Å / Origin y: -15.9333 Å / Origin z: 22.3917 Å
111213212223313233
T0.2314 Å20.0212 Å20.0302 Å2-0.2228 Å2-0.0172 Å2--0.2218 Å2
L1.5344 °20.2838 °20.0071 °2-1.8951 °20.2359 °2--3.0501 °2
S-0.0223 Å °0.2725 Å °-0.1831 Å °-0.2953 Å °-0.0366 Å °-0.1382 Å °0.3886 Å °0.0891 Å °0.0395 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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