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万見
- PDB-9ezd: BsmI (Bottom Nicking mutant) crystallized with Mg2+ and cognate d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ezd
タイトルBsmI (Bottom Nicking mutant) crystallized with Mg2+ and cognate dsDNA (Post-reactive complex)
要素
  • (DNA (Bottom strand - ...) x 2
  • BsmI
  • DNA (Top strand)
キーワードHYDROLASE / Restriction endonuclease / DNA cleavage
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / BsmI
機能・相同性情報
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.635 Å
データ登録者Sieskind, R. / Missoury, S. / Madru, C. / Commenge, I. / Niogret, G. / Rondelez, Y. / Haouz, A. / Legrand, P. / Sauguet, L. / Delarue, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Crystal structures of monomeric BsmI restriction endonuclease reveal coordinated sequential cleavage of two DNA strands.
著者: Sieskind, R. / Missoury, S. / Madru, C. / Commenge, I. / Niogret, G. / Hollenstein, M. / Rondelez, Y. / Sauguet, L. / Haouz, A. / Legrand, P. / Delarue, M.
履歴
登録2024年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BsmI
E: DNA (Bottom strand - 5'-part)
F: DNA (Top strand)
G: DNA (Bottom strand - 3'-part)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3437
ポリマ－86,0884
非ポリマー2553
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, Analyticial Ultra-centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.213, 130.419, 62.542
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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DNA (Bottom strand - ... , 2種, 2分子 EG

#2: DNA鎖 DNA (Bottom strand - 5'-part)


分子量: 2337.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
#4: DNA鎖 DNA (Bottom strand - 3'-part)


分子量: 1511.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AF

#1: タンパク質 BsmI


分子量: 78190.234 Da / 分子数: 1 / 変異: R507D, G509V, E546V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: bsmIR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RLN4
#3: DNA鎖 DNA (Top strand)


分子量: 4049.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

-
非ポリマー , 4種, 54分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES pH6.5 100 mM MgCl2 25% PEG400 35% Guanidine HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.635→78.455 Å / Num. obs: 12735 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 11.2 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.52 / Rpim(I) all: 0.162 / Rrim(I) all: 0.546 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.635→2.957 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 2.439 / Num. unique obs: 637 / CC1/2: 0.433 / Rpim(I) all: 0.82 / Rrim(I) all: 2.577 / % possible all: 65.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
autoPROC1.0.5データ削減
autoPROC1.0.5データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.635→78.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.557
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2516 653 -RANDOM
Rwork0.2188 ---
obs0.2205 12735 52.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4282 Å20 Å20 Å2
2---1.7398 Å20 Å2
3---0.3116 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.635→78.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5422 526 14 51 6013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0076145HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.878408HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2098SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes965HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6145HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion798SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4502SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.14
LS精密化 シェル解像度: 2.635→2.89 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3107 26 -
Rwork0.2961 --
obs--6.94 %
精密化 TLSOrigin x: 16.3696 Å / Origin y: 22.2859 Å / Origin z: 10.5333 Å
111213212223313233
T-0.0676 Å2-0.0157 Å20.0301 Å2--0.1185 Å20.0045 Å2--0.0997 Å2
L0.2134 °2-0.0951 °20.2187 °2-0.4664 °2-0.1969 °2--0.2851 °2
S0.0335 Å °-0.0289 Å °0.0494 Å °-0.0289 Å °-0.0239 Å °0.0351 Å °0.0494 Å °0.0351 Å °-0.0095 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }A1 - 676
2X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }B1
3X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }C1
4X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }E1 - 8
5X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }F1 - 13
6X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }G1 - 5
7X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }L1
8X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }W1 - 51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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