PDB-9eza: Interleukin-31 Receptor D1D2 in complex with Nemolizumab derived scFv

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eza

タイトル

Interleukin-31 Receptor D1D2 in complex with Nemolizumab derived scFv

要素

Interleukin-31 receptor subunit alpha
Nemolizumab scFv

キーワード

CYTOKINE / cytokine receptor / complex / antibody / antagonist

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of macrophage activation / glandular epithelial cell differentiation / defense response to other organism / acute inflammatory response to antigenic stimulus / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / cytokine receptor activity / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / homeostatic process / cytokine binding / monocyte differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.147 Å

データ登録者

Bloch, Y. / Savvides, S.N.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of the Interleukin-31 signaling complex and its inhibition.
著者: Bloch, Y. / Savvides, S.N.

履歴

登録	2024年4月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eza.cif.gz	806.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eza.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eza.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9eza_validation.pdf.gz	818.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eza_full_validation.pdf.gz	827.2 KB	表示
XML形式データ	9eza_validation.xml.gz	40.7 KB	表示
CIF形式データ	9eza_validation.cif.gz	53.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/9eza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/9eza	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qol PDB 未公開エントリ 8qu0 PDB 未公開エントリ 8qxr PDB 未公開エントリ 8qy8 PDB 未公開エントリ 8r01 PDB 未公開エントリ 9f0b PDB 未公開エントリ 9f1p PDB 未公開エントリ 9f68 PDB 未公開エントリ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nemolizumab scFv

B: Interleukin-31 receptor subunit alpha

C: Nemolizumab scFv

D: Interleukin-31 receptor subunit alpha

ヘテロ分子

117 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.008, 163.559, 269.466
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
抗体 / タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体	Nemolizumab scFv 分子量: 27660.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: humanized / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: hybridoma / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 Express
#2: タンパク質	Interleukin-31 receptor subunit alpha / IL-31 receptor subunit alpha / IL-31R subunit alpha / IL-31R-alpha / IL-31RA / Cytokine receptor- ...IL-31 receptor subunit alpha / IL-31R subunit alpha / IL-31R-alpha / IL-31RA / Cytokine receptor-like 3 / GLM-R / hGLM-R / Gp130-like monocyte receptor / Gp130-like receptor / ZcytoR17 分子量: 30266.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: [1-18] Expected secretion signal [19-223] Protein [224-225] Restricition site [227-230] Caspase3 protease site [231-261] Avi His tag 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL31RA, CRL3, GPL, UNQ6368/PRO21073/PRO21384 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S MGat -/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NI17

#1: 抗体

Nemolizumab scFv

分子量: 27660.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: humanized / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: hybridoma / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 Express

#2: タンパク質

Interleukin-31 receptor subunit alpha / IL-31 receptor subunit alpha / IL-31R subunit alpha / IL-31R-alpha / IL-31RA / Cytokine receptor- ...

分子量: 30266.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: [1-18] Expected secretion signal [19-223] Protein [224-225] Restricition site [227-230] Caspase3 protease site [231-261] Avi His tag
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL31RA, CRL3, GPL, UNQ6368/PRO21073/PRO21384 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S MGat -/- / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NI17

-
糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 243分子

#5: 化合物	ChemComp-A1H79 / BES buffer / 2-[bis(2-hydroxyethyl)amino]ethanesulfonic acid 分子量: 213.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅NO₅S
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.23 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: MorpheusII H6 (40 mM Polyamines, 10% PEG4000, 20% 1,2,6-Hexanetriol, 100 mM BES pH 7)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.147→78.378 Å / Num. obs: 70477 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.73 % / B_iso Wilson estimate: 56.558 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 10.26

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
6.42-78.378	6.19	33.7	2856	0.998	0.051	99.7
2.28-2.43	7.13	1.46	10623	0.631	1.144	100
2.147-2.28	5.98	0.71	11148	0.302	1.881	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS	20180808	データ削減
XDS	20180808	データスケーリング
PHASER	2.8.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.147→46.745 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 13.311 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.163 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2303	1995	2.841 %
R_work	0.2009	68228	-
all	0.202	-	-
obs	-	70223	99.541 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.578 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.284 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.197 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.482 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.147→46.745 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6901	0	69	242	7212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	7161
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6463
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.488	1.822	9733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.517	1.759	14974
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.549	5	870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.589	5	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.236	10	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.49	10	312
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8397
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	5757
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	3425
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	3657
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	305
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.158	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.097	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.713	3.765	3501
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.713	3.765	3501
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.067	6.749	4364
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.067	6.749	4365
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.745	4.174	3660
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.745	4.176	3661
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.786	7.505	5369
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.786	7.506	5370
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.801	35.916	7574
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.801	35.924	7575

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.147-2.203	0.439	138	0.407	4692	0.408	5132	0.869	0.892	94.1154	0.41
2.203-2.263	0.346	142	0.369	4873	0.368	5017	0.903	0.905	99.9601	0.37
2.263-2.329	0.318	139	0.33	4770	0.33	4909	0.919	0.931	100	0.326
2.329-2.4	0.276	135	0.297	4617	0.296	4752	0.953	0.947	100	0.285
2.4-2.479	0.272	130	0.269	4460	0.269	4590	0.952	0.96	100	0.25
2.479-2.565	0.324	127	0.236	4310	0.239	4438	0.948	0.969	99.9775	0.213
2.565-2.662	0.237	123	0.209	4189	0.21	4312	0.968	0.975	100	0.184
2.662-2.77	0.292	117	0.197	4054	0.2	4171	0.957	0.977	100	0.173
2.77-2.893	0.247	114	0.191	3879	0.193	3995	0.96	0.979	99.9499	0.17
2.893-3.033	0.221	107	0.188	3690	0.189	3797	0.973	0.982	100	0.169
3.033-3.197	0.247	104	0.212	3520	0.213	3624	0.965	0.976	100	0.198
3.197-3.39	0.265	98	0.218	3351	0.219	3449	0.96	0.976	100	0.207
3.39-3.622	0.246	93	0.216	3197	0.217	3290	0.966	0.979	100	0.21
3.622-3.911	0.21	86	0.196	2922	0.196	3008	0.976	0.98	100	0.193
3.911-4.281	0.184	79	0.163	2723	0.164	2802	0.977	0.985	100	0.166
4.281-4.781	0.141	73	0.134	2485	0.134	2558	0.989	0.99	100	0.143
4.781-5.511	0.173	64	0.152	2196	0.153	2260	0.984	0.989	100	0.164
5.511-6.727	0.237	56	0.204	1893	0.205	1950	0.975	0.981	99.9487	0.215
6.727-9.416	0.208	43	0.184	1498	0.185	1542	0.978	0.981	99.9352	0.205
9.416-46.745	0.316	27	0.218	909	0.22	941	0.891	0.967	99.4687	0.242

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2466	-0.3745	-0.0322	2.4587	-1.4072	1.5937	0.0673	-0.0876	0.1498	-0.2355	-0.2209	-0.1244	0.076	0.3507	0.1536	0.0855	0.0061	0.0417	0.094	0.0651	0.2225	-18.1818	54.0789	40.4068
2	2.5701	0.4158	0.292	1.6256	-0.1925	1.5752	0.0294	-0.1465	-0.0319	0.0283	-0.0801	0.053	0.2322	0.066	0.0507	0.1151	-0.0044	0.0512	0.018	0.0054	0.1302	21.4559	33.2477	57.4743
3	1.6884	0.6127	-0.4831	3.6088	-0.6014	2.6627	-0.0477	-0.0281	0.0755	-0.2847	-0.0604	-0.4	-0.0595	0.5539	0.1081	0.3244	-0.0198	0.0547	0.2759	0.156	0.3087	-6.438	74.411	18.6038
4	1.659	-0.0729	0.3601	1.9236	1.0956	3.7309	-0.1312	0.4957	-0.3054	-0.6859	-0.0423	0.3158	0.8583	-0.5523	0.1735	1.1288	-0.2508	-0.0309	0.3918	0.0447	0.3977	-26.136	53.1398	-0.1443
5	1.6652	-0.6434	0.1764	1.5626	-0.6306	1.1496	0.0522	0.0566	0.1807	-0.1117	0.0424	0.2626	0.0836	-0.2136	-0.0946	0.0775	-0.038	0.0194	0.0627	0.0141	0.3013	4.4196	43.7299	46.4239
6	2.1093	0.4969	-0.6498	2.2714	-0.7605	1.6927	0.127	-0.0133	0.4681	0.0427	0.0068	0.4098	-0.3234	-0.0411	-0.1338	0.1598	0.0046	0.0218	0.003	0.014	0.4143	-34.9027	69.8258	40.3437
7	1.4397	-0.4474	-0.1681	2.7268	-0.3346	2.8955	-0.0584	0.0242	-0.16	0.0882	0.0602	0.7127	0.3798	-0.5812	-0.0018	0.3591	-0.2121	0.0245	0.2492	-0.0168	0.5396	-6.5011	15.5008	47.0117
8	0.5509	-0.516	-1.062	1.5031	0.2996	4.1094	0.1018	0.0701	0.0971	-0.26	-0.1459	0.0313	0.0264	0.0223	0.0442	0.4163	-0.1078	-0.0694	0.1632	0.0328	0.296	9.8672	13.0003	23.8268

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Ap	1 - 137
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	Ap	138 - 243

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
抗体 / タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

-
糖 , 2種, 5分子

-
非ポリマー , 2種, 243分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-抗体 / タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

-糖 , 2種, 5分子

-非ポリマー , 2種, 243分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
抗体 / タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

-
糖 , 2種, 5分子

-
非ポリマー , 2種, 243分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)