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- PDB-9eyx: Human PRMT5 in complex with AZ compound 28 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eyx
タイトルHuman PRMT5 in complex with AZ compound 28
要素
  • Methylosome protein WDR77
  • Protein arginine N-methyltransferase 5, N-terminally processed
キーワードTRANSFERASE / methyl transferase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / histone H4R3 methyltransferase activity / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development ...positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / histone H4R3 methyltransferase activity / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone arginine N-methyltransferase activity / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / protein-arginine N-methyltransferase activity / methylosome / methyl-CpG binding / endothelial cell activation / histone H3 methyltransferase activity / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / regulation of mitotic nuclear division / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / histone methyltransferase complex / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / histone methyltransferase activity / E-box binding / negative regulation of cell differentiation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / ribonucleoprotein complex binding / spliceosomal snRNP assembly / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / nuclear receptor coactivator activity / regulation of signal transduction by p53 class mediator / methyltransferase activity / liver regeneration / DNA-templated transcription termination / circadian regulation of gene expression / Regulation of TP53 Activity through Methylation / RMTs methylate histone arginines / protein polyubiquitination / transcription corepressor activity / p53 binding / snRNP Assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein arginine N-methyltransferase PRMT5 / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5, TIM barrel domain / PRMT5, oligomerisation domain / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5 TIM barrel domain / PRMT5 oligomerisation domain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / WD40 repeat, conserved site ...Protein arginine N-methyltransferase PRMT5 / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5, TIM barrel domain / PRMT5, oligomerisation domain / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5 TIM barrel domain / PRMT5 oligomerisation domain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / Protein arginine N-methyltransferase 5 / Methylosome protein WDR77
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Debreczeni, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery and In Vivo Efficacy of AZ-PRMT5i-1, a Novel PRMT5 Inhibitor with High MTA Cooperativity.
著者: Smith, J.M. / Barlaam, B. / Beattie, D. / Bradshaw, L. / Chan, H.M. / Chiarparin, E. / Collingwood, O. / Cooke, S.L. / Cronin, A. / Cumming, I. / Dean, E. / Debreczeni, J.E. / Del Barco ...著者: Smith, J.M. / Barlaam, B. / Beattie, D. / Bradshaw, L. / Chan, H.M. / Chiarparin, E. / Collingwood, O. / Cooke, S.L. / Cronin, A. / Cumming, I. / Dean, E. / Debreczeni, J.E. / Del Barco Barrantes, I. / Diene, C. / Gianni, D. / Guerot, C. / Guo, X. / Guven, S. / Hayhow, T.G. / Hong, T. / Kemmitt, P.D. / Lamont, G.M. / Lamont, S. / Lynch, J.T. / McWilliams, L. / Moore, S. / Raubo, P. / Robb, G.R. / Robinson, J. / Scott, J.S. / Srinivasan, B. / Steward, O. / Stubbs, C.J. / Syson, K. / Tan, L. / Turner, O. / Underwood, E. / Urosevic, J. / Vazquez-Chantada, M. / Whittaker, A.L. / Wilson, D.M. / Winter-Holt, J.J.
履歴
登録2024年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein arginine N-methyltransferase 5, N-terminally processed
B: Methylosome protein WDR77
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4095
ポリマ－109,5242
非ポリマー8853
水1,24369
1
A: Protein arginine N-methyltransferase 5, N-terminally processed
B: Methylosome protein WDR77
ヘテロ分子

A: Protein arginine N-methyltransferase 5, N-terminally processed
B: Methylosome protein WDR77
ヘテロ分子

A: Protein arginine N-methyltransferase 5, N-terminally processed
B: Methylosome protein WDR77
ヘテロ分子

A: Protein arginine N-methyltransferase 5, N-terminally processed
B: Methylosome protein WDR77
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 442 kDa, 8 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)441,63520
ポリマ－438,0968
非ポリマー3,53912
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area33430 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area132630 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)102.124, 139.123, 178.145
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein arginine N-methyltransferase 5, N-terminally processed


分子量: 72766.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT5, HRMT1L5, IBP72, JBP1, SKB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14744
#2: タンパク質 Methylosome protein WDR77 / Androgen receptor cofactor p44 / Methylosome protein 50 / MEP-50 / WD repeat-containing protein 77 / p44/Mep50


分子量: 36757.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR77, MEP50, WD45, HKMT1069, Nbla10071
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BQA1

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非ポリマー , 4種, 72分子

#3: 化合物 ChemComp-A1H73 / (3~{S})-2-[(5-azanyl-6-fluoranyl-1~{H}-pyrrolo[3,2-b]pyridin-2-yl)methyl]-6-fluoranyl-1'-[(4-fluorophenyl)methyl]spiro[isoindole-3,3'-pyrrolidine]-1,2'-dione


分子量: 491.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H20F3N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン


分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 14-16 w/v % PEG3350, 24-25 v/v % 2-methyl-2,4-pentanediol and 0.1 M tri-sodium-citrate buffer at pH 5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→109.648 Å / Num. obs: 30190 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.203→2.505 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1509 / CC1/2: 0.713

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 25.06 / SU ML: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.424 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28822 1579 5.3 %RANDOM
Rwork0.26901 ---
obs0.27002 28488 46.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.747 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å2-0 Å2
2---1.05 Å2-0 Å2
3---0.94 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7239 0 61 69 7369
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0127497
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0166798
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.731.8110243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.291.74415651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7035924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg2.657543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.677101148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0350.21135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.028922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021731
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5253.143708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5253.143708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9875.6464629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9875.6464630
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.2963.1173789
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.2953.1113785
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.5885.7345609
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.94928.867823
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.94428.877823
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.203→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 2 -
Rwork0.406 121 -
obs--2.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18670.1402-0.04961.6774-0.09761.23540.1081-0.07110.0150.1523-0.030.3303-0.1508-0.5933-0.07810.07220.02210.03010.33390.03160.069630.612777.120519.2346
21.32820.0701-0.12151.82980.02081.8654-0.0916-0.0905-0.28790.2820.08530.32110.6654-0.32610.00630.5318-0.37980.04760.39760.09270.252123.037127.604337.3543
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 701
2X-RAY DIFFRACTION2B21 - 329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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