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- PDB-9ey9: Yeast 20S proteasome in complex with a sybactin derivative (PheSyr) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ey9
タイトルYeast 20S proteasome in complex with a sybactin derivative (PheSyr)
要素
  • (Proteasome subunit alpha type- ...) x 6
  • (Proteasome subunit beta type- ...) x 5
  • (proteasome endopeptidase ...) x 2
  • Probable proteasome subunit alpha type-7
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex / Proteasome / Syrbactins / Natural Product Derivative / Binding Analysis
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / Ub-specific processing proteases / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome assembly / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Neutrophil degranulation / proteasome complex / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site ...Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
: / proteasome endopeptidase complex / proteasome endopeptidase complex / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-3 ...: / proteasome endopeptidase complex / proteasome endopeptidase complex / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Praeve, L. / Kuttenlochner, W. / Tabak, W.W.A. / Langer, C. / Kaiser, M. / Groll, M. / Bode, H.B.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)GR 1861/10-3 ドイツ
引用ジャーナル: Chem / 年: 2024
タイトル: Bioengineering of syrbactin megasynthetases for immunoproteasome inhibitor production
著者: Prave, L. / Kuttenlochner, W. / Tabak, W.W. / Langer, C. / Kaiser, M. / Groll, M. / Bode, H.B.
履歴
登録2024年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Proteasome subunit alpha type-2
B: Proteasome subunit alpha type-3
C: Proteasome subunit alpha type-4
D: Proteasome subunit alpha type-5
E: Proteasome subunit alpha type-6
F: Probable proteasome subunit alpha type-7
G: Proteasome subunit alpha type-1
H: proteasome endopeptidase complex
I: Proteasome subunit beta type-3
J: Proteasome subunit beta type-4
K: proteasome endopeptidase complex
L: Proteasome subunit beta type-6
M: Proteasome subunit beta type-7
N: Proteasome subunit beta type-1
O: Proteasome subunit alpha type-2
P: Proteasome subunit alpha type-3
Q: Proteasome subunit alpha type-4
R: Proteasome subunit alpha type-5
S: Proteasome subunit alpha type-6
T: Probable proteasome subunit alpha type-7
U: Proteasome subunit alpha type-1
V: proteasome endopeptidase complex
W: Proteasome subunit beta type-3
X: Proteasome subunit beta type-4
Y: proteasome endopeptidase complex
Z: Proteasome subunit beta type-6
a: Proteasome subunit beta type-7
b: Proteasome subunit beta type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)733,25640
ポリマ－730,64628
非ポリマー2,60912
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, AU contains one biological assembly
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area123490 Å2
ΔGint-441 kcal/mol
Surface area215440 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)135.580, 301.800, 144.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
1010
1111
1212
1313
1414

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

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要素

-
Proteasome subunit alpha type- ... , 6種, 12分子 AOBPCQDRESGU

#1: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-2 / Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteasome component Y7 / ...Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteasome component Y7 / Proteinase YSCE subunit 7


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23639
#2: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-3 / Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteasome component Y13 ...Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteasome component Y13 / Proteinase YSCE subunit 13


分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23638
#3: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-4 / Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteasome component PRE6 / Proteinase YSCE subunit PRE6


分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40303
#4: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-5 / Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteasome component ...Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteasome component PUP2 / Proteinase YSCE subunit PUP2


分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32379
#5: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-6 / Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteasome component PRE5 / Proteinase YSCE subunit PRE5


分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40302
#7: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-1 / Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component C7- ...Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component C7-alpha / Proteasome component Y8 / Proteinase YSCE subunit 7 / SCL1 suppressor protein


分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21243

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FT

#6: タンパク質 Probable proteasome subunit alpha type-7 / Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteasome component C1 / ...Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteasome component C1 / Proteinase YSCE subunit 1


分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21242

-
Proteasome endopeptidase ... , 2種, 4分子 HVKY

#8: タンパク質 proteasome endopeptidase complex


分子量: 25013.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5Q449, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 proteasome endopeptidase complex


分子量: 23224.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5Q5W3, proteasome endopeptidase complex

-
Proteasome subunit beta type- ... , 5種, 10分子 IWJXLZMaNb

#9: タンパク質 Proteasome subunit beta type-3 / Macropain subunit PUP3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP3 / Proteasome component PUP3


分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25451
#10: タンパク質 Proteasome subunit beta type-4 / Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteasome component C11 ...Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteasome component C11 / Proteinase YSCE subunit 11


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22141
#12: タンパク質 Proteasome subunit beta type-6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5 / Proteasome component C5


分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23724
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta type-7 / Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteasome component PRE4 / Proteinase YSCE subunit PRE4


分子量: 27200.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30657
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta type-1 / Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component PRE3 / Proteinase YSCE subunit PRE3


分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex

-
非ポリマー , 2種, 12分子

#15: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 化合物
ChemComp-A1H71 / sybactin derivative / ~{N}-[(2~{S},3~{R})-1-[[(4~{R},5~{S},8~{S})-4-[(2~{R},3~{S})-3-azanyl-4-oxidanylidene-butan-2-yl]oxy-2,7-bis(oxidanylidene)-5-(phenylmethyl)-1,6-diazacyclododec-8-yl]amino]-3-oxidanyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]hexanamide


分子量: 603.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H49N5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月24日
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT. SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 194950 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 30 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Num. unique obs: 17800 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 61.832 / SU ML: 0.426 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.4 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24117 9504 5 %RANDOM
Rwork0.19275 ---
obs0.19514 180564 98.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 100.593 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å20.07 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49448 0 8 0 49456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01350354
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01547918
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2541.64568112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1461.59110434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.35656306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.9422.7912530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.912158738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.73915284
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0410.26654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0257224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.0211336
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2755.50625314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2755.50625313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8968.25331590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8968.25331591
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.935.91625040
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.935.91625040
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.37936522
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.68352364
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.68352365
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.53398172
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
10103091tight positional0.010.05
11113269tight positional0.010.05
12123429tight positional0.010.05
13133614tight positional0.010.05
14142941tight positional0.030.05
113789tight thermal9.10.5
223750tight thermal10.10.5
333723tight thermal10.240.5
443568tight thermal10.970.5
553501tight thermal9.960.5
663733tight thermal11.590.5
773762tight thermal9.390.5
883398tight thermal9.030.5
993115tight thermal8.670.5
10103091tight thermal8.020.5
11113269tight thermal9.50.5
12123429tight thermal9.10.5
13133614tight thermal8.740.5
14142941tight thermal8.490.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 703 -
Rwork0.346 13356 -
obs--99.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6536-0.4019-0.01010.8722-0.04210.7137-0.1719-0.0140.04260.06310.0552-0.2333-0.2180.18730.11670.7969-0.0737-0.13540.1488-0.05910.680767.1582-92.508746.1416
21.65540.0834-0.18760.66750.10251.7303-0.1019-0.10070.1706-0.21440.0197-0.2947-0.25660.43880.08220.8936-0.118-0.05920.16880.06390.659359.7209-88.214716.3955
31.04910.5741-0.17521.0008-0.36791.4743-0.06770.29540.1667-0.34160.1432-0.1636-0.11520.1024-0.07540.9872-0.0259-0.19380.21340.09340.623732.3391-87.770.9066
41.13320.12070.14780.8201-0.19060.3398-0.1277-0.09660.1799-0.20080.03850.4016-0.1951-0.07830.08920.96580.1055-0.36280.18020.12190.79343.1981-90.64513.5315
50.57440.127-0.15160.4803-0.17161.0796-0.11790.01020.1169-0.15120.00770.3728-0.2707-0.28260.11020.66220.1325-0.13560.1522-0.02580.9122-2.9845-95.147245.5458
60.96640.05220.12140.6518-0.45030.50190.0221-0.1960.19120.16750.00430.3805-0.1241-0.1139-0.02630.83790.05910.00430.0799-0.13370.532215.5701-95.813669.902
70.6212-0.0777-0.22321.33380.06421.41840.1111-0.0580.06950.2575-0.0004-0.0726-0.02990.0375-0.11070.90970.0044-0.21750.0631-0.08730.493248.0186-94.051371.3167
81.4419-0.1595-0.31730.46680.11990.12710.09520.0586-0.0770.1175-0.0207-0.293-0.05280.0822-0.07460.69820.0038-0.20350.2513-0.06940.658167.8864-130.751747.9969
92.404-0.29280.01292.6857-0.28340.13580.08760.1638-0.0981-0.1958-0.1459-0.4028-0.02790.16990.05840.69230.0164-0.00210.2613-0.03450.614768.7041-127.869120.5888
101.61220.00440.15681.99140.00831.3719-0.01960.2145-0.1544-0.47640.0608-0.01750.19550.0975-0.04121.011-0.0392-0.10880.14820.03760.485644.837-127.1225-0.9883
112.87081.88450.00632.170.73110.7895-0.17840.4050.0112-0.50770.15930.4324-0.0417-0.12470.01910.92110.0104-0.39170.24670.04010.677111.2217-131.67522.2933
121.5933-0.04710.18311.08510.34760.31190.1480.14940.0129-0.2038-0.03150.44460.0391-0.115-0.11650.67910.0685-0.24350.19070.06110.7447-4.036-135.304228.2404
131.3115-0.0777-0.29182.1324-0.23950.40880.0476-0.1649-0.02580.3183-0.02190.19430.0864-0.0979-0.02570.7321-0.0256-0.06090.1301-0.00550.49018.2359-138.854660.2327
141.5367-0.0262-0.64861.5879-0.14980.3220.0544-0.16520.01810.3730.0242-0.0983-0.01680.0917-0.07860.85970.0073-0.2020.152-0.02020.356640.3636-134.901870.9145
150.9211-0.2765-0.49181.01350.16471.0229-0.02960.0484-0.04690.05760.02960.28090.2831-0.1825-0.00010.9119-0.118-0.31060.1320.08290.83622.6744-207.921236.4256
160.66690.15290.3590.8962-0.17891.7377-0.1075-0.027-0.1507-0.06330.06020.1740.1286-0.42990.04731.0136-0.0084-0.35210.2059-0.09910.77728.8072-206.65556.2679
170.79340.15660.31760.8438-0.14021.13920.06710.2302-0.1569-0.49650.05810.37730.1845-0.0105-0.12531.30050.1125-0.32550.2061-0.16560.7535.9258-204.6529-9.7508
180.94170.34510.37241.11530.61170.77510.0428-0.004-0.0653-0.5297-0.0654-0.31690.12520.08670.02261.06380.22060.03370.1909-0.12590.720465.481-2042.8499
190.7550.7828-0.00280.9985-0.22920.71380.01930.1503-0.386-0.12670.13-0.57980.32520.3421-0.14930.83520.2267-0.23710.3083-0.2191.16872.7157-205.097634.791
201.0470.7305-0.09490.68030.19810.48040.1125-0.2566-0.47280.1515-0.0038-0.43660.22220.2407-0.10871.09360.1153-0.48460.21240.09610.807455.0707-208.774459.209
210.6921-0.29160.01031.1314-0.55571.30380.0424-0.143-0.13640.15250.02580.16810.17120.0095-0.06821.0837-0.0198-0.29120.06470.11840.666222.7115-210.946560.8872
220.8292-0.34410.05940.23340.01720.08990.08150.0903-0.09680.0639-0.0460.23510.1723-0.0985-0.03550.7465-0.0522-0.18670.20540.09490.71712.1665-170.630445.0332
231.2968-0.9990.28241.98370.06310.95520.03290.1846-0.0562-0.1204-0.01990.3785-0.0336-0.2182-0.0130.79080.0083-0.38440.2365-0.01650.6570.3906-168.513517.582
241.6079-0.0879-0.36692.20990.00561.0812-0.04460.28940.1116-0.39260.07270.0371-0.18240.0266-0.0281.0735-0.0109-0.33380.1807-0.03710.485423.5055-165.4412-4.2804
252.03461.60560.17553.0388-0.55971.0365-0.1330.3138-0.0296-0.50920.1977-0.3920.03190.3136-0.06470.77930.09320.08290.3817-0.09820.624657.3222-161.5612-0.7969
261.5602-0.5165-0.11121.4712-0.5330.5040.11250.11910.1062-0.3023-0.1292-0.5111-0.00740.09180.01660.68170.1141-0.05090.2346-0.07360.711973.3271-162.536625.0064
270.96720.27360.35021.5520.16340.85540.0064-0.0461-0.05710.33250.0413-0.3828-0.02260.0549-0.04770.75150.0538-0.31530.1711-0.03780.574362.18-164.720457.3693
281.1856-0.12020.21691.62910.09290.71370.0538-0.1458-0.12860.16430.06850.09790.0959-0.1077-0.12240.87660.0052-0.16540.20230.07350.411830.4593-170.549167.7923
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 240
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 242
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 233
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 244
7X-RAY DIFFRACTION7G2 - 242
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 222
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 204
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 195
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 212
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 222
13X-RAY DIFFRACTION13M1 - 233
14X-RAY DIFFRACTION14N1 - 196
15X-RAY DIFFRACTION15O1 - 250
16X-RAY DIFFRACTION16P1 - 244
17X-RAY DIFFRACTION17Q1 - 240
18X-RAY DIFFRACTION18R1 - 242
19X-RAY DIFFRACTION19S3 - 233
20X-RAY DIFFRACTION20T2 - 244
21X-RAY DIFFRACTION21U2 - 242
22X-RAY DIFFRACTION22V1 - 222
23X-RAY DIFFRACTION23W1 - 204
24X-RAY DIFFRACTION24X1 - 195
25X-RAY DIFFRACTION25Y1 - 212
26X-RAY DIFFRACTION26Z1 - 222
27X-RAY DIFFRACTION27a1 - 233
28X-RAY DIFFRACTION28b1 - 196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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