PDB-9ey4: The FK1 domain of FKBP51 in complex with (3S,11S)-12-((3,5-dichlo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ey4

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with (3S,11S)-12-((3,5-dichlorophenyl)sulfonyl)-5-oxo-11-vinyldecahydro-1H-6,10-epiminopyrrolo[1,2-a]azonine-3-carboxamide

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / chaperone-mediated protein folding / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / protein folding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.16 Å

データ登録者

Meyners, C. / Krajczy, P. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Design of Ultrapotent Tricyclic Ligands for FK506-Binding Proteins.
著者: Krajczy, P. / Meyners, C. / Repity, M.L. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年4月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年8月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ey4.cif.gz	145.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ey4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ey4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ey4_validation.pdf.gz	733.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ey4_full_validation.pdf.gz	733.2 KB	表示
XML形式データ	9ey4_validation.xml.gz	7.6 KB	表示
CIF形式データ	9ey4_validation.cif.gz	10.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/9ey4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/9ey4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ey3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-DC-1602472053 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.137, 54.524, 56.232
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1H78 / (1~{S},4~{S},7~{S},8~{S},9~{R})-13-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonyl-8-ethenyl-2-oxidanylidene-3,13-diazatricyclo[7.3.1.0^{3,7}]tridecane-4-carboxamide 分子量: 472.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃Cl₂N₃O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 34% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.885603 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.885603 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.16→56.23 Å / Num. obs: 44945 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 23.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
6.35-56.23	5.6	0.04	329	0.996	0.024	0.047
1.16-1.18	7.2	0.149	2216	0.986	0.087	0.173

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.16→39.175 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 0.813 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.034 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1686	2145	4.778 %
R_work	0.1424	42744	-
all	0.144	-	-
obs	-	44889	98.482 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.223 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.73 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.558 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.172 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.16→39.175 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	955	0	30	216	1201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	952
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.997	1.837	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.692	1.755	2210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.738	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.597	11	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.684	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.892	10	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.674	10	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	215
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	875
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	520
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.136	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.293	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.048	1.131	512
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.962	1.128	511
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.777	2.038	640
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.776	2.039	641
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.747	1.368	504
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.738	1.368	505
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.018	2.393	740
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.01	2.393	741
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	19.036	17.77	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	16.209	13.251	1138
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.932	3	1968

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.16-1.19	0.142	155	0.137	3165	0.137	3358	0.99	0.992	98.8684	0.125
1.19-1.223	0.19	143	0.136	3033	0.138	3210	0.979	0.991	98.9408	0.125
1.223-1.258	0.174	146	0.126	2978	0.128	3152	0.982	0.992	99.1117	0.117
1.258-1.297	0.154	161	0.125	2869	0.127	3059	0.988	0.991	99.052	0.117
1.297-1.339	0.153	148	0.114	2800	0.116	2969	0.984	0.992	99.2927	0.108
1.339-1.386	0.143	140	0.11	2720	0.111	2874	0.989	0.993	99.5129	0.105
1.386-1.438	0.147	126	0.117	2652	0.118	2793	0.986	0.992	99.4629	0.113
1.438-1.497	0.137	125	0.106	2552	0.107	2683	0.989	0.994	99.7764	0.104
1.497-1.564	0.147	146	0.111	2443	0.113	2595	0.985	0.993	99.7688	0.112
1.564-1.64	0.149	96	0.113	2354	0.114	2452	0.985	0.993	99.9184	0.116
1.64-1.728	0.136	134	0.113	2186	0.114	2326	0.989	0.992	99.7421	0.119
1.728-1.833	0.153	109	0.122	2125	0.124	2240	0.986	0.991	99.7321	0.131
1.833-1.959	0.141	122	0.133	1980	0.134	2107	0.987	0.989	99.7627	0.146
1.959-2.116	0.18	69	0.14	1900	0.141	1976	0.982	0.989	99.6458	0.159
2.116-2.317	0.179	76	0.136	1532	0.138	1798	0.983	0.989	89.4327	0.159
2.317-2.589	0.194	67	0.15	1578	0.151	1646	0.975	0.986	99.9392	0.18
2.589-2.988	0.173	80	0.167	1390	0.167	1474	0.98	0.983	99.7286	0.209
2.988-3.654	0.2	56	0.163	1067	0.164	1260	0.976	0.983	89.127	0.206
3.654-5.145	0.213	24	0.16	844	0.162	999	0.973	0.985	86.8869	0.22
5.145-39.175	0.226	22	0.247	576	0.246	610	0.971	0.965	98.0328	0.416

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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