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- PDB-9exj: Crystal structure of Aspergillus fumigatus AA11 Lytic Polysacchar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9exj
タイトルCrystal structure of Aspergillus fumigatus AA11 Lytic Polysaccharide Monooxygenase (AfAA11B) in complex with Cu(II)
要素Endoglucanase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Lytic polysaccharide monooxygenase / copper-binding protein
機能・相同性酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他の電子対酸化酵素 / cellulose catabolic process / monooxygenase activity / extracellular region / metal ion binding / COPPER (II) ION / AA11 family lytic polysaccharide monooxygenase B
機能・相同性情報
生物種Aspergillus fumigatus Af293 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Hall, K.R. / Ronnekleiv, S.E. / Skaali, R. / Rieder, L. / Englund, A.N.B. / Dalleywater, E.L. / Ayuso-Fernandez, I. / Golten, O. / Rohr, A.K. / Sorlie, M.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)856446European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Surface topology prevents efficient chitin degradation for a clade of LPMOs
著者: Hall, K.R. / Ronnekleiv, S.E. / Skaali, R. / Rieder, L. / Englund, A.N.B. / Dalleywater, E.L. / Ayuso-Fernandez, I. / Golten, O. / Rohr, A.K. / Sorlie, M.
履歴
登録2024年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7884
ポリマ－23,4071
非ポリマー3813
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area490 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area8920 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)46.414, 53.777, 71.834
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Endoglucanase


分子量: 23407.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 遺伝子: AFUA_5G03010 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q4WEH3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 2 M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→43.05 Å / Num. obs: 36084 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 10.48 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1748 / CC1/2: 0.631

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.19_4092精密化
autoPROC1.19_4092データ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→43.05 Å / SU ML: 0.1444 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 18.0692
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1907 1767 4.9 %
Rwork0.1512 34313 -
obs0.1531 36080 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→43.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1448 0 20 223 1691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00651549
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04272116
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0089286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7142216
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.440.32941310.27422561X-RAY DIFFRACTION99.01
1.44-1.480.26071440.22762585X-RAY DIFFRACTION99.71
1.48-1.530.24281540.18112594X-RAY DIFFRACTION100
1.53-1.580.22191410.16652610X-RAY DIFFRACTION99.96
1.58-1.650.22121310.14792590X-RAY DIFFRACTION99.96
1.65-1.720.18491330.13212631X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.810.19361420.11912603X-RAY DIFFRACTION99.89
1.81-1.930.20951270.12752651X-RAY DIFFRACTION100
1.93-2.070.18281260.12012633X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.280.13961160.12092650X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.610.17941450.14342682X-RAY DIFFRACTION100
2.61-3.290.17951160.15242707X-RAY DIFFRACTION99.86
3.29-43.050.17191610.16272816X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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