PDB-9ex2: X-ray structure of a polyoxidovanadate/lysozyme adduct obtained w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ex2

タイトル

X-ray structure of a polyoxidovanadate/lysozyme adduct obtained when the protein is treated with [VIVO(acac)2] in 1.1 M NaCl, 0.1 M sodium acetate at pH 4.0 (Structure C)

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / lysozyme / vanadium / POV / cluster / mixed valence

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.172 Å

データ登録者

Tito, G. / Merlino, A. / Ferraro, G.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Non-Covalent and Covalent Binding of New Mixed-Valence Cage-like Polyoxidovanadate Clusters to Lysozyme.
著者: Tito, G. / Ferraro, G. / Pisanu, F. / Garribba, E. / Merlino, A.

履歴

登録	2024年4月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月3日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ex2.cif.gz	105.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ex2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ex2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ex2_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ex2_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	9ex2_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	9ex2_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/9ex2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/9ex2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ex0C 9ex1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.8 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.330, 78.330, 37.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-202- VO4
2	1	A-202- VO4
3	1	A-202- VO4
4	1	A-203- A1H8D
5	1	A-203- A1H8D
6	1	A-203- A1H8D
7	1	A-332- HOH
8	1	A-351- HOH
9	1	A-370- HOH
10	1	A-469- HOH
11	1	A-480- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 190分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-VO4 / VANADATE ION 分子量: 114.939 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-A1H8D / Polyoxidovanadate complex 分子量: 1292.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₃₃V₁₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 1.1 M NaCl, 0.1 M sodium acetate at pH 4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.17→55.39 Å / Num. obs: 41982 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 23.1 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.17→1.19 Å / 冗長度: 16.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2069 / CC_1/2: 0.796 / R_sym value: 1.204 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.172→55.388 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 1.385 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.043 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1891	1923	4.949 %
R_work	0.1557	36936	-
all	0.157	-	-
obs	-	38859	99.016 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.092 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.092 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.184 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.172→55.388 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	94	180	1275

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.012	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	967
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.286	1.587	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.644	1.567	2262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.814	5	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.833	5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.45	10	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.486	10	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.279	0.2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	931
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	547
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.206	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.184	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.18	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.612	1.518	555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.6	1.518	555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.909	2.291	706
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.909	2.293	707
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.252	1.911	677
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.877	1.843	562
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.668	2.787	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.263	2.659	818
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.731	33.315	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.493	30.155	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.104	3	2199

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.172-1.202	0.254	159	0.21	2693	0.213	2852	0.97	0.978	100	0.193
1.202-1.235	0.457	137	0.376	2436	0.38	2777	0.873	0.911	92.6539	0.349
1.235-1.271	0.238	125	0.208	2570	0.209	2695	0.962	0.977	100	0.186
1.271-1.31	0.293	120	0.303	2336	0.303	2628	0.945	0.94	93.4551	0.275
1.31-1.353	0.198	117	0.176	2436	0.177	2553	0.976	0.983	100	0.16
1.353-1.401	0.18	120	0.146	2375	0.148	2495	0.98	0.988	100	0.134
1.401-1.454	0.217	101	0.138	2268	0.141	2369	0.974	0.989	100	0.129
1.454-1.513	0.161	129	0.122	2181	0.124	2316	0.985	0.99	99.7409	0.119
1.513-1.58	0.167	103	0.113	2106	0.116	2209	0.982	0.991	100	0.115
1.58-1.657	0.171	108	0.108	2016	0.111	2124	0.981	0.992	100	0.116
1.657-1.747	0.154	89	0.117	1939	0.119	2028	0.983	0.991	100	0.129
1.747-1.852	0.172	99	0.122	1829	0.124	1928	0.982	0.99	100	0.14
1.852-1.98	0.189	83	0.169	1722	0.17	1805	0.976	0.981	100	0.184
1.98-2.139	0.17	86	0.13	1601	0.132	1687	0.981	0.99	100	0.157
2.139-2.342	0.186	82	0.154	1501	0.155	1583	0.975	0.984	100	0.181
2.342-2.618	0.173	72	0.138	1350	0.139	1422	0.98	0.987	100	0.174
2.618-3.022	0.189	69	0.144	1200	0.146	1269	0.976	0.986	100	0.187
3.022-3.699	0.186	58	0.148	1044	0.15	1102	0.974	0.986	100	0.192
3.699-5.219	0.161	43	0.144	820	0.145	863	0.988	0.988	100	0.199
5.219-55.388	0.233	22	0.263	503	0.262	529	0.951	0.95	99.2439	0.385

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 190分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 5種, 190分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 190分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)