PDB-9ex1: X-ray structure of a polyoxidovanadate/lysozyme adduct obtained w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ex1

タイトル

X-ray structure of a polyoxidovanadate/lysozyme adduct obtained when the protein is treated with [VIVO(acac)2] in 1.1 M NaCl, 0.1 M sodium acetate at pH 4.0 (Structure B)

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / lysozyme / vanadium / acetoacetonate / POV / cluster / mixed valence

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.785 Å

データ登録者

Tito, G. / Merlino, A. / Ferraro, G.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Non-Covalent and Covalent Binding of New Mixed-Valence Cage-like Polyoxidovanadate Clusters to Lysozyme.
著者: Tito, G. / Ferraro, G. / Pisanu, F. / Garribba, E. / Merlino, A.

履歴

登録	2024年4月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月3日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2024年7月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ex1.cif.gz	44.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ex1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ex1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/9ex1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/9ex1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ex0C 9ex2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.3 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.800, 77.800, 35.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-202- A1H8D
2	1	A-202- A1H8D
3	1	A-202- A1H8D
4	1	A-312- HOH
5	1	A-320- HOH
6	1	A-329- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-A1H8D / Polyoxidovanadate complex 分子量: 1292.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₃₃V₁₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 1.1 M NaCl, 0.1 M sodium acetate at pH 4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→38.93 Å / Num. obs: 10434 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 22.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 24 % / R_merge(I) obs: 2.151 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 12610 / CC_1/2: 0.923 / R_pim(I) all: 0.445 / R_rim(I) all: 2.197 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.785→38.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 4.235 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.213 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	430	4.964 %
R_work	0.2482	8232	-
all	0.251	-	-
obs	-	8662	80.293 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.112 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.017 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.017 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.035 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.785→38.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	28	40	1069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.011	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	899
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.508	1.598	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.462	1.562	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.46	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.498	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.074	10	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.95	10	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	228
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	922
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.229	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.16	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.201	3.825	525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.199	3.823	525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.571	5.72	658
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.578	5.735	659
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.226	4.091	557
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.234	4.132	525
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.681	6.035	817
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.749	6.085	769
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.276	60.603	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.283	59.317	1308

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.785-1.831	0.281	16	0.172	404	0.177	766	0.952	0.978	54.8303	0.137
1.831-1.881	0.389	15	0.291	415	0.295	757	0.905	0.938	56.8032	0.248
1.881-1.936	0.327	23	0.315	445	0.316	738	0.907	0.92	63.4146	0.263
1.936-1.995	0.449	22	0.33	473	0.336	729	0.81	0.908	67.9012	0.28
1.995-2.06	0.402	31	0.338	469	0.342	690	0.853	0.912	72.4638	0.286
2.06-2.133	0.355	32	0.309	487	0.312	667	0.904	0.93	77.8111	0.257
2.133-2.213	0.386	19	0.286	515	0.29	665	0.909	0.94	80.3008	0.255
2.213-2.303	0.38	33	0.293	498	0.298	626	0.915	0.942	84.8243	0.265
2.303-2.405	0.266	32	0.281	468	0.28	597	0.949	0.944	83.7521	0.259
2.405-2.522	0.548	18	0.268	495	0.276	595	0.868	0.948	86.2185	0.262
2.522-2.657	0.43	27	0.259	475	0.268	544	0.923	0.954	92.2794	0.247
2.657-2.818	0.281	28	0.275	470	0.275	529	0.928	0.946	94.1399	0.283
2.818-3.011	0.233	23	0.266	436	0.264	504	0.965	0.953	91.0714	0.27
3.011-3.251	0.356	19	0.254	419	0.26	472	0.93	0.952	92.7966	0.267
3.251-3.559	0.253	18	0.241	394	0.241	438	0.94	0.954	94.0639	0.258
3.559-3.975	0.308	19	0.208	354	0.212	388	0.954	0.971	96.134	0.246
3.975-4.582	0.202	19	0.191	333	0.191	362	0.984	0.976	97.2376	0.238
4.582-5.592	0.218	17	0.21	287	0.21	304	0.959	0.973	100	0.26
5.592-7.828	0.267	10	0.228	242	0.23	252	0.955	0.956	100	0.281
7.828-38.93	0.385	9	0.27	153	0.275	162	0.931	0.942	100	0.297

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