PDB-9ewr: Crystal structure of an inverse charged cutinase mutant from Sacc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ewr

タイトル

Crystal structure of an inverse charged cutinase mutant from Saccharopolyspora flava (611)

要素

cutinase

キーワード

HYDROLASE / cutinase / plastic

機能・相同性

Dienelactone hydrolase / Dienelactone hydrolase family / : / carboxylic ester hydrolase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / Cutinase

機能・相同性情報

生物種

Saccharopolyspora flava (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.17 Å

データ登録者

Zahn, M. / Green, K. / Oliveira, L. / Lichtenstein, B.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Redesigning surface charge to control substrate morphology preference of a PET-hydrolase
著者: Oliveira-Pessoa, L. / Lichtenstein, B.R.

履歴

登録	2024年4月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ewr.cif.gz	261.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ewr.ent.gz	172 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ewr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/9ewr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/9ewr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qjp
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: cutinase

B: cutinase

59.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.084, 41.316, 124.088
Angle α, β, γ (deg.)	90, 99.815, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 6 - 261 / Label seq-ID: 6 - 261

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	cutinase 分子量: 29670.660 Da / 分子数: 2 変異: D6K, D11K, A19K, D27N, E28R, E29R, S35K, S37K, D49N, D109K, D114K, D116K, D114K, D116K, A147K, S164R, Q167R, K188E, E192K, D197K, Q240R, E247R, D249N, D250K, Q256R, L262K 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharopolyspora flava (バクテリア) 遺伝子: SAMN05660874_00127 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I6NU60, cutinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.5 M Sodium formate, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.166→122.272 Å / Num. obs: 98981 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 1.166→1.321 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.765 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4949 / CC_1/2: 0.029 / R_pim(I) all: 0.548 / % possible all: 62.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.17→122.272 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 1.86 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2038	4902	4.953 %
R_work	0.1861	94070	-
all	0.187	-	-
obs	-	98972	63.654 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.705 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.124 Å²	0 Å²	0.201 Å²
2-	-	-0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.072 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.17→122.272 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3994	0	0	462	4456

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	4143
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.976	1.826	5638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.567	5	527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.567	5	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.051	10	685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.751	10	169
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	619
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3168
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	2863
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.239	0.2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.239	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.971	0.82	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.501	1.472	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.847	1.039	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.765	1.8	3039
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.105	12.081	6684
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.082	0.05	8558

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08247	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08247	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.17-1.2	0.311	9	0.255	171	0.258	11410	0.933	0.958	1.5776	0.245
1.2-1.233	0.271	35	0.237	463	0.239	11124	0.954	0.962	4.4768	0.23
1.233-1.269	0.257	49	0.239	1102	0.239	10828	0.953	0.961	10.6298	0.231
1.269-1.308	0.231	105	0.253	2082	0.252	10559	0.967	0.819	20.7122	0.24
1.308-1.351	0.246	196	0.22	3326	0.221	10224	0.959	0.967	34.4484	0.203
1.351-1.398	0.244	275	0.224	4997	0.226	9882	0.96	0.965	53.3495	0.199
1.398-1.451	0.236	317	0.225	6329	0.225	9511	0.963	0.966	69.877	0.195
1.451-1.51	0.224	391	0.216	7890	0.216	9206	0.964	0.969	89.9522	0.187
1.51-1.578	0.235	400	0.207	8374	0.208	8825	0.961	0.971	99.4221	0.179
1.578-1.655	0.224	410	0.183	8001	0.185	8453	0.968	0.978	99.5031	0.164
1.655-1.744	0.185	418	0.173	7530	0.174	7984	0.977	0.98	99.5491	0.159
1.744-1.85	0.195	393	0.166	7215	0.167	7615	0.975	0.981	99.9081	0.159
1.85-1.977	0.177	326	0.173	6539	0.174	7159	0.98	0.977	95.8933	0.17
1.977-2.136	0.197	293	0.179	6218	0.18	6663	0.975	0.979	97.7187	0.184
2.136-2.34	0.194	313	0.181	5606	0.182	6145	0.974	0.978	96.3222	0.196
2.34-2.616	0.197	293	0.189	5284	0.19	5577	0.974	0.975	100	0.21
2.616-3.02	0.23	228	0.19	4491	0.192	4920	0.96	0.973	95.9146	0.219
3.02-3.698	0.196	221	0.186	3678	0.187	4196	0.97	0.974	92.9218	0.221
3.698-5.228	0.168	138	0.159	3003	0.159	3291	0.983	0.983	95.4421	0.208
5.228-122.272	0.241	92	0.212	1771	0.214	1863	0.967	0.978	100	0.297

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9322	-0.0477	0.1786	0.6597	0.0941	0.8507	-0.0017	0.0442	-0.0046	-0.0356	0.0038	-0.0175	0.0264	-0.0065	-0.0021	0.0153	-0.0067	0.0001	0.0078	0.0016	0.0015	16.0826	-0.1611	14.6587
2	0.9198	0.1233	0.0733	0.5032	-0.0677	0.8145	-0.0034	-0.101	-0.004	0.06	0.0129	0.0022	0.0161	0.0235	-0.0095	0.0321	0.0165	-0.0076	0.0471	-0.0189	0.0133	-3.5804	4.5942	45.8899

精密化 TLSグループ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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