[日本語] English
万見
- PDB-9ewk: Solvent organization in ultrahigh-resolution protein crystal stru... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ewk
タイトルSolvent organization in ultrahigh-resolution protein crystal structure at room temperature
要素Crambin
キーワードPLANT PROTEIN / Crambin
機能・相同性Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / defense response / extracellular region / ETHANOL / Crambin
機能・相同性情報
生物種Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.7 Å
データ登録者Chen, J.C.-H. / Gilski, M. / Chang, C. / Borek, D. / Rosenbaum, G. / Lavens, A. / Otwinowski, Z. / Kubicki, M. / Dauter, Z. / Jaskolski, M. / Joachimiak, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35GM145365 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2024
タイトル: Solvent organization in the ultrahigh-resolution crystal structure of crambin at room temperature.
著者: Chen, J.C.H. / Gilski, M. / Chang, C. / Borek, D. / Rosenbaum, G. / Lavens, A. / Otwinowski, Z. / Kubicki, M. / Dauter, Z. / Jaskolski, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2024年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Crambin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8213
ポリマ－4,7281
非ポリマー922
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area3140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)22.725, 18.767, 41.059
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Crambin


分子量: 4728.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Natural mixture of the two isoform PL/SI
由来: (天然) Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
参照: UniProt: P01542
#2: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.87 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 80% (v/v) ethanol:water solution

-
データ収集

回折平均測定温度: 297 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.39995 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.39995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.7→14.47 Å / Num. obs: 54039 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
0.7-0.7114.32.21813200.620.8750.5962.2970.96499
0.71-0.7114.11.83113530.670.8960.4951.8970.96798.9
0.71-0.7214.31.82413770.6640.8930.4921.890.97199.3
0.72-0.7314.11.62813500.7680.9320.441.6880.97998.8
0.73-0.7314.21.39913640.7940.9410.3791.450.97199
0.73-0.7414.11.30913210.8210.950.3561.3570.95199
0.74-0.7514.21.27213510.7980.9420.3451.3190.97498.7
0.75-0.7514.11.09113690.8460.9570.2961.1310.98598.8
0.75-0.7614.11.03113270.8730.9650.281.069199
0.76-0.7714.10.95313500.8930.9710.2580.9880.99998.8
0.77-0.7813.90.89613670.8950.9720.2450.9290.98798.7
0.78-0.7913.90.8113360.9080.9760.2220.8411.01998.7
0.79-0.813.90.77113320.9190.9790.2110.80.98998.2
0.8-0.8113.90.67613560.9340.9830.1850.7021.00499.1
0.81-0.8213.90.62813950.9430.9850.1720.6521.00499.4
0.82-0.8313.80.55413090.9540.9880.1520.5750.99998.9
0.83-0.8413.60.4914000.9640.9910.1350.5091.01898.7
0.84-0.8513.70.43113120.9710.9930.1190.4481.01798.9
0.85-0.8713.30.38613600.9740.9940.1090.4011.0298.6
0.87-0.8812.90.34313450.980.9950.0980.3571.01798.5
0.88-0.912.50.30913530.980.9950.090.3221.03398.4
0.9-0.9112.20.26413170.9820.9960.0780.2761.02796.4
0.91-0.9311.50.20512240.9880.9970.0630.2151.03690.3
0.93-0.9511.90.18212910.9910.9980.0550.191.04392.7
0.95-0.9713.60.15713120.9950.9990.0440.1631.01498.4
0.97-0.9914.50.13514130.9970.9990.0360.141.01199
0.99-1.0214.40.11313430.9970.9990.0310.1170.98499.3
1.02-1.0514.40.09813690.9970.9990.0260.1020.98998.7
1.05-1.0814.30.08213440.99810.0220.0851.00299.3
1.08-1.1114.30.07313720.99810.020.0760.98999.3
1.11-1.1514.30.06213740.99910.0170.0640.97499.6
1.15-1.2140.05713790.99910.0150.0590.95499.7
1.2-1.2514.10.05213700.99910.0140.0530.94699.4
1.25-1.3213.80.04713660.99910.0130.0480.999.3
1.32-1.413.50.04113910.99910.0110.0430.8899.3
1.4-1.5113.30.03513710.99910.010.0360.84698.8
1.51-1.6612.50.02913530.99910.0080.030.80697.6
1.66-1.912.30.02412350.99910.0070.0250.7887.4
1.9-2.39150.0211406110.0050.0210.79100
2.39-100140.02114620.99910.0060.0210.99599.3

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SHELX精密化
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.7→14.47 Å / 交差検証法: NONE
詳細: The hydrogen atoms were added and refined at riding positions. Anisotropic atomic displacement parameters were used. The final refinement was calculated using weighted full-matrix least- ...詳細: The hydrogen atoms were added and refined at riding positions. Anisotropic atomic displacement parameters were used. The final refinement was calculated using weighted full-matrix least-squares procedure. There were no geometric restraints for ordered protein fragments.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.0759 --
obs-47117 83.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 5.059 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.7→14.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数341 0 6 57 404

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る