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- PDB-9ew6: Binary structure of 14-3-3s and BRAF phosphopeptide (pS365) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ew6
タイトルBinary structure of 14-3-3s and BRAF phosphopeptide (pS365)
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 protein / protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / myeloid progenitor cell differentiation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function ...CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / myeloid progenitor cell differentiation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / negative regulation of fibroblast migration / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of axonogenesis / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / face development / regulation of cell-cell adhesion / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / synaptic vesicle exocytosis / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / phosphoserine residue binding / MAP kinase kinase kinase activity / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of protein localization / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of cell adhesion / cellular response to calcium ion / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / thymus development / animal organ morphogenesis / positive regulation of protein export from nucleus / Spry regulation of FGF signaling / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / Negative regulation of MAPK pathway / centriolar satellite / long-term synaptic potentiation / cellular response to xenobiotic stimulus / epidermal growth factor receptor signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / intracellular protein localization / T cell differentiation in thymus / MAPK cascade / presynapse / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / regulation of protein localization / cell body / positive regulation of cell growth / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / neuron projection / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynapse / protein kinase activity / regulation of cell cycle
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / 14-3-3 protein sigma / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / 14-3-3 protein sigma / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase B-raf / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Konstantinidou, M. / Vickery, H. / Pennings, M.A.M. / Virta, J. / Visser, E.J. / Oetelaar, M.C.M. / Overmans, M. / Neitz, J. / Ottmann, C. / Brunsveld, L. / Arkin, M.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM147696 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Small molecule stabilization of the 14-3-3sigma/CRAF complex inhibits the MAPK pathway
著者: Konstantinidou, M. / Vickery, H. / Pennings, M.A.M. / Virta, J. / Visser, E.J. / Oetelaar, M.C.M. / Overmans, M. / Neitz, J. / Ottmann, C. / Brunsveld, L. / Arkin, M.R.
履歴
登録2024年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6515
ポリマ－27,5562
非ポリマー953
水3,351186
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,30210
ポリマ－55,1124
非ポリマー1906
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area22470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.783, 96.043, 80.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 1012.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M HEPES pH=7.1-7.7 0.19 M CaCl2 5% glycerol 24-29% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.873128 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873128 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→80.44 Å / Num. obs: 38175 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1908 / CC1/2: 0.694

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解析

ソフトウェア
名称分類
PDB-REDO精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→62.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 6.792 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1933 5.1 %RANDOM
Rwork0.18484 ---
obs0.18669 36201 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.648 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å2-0 Å20 Å2
2---5.69 Å2-0 Å2
3---6.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→62.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1866 0 3 186 2055
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0161905
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2951.8222570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4991.5694178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2485.277253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.89110357
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.2243.534947
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.2123.534947
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.056.351180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.0496.3531181
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.133.875958
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.1123.876958
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.5746.9861388
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined16.65635.92257
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other15.64634.452213
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.20533713
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 139 -
Rwork0.362 2650 -
obs--99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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