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万見
- PDB-9evn: Plasmodium falciparum apical membrane antigen FVO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9evn
タイトルPlasmodium falciparum apical membrane antigen FVO
要素Apical membrane antigen 1
キーワードCELL INVASION / Plasmodium falciparum / Antigen / vaccine candidate / malaria
機能・相同性Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / membrane / Apical membrane antigen 1
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bentley, G.A. / Saul, F.A. / Vulliez-Le Normand, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2024
タイトル: Conformational variability in the D2 loop of Plasmodium Apical Membrane antigen 1.
著者: Saul, F.A. / Vulliez-Le Normand, B. / Boes, A. / Spiegel, H. / Kocken, C.H.M. / Faber, B.W. / Bentley, G.A.
履歴
登録2024年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apical membrane antigen 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2283
ポリマ－40,1571
非ポリマー712
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area15220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.276, 94.216, 96.202
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Apical membrane antigen 1 / Merozoite surface antigen


分子量: 40156.828 Da / 分子数: 1 / 変異: N162K, T288V, S373D, N422D, S423K / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues E102, A103, E104 and F105 are non-native since they derive from the cloning of the PfAMA1-3D7 gene.
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: FVO / 遺伝子: AMA1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A075DBS4
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals of PfAMA1-FVO were obtained by mixing 1 micro-L of protein and 1 micro-L of reservoir buffer containing 35 % PEG 5000 monomethylether, 0.1M Tris pH 8.5 and 0.2M Li2SO4. The final ...詳細: Crystals of PfAMA1-FVO were obtained by mixing 1 micro-L of protein and 1 micro-L of reservoir buffer containing 35 % PEG 5000 monomethylether, 0.1M Tris pH 8.5 and 0.2M Li2SO4. The final protein concentration was 3.5 mg/ml. Cryo-protecting buffer for PfAMA1-FVO crystals consisted of the crystallisation buffer with 15% of glycerol (v/v).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.11 Å / Num. obs: 24245 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 1754 / CC1/2: 0.491

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→47.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.705 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2189 1225 5.1 %RANDOM
Rwork0.17675 ---
obs0.17889 22895 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.042 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å2-0 Å2
2---0.45 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→47.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2601 0 2 256 2859
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0122695
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0162425
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.6713653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6511.5855615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4985328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.38859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.07910447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02625
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6224.9331306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5924.9351306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.7988.8981627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.8068.9021628
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3155.4291389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.3135.4331390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.2529.7612024
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.9351.522932
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.76650.692866
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 88 -
Rwork0.294 1590 -
obs--95.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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