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- PDB-9evk: Crystal Structure of human Collagen Hydroxylysine Galactosyltrans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9evk
タイトルCrystal Structure of human Collagen Hydroxylysine Galactosyltransferase GLT25D1/COLGALT1
要素Procollagen galactosyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / Collagen Biosynthesis / Extracellular Matrix / Post-translational modifications / Glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


procollagen galactosyltransferase / procollagen galactosyltransferase activity / positive regulation of collagen fibril organization / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / collagen fibril organization / endoplasmic reticulum lumen / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase family 2 / Glycosyl transferase, family 25 / Glycosyltransferase family 25 (LPS biosynthesis protein) / : / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Procollagen galactosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者De Marco, M. / Scietti, L. / Rai, S.R. / Mattoteia, D. / Pinnola, A. / Forneris, F.
資金援助 イタリア, 米国, 日本, 4件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer ResearchMFAG 20075 イタリア
Italian Association for Cancer ResearchBRIDGE 27004 イタリア
The Giovanni Armenise-Harvard FoundationCDA 2013 米国
Mizutani Foundation for Glycoscience200039 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Molecular structure and enzymatic mechanism of the human collagen hydroxylysine galactosyltransferase GLT25D1/COLGALT1.
著者: De Marco, M. / Rai, S.R. / Scietti, L. / Mattoteia, D. / Liberi, S. / Moroni, E. / Pinnola, A. / Vetrano, A. / Iacobucci, C. / Santambrogio, C. / Colombo, G. / Forneris, F.
履歴
登録2024年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_assembly_prop.value

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Procollagen galactosyltransferase 1
B: Procollagen galactosyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,01715
ポリマ－137,1782
非ポリマー1,83913
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, SEC-SAXS indicates elongated dimeric assembly, light scattering, SEC-MALS indicates dimeric assembly, microscopy, Mass photometry indicates dimeric assembly
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area45130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)221.907, 221.907, 221.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Procollagen galactosyltransferase 1 / Collagen beta(1-O)galactosyltransferase 1 / ColGalT 1 / Glycosyltransferase 25 family member 1 / ...Collagen beta(1-O)galactosyltransferase 1 / ColGalT 1 / Glycosyltransferase 25 family member 1 / Hydroxylysine galactosyltransferase 1


分子量: 68589.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal GS and C-terminal AAA are restriction scars. Residues not modeled are flexible
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COLGALT1, GLT25D1, PSEC0241 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NBJ5, procollagen galactosyltransferase

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非ポリマー , 6種, 22分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GDU / GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-D-GALACTOPYRANOSE / UDP-ガラクト-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8% poly-ethylene-glycol (PEG) MW 4000, 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES)/NaOH, 20% glycerol, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.62 Å / Num. obs: 35735 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 3→3.13 Å / Rmerge(I) obs: 1.047 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4385 / CC1/2: 0.402 / Rpim(I) all: 0.811

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20_4459: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→49.62 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 1771 4.96 %
Rwork0.1968 --
obs0.199 35727 98.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8503 0 105 9 8617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028855
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64512029
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.721197
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051540
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.080.38131730.31952631X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.170.32261260.30122617X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.270.3391140.28782634X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.390.33371330.28072628X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.530.31891330.25372668X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.690.27211470.22282627X-RAY DIFFRACTION100
3.69-3.880.26461420.20912559X-RAY DIFFRACTION97
3.88-4.120.22891410.19342627X-RAY DIFFRACTION98
4.13-4.440.23321240.17722613X-RAY DIFFRACTION98
4.45-4.890.2021330.15352631X-RAY DIFFRACTION99
4.89-5.60.17681410.17592650X-RAY DIFFRACTION99
5.6-7.050.25511350.19422587X-RAY DIFFRACTION97
7.05-49.620.1911290.14892484X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.19150.1175-0.06652.82860.87582.1774-0.1513-0.0101-0.2415-0.30620.09550.2704-0.05620.08560.04270.75150.06550.06750.43560.00710.463564.850228.398355.4698
20.7398-0.8029-0.4291.4155-0.06621.04820.0599-0.05860.1425-0.36040.1686-0.51270.14770.5912-0.04561.03180.0750.18160.9034-0.11950.975989.487614.158537.5308
31.54430.07270.92991.6516-0.61451.33250.22740.4241-0.1978-1.00250.0107-0.65980.32540.5477-0.11711.20710.1990.35960.8472-0.08651.028286.89344.924124.1277
41.9765-0.5452-1.64851.71520.25983.14680.02520.77360.0288-1.1113-0.1122-0.28840.34490.5961-0.13941.55150.1410.35571.0909-0.05810.907186.92929.142516.7572
51.4354-0.0977-0.22031.24870.24481.9948-0.0272-0.30030.1183-0.00870.0162-0.0642-0.1820.19320.00950.67990.10750.01060.5734-0.00710.417868.215151.132988.2564
61.2228-0.38810.15111.86960.87772.1861-0.03210.03770.3804-0.0709-0.02930.2982-0.46650.01910.06940.97250.0860.08350.6283-0.01180.646146.120876.849101.4502
71.0074-0.40860.05112.39830.58641.6343-0.2021-0.43370.43510.49410.5567-0.2356-0.52310.5116-0.2991.29850.07360.09310.9129-0.23280.837153.022784.1541114.5251
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 44 through 283 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 284 through 406 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 407 through 528 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 529 through 561 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 42 through 300 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 301 through 406 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 407 through 561 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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