PDB-9evi: Crystal structure of candida antarctica lipase B with the putativ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9evi

タイトル

Crystal structure of candida antarctica lipase B with the putative pro-peptide region

要素

Lipase B

キーワード

LYASE / Lipase B / putative pro-peptide region

機能・相同性

: / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / Alpha/Beta hydrolase fold / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / L(+)-TARTARIC ACID / Lipase B

機能・相同性情報

生物種

Moesziomyces antarcticus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Sohail, A.A. / Ruddock, L.W.

資金援助

フィンランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of candida antarctica lipase B with the putative pro-peptide region
著者: Sohail, A.A. / Recacha, R. / Ruddock, L.W.

履歴

登録	2024年3月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9evi.cif.gz	365.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9evi.ent.gz	301.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9evi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9evi_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9evi_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	9evi_validation.xml.gz	37.1 KB	表示
CIF形式データ	9evi_validation.cif.gz	54.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/9evi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/9evi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipase B

B: Lipase B

ヘテロ分子

68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.344, 80.985, 73.993
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Lipase B / CALB 分子量: 33808.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moesziomyces antarcticus (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P41365, triacylglycerol lipase

-
非ポリマー , 5種, 851分子

#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID 分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 845 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.75 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate; 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.5; 25 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.19→54.37 Å / Num. obs: 129759 / % possible obs: 73.5 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.9989 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.19→1.21 Å / 冗長度: 1 % / R_merge(I) obs: 0.642 / Num. unique obs: 279 / CC_1/2: 0.387 / % possible all: 3.03

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660)	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→46.85 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1679	4876	5 %
R_work	0.1359	-	-
obs	0.1375	97613	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→46.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4700	0	42	845	5587

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4920
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.812	6759
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.16	703
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	789
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	889

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.47	0.2746	147	0.2304	3106	X-RAY DIFFRACTION	99
1.47-1.48	0.2732	160	0.2151	3092	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.5	0.2317	167	0.1832	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.52	0.2253	159	0.1683	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.54	0.2142	161	0.1638	3087	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.56	0.1994	146	0.1539	3097	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.58	0.2407	167	0.1478	3096	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.61	0.1795	163	0.136	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.63	0.1772	167	0.1292	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.1839	177	0.131	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.1778	167	0.1308	3117	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.2019	151	0.1314	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.2082	163	0.1424	3081	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.79	0.197	178	0.1384	3046	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.83	0.209	167	0.137	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.87	0.1968	160	0.1388	3074	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.92	0.1858	162	0.1335	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.97	0.1765	163	0.1318	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.03	0.1584	154	0.1314	3093	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.09	0.1766	168	0.1288	3079	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.17	0.1735	166	0.1269	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.25	0.1753	177	0.1272	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.36	0.1456	143	0.124	3087	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.48	0.1607	145	0.1233	3138	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.63	0.1622	190	0.1293	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.84	0.1482	158	0.1337	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-3.12	0.1884	147	0.1463	3157	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.58	0.1573	181	0.1377	3065	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-4.5	0.1405	167	0.1228	3127	X-RAY DIFFRACTION	100
4.51-46.85	0.1369	155	0.1432	3185	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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